ECLI:NL:RVS:2024:4923

202201311/1/R2. Datum uitspraak: 18 december 2024 AFDELING BESTUURSRECHTSPRAAK Uitspraak op de hoger beroepen van: 1. het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant, 2. Stichting Brabantse Milieufederatie, gevestigd te Tilburg, en anderen, appellanten, tegen de uitspraak van de rechtbank Oost-­Brabant van 21 januari 2022 in zaak nr. 20/3256 in het geding tussen: BMF en anderen en het college. Bij besluit van 2 april 2015 heeft het college aan Rendac Son B.V. een vergunning op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 verleend (hierna: Nbw-vergunning). Bij besluit van 14 juni 2017 heeft het college aan Rendac Son B.V. een vergunning op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming (hierna: Wnb) verleend. Bij besluit van 9 oktober 2020 heeft het college aan Rendac Son B.V. een vergunning op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming verleend (hierna: natuurvergunning). Bij uitspraak van 21 januari 2022 heeft de rechtbank het door BMF en anderen tegen het besluit van 9 oktober 2020 ingestelde beroep gegrond verklaard, dat bestreden besluit vernietigd en het college opgedragen een nieuw besluit te nemen met inachtneming van de uitspraak. Tegen deze uitspraak heeft het college hoger beroep ingesteld. BMF en anderen hebben een schriftelijke uiteenzetting gegeven. BMF en anderen hebben incidenteel hoger beroep ingesteld. Het college heeft een zienswijze op het incidenteel hoger beroep ingediend. BMF en anderen hebben een verzoek gedaan tot schadevergoeding wegens overschrijding van de redelijke termijn. De Afdeling heeft de Staat der Nederlanden (minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties) aangemerkt als partij in deze procedure. De Afdeling heeft de zaak, samen met de zaak met zaaknummer 202200383/1/R2, op zitting behandeld op 7 februari 2024, waar het college, vertegenwoordigd door S. Jochems, S.A. Teerink, mr. A. Speekenbrink en J.B.H. Vos, bijgestaan door mr. S.J. van Winzum en mr. R.D. Reinders, advocaten te Den Haag, en BMF en anderen, vertegenwoordigd door J.G. Vollenbroek, bijgestaan door ir. A.K.M. van Hoof, rechtsbijstandverlener te Gennep, zijn verschenen. Voorts is ter zitting Rendac Son B.V., vertegenwoordigd door [gemachtigde], als partij gehoord. 16. Zoals onder 12-12.1 is uiteengezet is het vaste rechtspraak van de Afdeling dat voor de vraag of op grond van objectieve gegevens kan worden uitgesloten dat (de wijziging van) een project significante gevolgen heeft, een vergelijking gemaakt mag worden van de gevolgen van het toegestane project in de referentiesituatie en de gevolgen van het project na wijziging. In de Logtsebaan-uitspraak heeft de Afdeling deze rechtspraak bevestigd (uitspraak van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71). De Afdeling zag op dat moment in de rechtspraak van het Hof van Justitie geen aanknopingspunten voor het oordeel dat de referentiesituatie niet in de voortoets betrokken mag worden. Dat staat in 17.9 van die uitspraak. 16.1. Na de Logtsebaan-uitspraak zijn er verschillende uitspraken door rechtbanken gedaan waarin nuanceringen zijn aangebracht in de rechtspraak over intern salderen. Het gaat dan onder meer, zoals in de aangevallen uitspraak, over het beperken van de inzet van onbenutte ruimte in vergunningen en over de inzet van een referentiesituatie die ontleend wordt aan een PAS-vergunning. De uitspraken van de rechtbanken zijn over deze onderwerpen niet eensluidend. Illustratief daarvoor zijn de uiteenlopende oordelen over de vraag of, en zo ja welke betekenis het AquaPri-arrest heeft voor intern en extern salderen met een onherroepelijke natuurvergunning waaraan geen toereikende passende beoordeling ten grondslag ligt, zoals een PAS-vergunning. Voorbeelden van die uitspraken zijn: rechtbank Limburg van 20 oktober 2023, ECLI:NL:RBLIM:2023:6175 en van 18 december 2023, ECLI:NL:RBLIM:2023:7356, rechtbank Noord-Nederland van 6 oktober 2023, ECLI:NL:RBNNE:2023:4216, rechtbank Zeeland-West-Brabant van 30 mei 2024, ECLI:NL:RBZWB:2024:3583 en rechtbank Overijssel van 11 september 2024, ECLI:NL:RBOVE:2024:4752. Verder zijn er na de Logtsebaan-uitspraak twee arresten van het Hof van Justitie over artikel 6, derde lid, van de Hrl verschenen. Het gaat dan om het arrest van 15 juni 2023, C-721/21, Eco-Advocacy, ECLI:EU:C:2023:477, waarin het Hof verduidelijkt wat in een voortoets mag worden betrokken en het AquaPri-arrest, dat gaat over de vraag onder welke omstandigheden een passende beoordeling is vereist voor de ongewijzigde voortzetting van een bestaande activiteit. Deze ontwikkelingen en het incidenteel hoger beroep van BMF en anderen zijn voor de Afdeling aanleiding om de rechtspraak over intern salderen opnieuw tegen het licht te houden. 16.2. De Afdeling komt in deze uitspraak tot de conclusie dat er aanleiding is om haar rechtspraak over intern salderen zoals uiteengezet in de Logtsebaan-uitspraak te wijzigen. Die wijziging houdt kort gezegd in dat de referentiesituatie niet mag worden betrokken bij de vraag of significante gevolgen van een project op voorhand zijn uitgesloten. In de voortoets mag dus, anders dan voorheen, voor de beoordeling of significante gevolgen zijn uitgesloten, geen vergelijking worden gemaakt van de gevolgen van het toegestane project in de referentiesituatie en de gevolgen van het project na wijziging. Het voorgaande betekent niet dat de referentiesituatie geen enkele rol speelt bij de beoordeling van de gevolgen van een project. Intern salderen met de referentiesituatie mag als mitigerende maatregel betrokken worden in de passende beoordeling van de gevolgen van het project. Dat kan als voldaan is aan de voorwaarden voor het betrekken van mitigerende maatregelen in een passende beoordeling. Hieronder zet de Afdeling haar motivering uiteen. Daarbij betrekt de Afdeling de beroepsgronden die BMF en anderen naar voren hebben gebracht over intern salderen en de mate waarin en de wijze waarop een verleende natuur- en/of milieutoestemming kan worden betrokken. Rol van intern salderen in de voortoets 17. In een voortoets wordt beoordeeld of op grond van objectieve gegevens is uitgesloten dat een project op zichzelf of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen heeft. Van een project is in ieder geval sprake als op een locatie een geheel nieuwe activiteit wordt gerealiseerd. Voor de vraag wanneer de wijziging van een bestaande activiteit een project is, is het Stadt Papenburg-arrest en punt 35 van het AquaPri-arrest van belang. Daaruit volgt dat op het moment waarop, ten opzichte van het bestaande project waarvoor een natuurvergunning is verleend of voor de referentiedatum een milieutoestemming is verleend, geen sprake meer is van de voortzetting van één-en-hetzelfde-project, beoordeeld moet worden of de gewijzigde voortzetting van het bestaande project significante gevolgen kan hebben. De activiteit zoals die na de wijziging wordt voortgezet (inclusief de ongewijzigde onderdelen die worden gecontinueerd) is in dat geval een nieuw project, waarvan beoordeeld moet worden of het significante gevolgen kan hebben. 17.1. De vraag die in deze procedure in de kern voorligt, is de vraag op welke wijze de referentiesituatie betrokken kan worden bij de vaststelling of significante gevolgen van een project op voorhand kunnen worden uitgesloten. BMF en anderen betogen onder verwijzing naar rechtspraak van het Hof dat de rechtspraak van de Afdeling op dat punt een verdergaande aanpassing behoeft dan uit de aangevallen uitspraak volgt. 17.2. Het instrument van intern salderen - dat is het inzetten van de referentiesituatie - wordt in de praktijk benut voor een veelheid aan situaties, die variëren van een beperkte aanpassing aan een bestaande vergunde situatie tot het realiseren van nieuwe activiteiten op de locatie of in de directe nabijheid van een al gerealiseerd project. In het overgrote deel van deze situaties zal - zoals reeds overwogen onder 17.7 en verder van de Logtsebaan-uitspraak - geen sprake zijn van voortzetting van één-en-hetzelfde project, maar van een nieuw project. In zo’n situatie moet dus worden beoordeeld of significant negatieve gevolgen van het nieuwe project op voorhand kunnen worden uitgesloten en doet zich dus de vraag voor welke rol natuurtoestemmingen en milieutoestemmingen, die zijn verleend voor de referentiedatum en sindsdien zijn gecontinueerd, bij zo’n beoordeling kunnen hebben. 17.3. Uit het door BMF en anderen aangevoerde arrest van het Hof van 12 april 2018, C-323/17, People over Wind en Sweetman, ECLI:EU:C:2018:244, punt 23 tot en met 40 blijkt dat maatregelen ter voorkoming of beperking van nadelige gevolgen van een project niet in aanmerking genomen mogen worden bij de vraag of een passende beoordeling moet worden verricht van de gevolgen van een plan of project. Het Hof heeft in het arrest van 15 juni 2023, C-721/21, Eco-Advocacy, ECLI:EU:C:2023:477 deze passage uit het door BMF en anderen genoemde arrest uit 2018 nader uitgewerkt en verduidelijkt. Uit dat arrest blijkt dat in de voorevaluatiefase (voortoets) enkel rekening mag worden gehouden met onderdelen in het ontwerp van een project die daar inherent deel van uitmaken en die de schadelijke gevolgen van dat project beperken. Het Hof noemt dit standaardonderdelen die niet worden opgenomen ter beperking van de negatieve gevolgen, maar als standaardonderdeel verplicht zijn voor alle projecten van dezelfde soort. De Afdeling begrijpt hieruit dat, anders dan voorheen werd aangenomen, in de voortoets de gevolgen van een project op zichzelf, zonder het effect van mitigerende maatregelen en zonder vergelijking met de gevolgen die zijn toe te rekenen aan een eerder vergunde situatie, moeten worden beoordeeld. Dat betekent dat bij een voortoets van de gevolgen van een project geen rekening kan worden gehouden met de effecten van een project die al op basis van een natuurtoestemming of milieutoestemming die voorafgaand aan de referentiedatum is verleend en die sindsdien is gecontinueerd, mochten worden veroorzaakt. In de voortoets mag wel rekening worden gehouden met de positieve gevolgen van onderdelen in het ontwerp van een project die aangemerkt kunnen worden als standaardonderdelen in de betekenis die het Hof daaraan heeft gegeven in het Eco-Advocacy-arrest. 25. Als een initiatiefnemer bij zijn aanvraag voor een Wabo-omgevingsvergunning ook de Wabo-omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit heeft aangevraagd (aangehaakt), dan geldt wat hiervoor onder 23 en 23.1 staat. 25.1. Voor de beoordeling van de aanhaakverplichting als bedoeld in artikel 2.2aa, aanhef en onder a, van het Besluit omgevingsrecht, in de gevallen waarin de initiatiefnemer de Wabo-omgevingsvergunning voor de Natura 2000-activiteit niet heeft aangehaakt bij zijn Wabo-omgevingsvergunning voor een of meer andere activiteiten, geldt het volgende. Bij een beslissing op de aanvraag voor een Wabo-omgevingsvergunning, of bij de beoordeling in (hoger) beroep van een betoog dat de Wabo-omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit ten onrechte niet is aangehaakt bij de aanvraag voor een Wabo-omgevingsvergunning wordt beoordeeld of ten tijde van de aanvraag voor de Wabo-omgevingsvergunning (dat is altijd voor 1 januari 2024) op grond van de voor deze uitspraak geldende rechtspraak over intern salderen geen vergunning nodig was voor de activiteit waarop de aanvraag voor de Wabo-omgevingsvergunning ziet. Als de uitkomst van die beoordeling is dat op grond van de voorheen geldende rechtspraak geen natuurvergunning nodig was, dan bestond er ten tijde van de aanvraag voor de Wabo-omgevingsvergunning geen procedurele verplichting om de Wabo-omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit aan te haken bij de aanvraag voor de Wabo-omgevingsvergunning. De Afdeling acht deze beoordelingswijze niet in strijd met artikel 6 van de Hrl, omdat die bepaling niet verplicht tot de gelijktijdige aanvraag van verschillende vergunningen voor dezelfde activiteit. Wat betekent het bovenstaande voor Rendac? 26. Rendac heeft een vergunning aangevraagd voor de wijziging van een bestaand project, waarvoor eerder een natuurvergunning is verleend. Het college heeft de vergunning voor de wijziging van het project verleend, waarbij het de referentiesituatie heeft betrokken in de voortoets. De rechtbank heeft dat besluit terecht vernietigd. De Afdeling ziet echter in wat het college en BMF en anderen naar voren hebben gebracht aanleiding voor het oordeel dat de motivering die de rechtbank aan haar uitspraak ten grondslag legt niet kan worden gevolgd. Voor Rendac betekent dit dat het college als gevolg van deze uitspraak zal moeten beoordelen of het gehele project na wijziging, dat wil zeggen na de ombouw van stoomketel 30 naar stoomketel 70, de realisatie van een nieuwe biogasmotor en de wijziging van de bedrijfsuren van reeds aanwezige biogasmotoren, significante gevolgen kan hebben. Bij die beoordeling mag rekening worden gehouden met de positieve gevolgen van onderdelen in het ontwerp van het project die aangemerkt kunnen worden als standaardonderdelen in de betekenis die het Hof daaraan heeft gegeven in het Eco-Advocacy-arrest. De positieve gevolgen van mitigerende maatregelen, waaronder de vergelijking met de gevolgen die zijn toe te rekenen aan de eerder vergunde situatie - de referentiesituatie - mogen in de voortoets niet worden betrokken. Als op grond van die beoordeling niet op voorhand op grond van objectieve gegevens kan worden uitgesloten dat het project na wijziging significante gevolgen heeft, dan is het gehele project na wijziging vergunningplichtig en dient een passende beoordeling te worden gemaakt. In de passende beoordeling mag het college de gevolgen die zijn toe te rekenen aan de eerder vergunde situatie, de referentiesituatie, als mitigerende maatregel betrekken. Daarvoor gelden de voorwaarden die in deze uitspraak zijn uiteengezet. Daaruit kan worden afgeleid dat, anders dan BMF en anderen in deze procedure naar voren hebben gebracht, een referentiesituatie kan worden ontleend aan een PAS-vergunning. Voor de omvang van de in te zetten referentiesituatie, die volgens BMF en anderen beperkt moet worden tot feitelijk gerealiseerde onderdelen van een activiteit, verwijst de Afdeling naar wat onder 19.2 is overwogen over het bepalen van de omvang van de referentiesituatie die ontleend wordt aan een natuurvergunning. Positieve gevolgen van wijzigingen aan de bestaande vergunde situatie die niet kunnen worden beschouwd als standaardonderdelen van het nieuwe project kunnen niet in de voortoets worden betrokken. De positieve gevolgen van wijzigingen van een bestaande, eerder vergunde situatie kunnen in de voortoets dan ook in de regel niet betrokken worden. 17.4. Het voorgaande betekent dat een beoordeling van de gevolgen van een project in de voortoets op de volgende wijze moet worden uitgevoerd. 17.5. Wanneer een project, dat beschikt over een natuurtoestemming of een milieutoestemming van voor de referentiedatum die nadien is gecontinueerd, niet langer als één-en-hetzelfde project wordt voortgezet, is sprake van een gewijzigd en daarmee van een nieuw project. Dat nieuwe project is het bestaande project zoals dat na de wijziging zal worden voortgezet. In de voortoets moeten de gevolgen van het gehele project na wijziging worden beoordeeld. Voorbeeld: een bedrijf beschikt over een natuurvergunning voor een agrarisch bedrijf met drie stallen. Het bedrijf wil in twee stallen emissiebeperkende maatregelen treffen en een vierde stal bouwen. Het project omvat dan de realisatie van een vierde stal, het realiseren van wijzigingen aan twee bestaande stallen en de exploitatie van een agrarisch bedrijf in vier stallen. In de voortoets moeten de gevolgen van de bouwwerkzaamheden en de exploitatie van de vier stallen, zoals die na de voorgenomen wijziging zal plaatsvinden, worden beoordeeld. 17.6. Wanneer een geheel nieuwe activiteit wordt gerealiseerd op een locatie waar voor een andere activiteit een natuurtoestemming of milieutoestemming van voor de referentiedatum die nadien is gecontinueerd geldt, is eveneens sprake van een nieuw project. De gevolgen van de geheel nieuwe activiteit moeten in de voortoets worden beoordeeld. Voorbeeld: op een locatie waar een industrieel bedrijf is gevestigd die over een natuurvergunning beschikt wordt een woningbouwproject gerealiseerd. De gevolgen van het woningbouwproject, als zijnde het nieuwe project, moeten in de voortoets worden beoordeeld. 17.7. De beoordeling van de gevolgen van het project moet voldoen aan de vereisten van artikel 2.7 en 2.8 van de Wnb. Dat is nu artikel 5.1, eerste lid, onder e, van de Omgevingswet en artikel 8.74b van het Besluit kwaliteit leefomgeving. Deze bepalingen zijn een implementatie van artikel 6, derde lid, van de Hrl. Dit betekent, gelet op wat is overwogen onder 17.3, dat dan eerst moet worden bezien of op grond van objectieve gegevens kan worden uitgesloten dat het nieuw te realiseren project op zich zelf (inclusief standaardonderdelen in het ontwerp van het nieuwe project, maar zonder daarbij de vergunde situatie of andere mitigerende maatregelen te betrekken), of in combinatie met andere plannen of projecten, significante gevolgen heeft voor Natura 2000-gebieden. Indien significante gevolgen niet op voorhand kunnen worden uitgesloten ontstaat, gelet op artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb/artikel 5.1, eerste lid, onder e, van de Omgevingswet, een vergunningplicht. De aanvraag voor de vergunning heeft, gelet op wat in 17.5 staat, bij de wijziging van een bestaand vergund project, betrekking op het gehele project na wijziging, dus inclusief de ongewijzigde onderdelen van een project die worden voortgezet. Bij een geheel nieuw project ziet de aanvraag op dat nieuwe project. Voor het project zal, in overeenstemming met artikel 2.7, tweede lid en artikel 2.8 van de Wnb/artikel 5.1, eerste lid, onder e, en 16.53c van de Omgevingswet en artikel 8.74b van het Besluit kwaliteit leefomgeving, dan een passende beoordeling moeten worden gemaakt waaruit de zekerheid wordt verkregen dat het project de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied niet zal aantasten. Intern salderen in de passende beoordeling: welke toestemmingen? 18. In een passende beoordeling moet de zekerheid worden verkregen dat een project de natuurlijke kenmerken van een Natura 2000-gebied niet zal aantasten. Zoals de Afdeling eerder heeft overwogen, leidt zij uit de arresten Briels (HvJ EU 15 mei 2014, C-521/12, ECLI:EU:C:2014:330) en Sweetman (HvJ EU 11 april 2013, C-258/11, ECLI:EU:C:2013:220), af dat in een passende beoordeling alle rechtstreekse met het project samenhangende gevolgen betrokken mogen worden (uitspraak van de Afdeling van 24 december 2014, ECLI:NL:RVS:2014:4672, r.o. 9.9-9.11). De wijziging, beëindiging of continuering van onderdelen van een bestaande vergunde situatie of een combinatie daarvan, kunnen naar het oordeel van de Afdeling worden geduid als rechtstreekse met - de wijziging van - het project samenhangende gevolgen. Intern salderen is een maatregel waarmee wordt beoogd de rechtstreekse gevolgen van een nieuw project te voorkomen of te verminderen door het beperken of beëindigen van een bestaande vergunde situatie. Intern salderen kan daarom, net als extern salderen, als een mitigerende maatregel worden aangemerkt (zie ter vergelijking over het aanmerken van extern salderen als mitigerende maatregel de uitspraak van de Afdeling 6 maart 2024, ECLI:NL:RVS:2024:951, onder 69.1). De gevolgen die zijn toe te rekenen aan een bestaande vergunde situatie (de referentiesituatie) kunnen daarom - onder hierna nog te bespreken voorwaarden - in een passende beoordeling worden betrokken. 18.1. De referentiesituatie die in een passende beoordeling betrokken kan worden, wordt ontleend aan de natuurvergunning voor het toegestane project op de locatie waar de beoogde activiteit is voorzien. De referentiesituatie wordt bij het ontbreken van een natuurvergunning ontleend aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (dat is het moment waarop artikel 6 van de Hrl van toepassing werd op het betrokken Natura 2000-gebied). Onder het verlenen van een milieutoestemming moet de vergunning of de melding op basis van de Wet milieubeheer of de daaraan voorafgaande Hinderwet worden verstaan. Wanneer daarna een milieutoestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen voor Natura 2000-gebieden dan de op de referentiedatum toegestane activiteit, dan wordt de referentiesituatie ontleend aan die latere toestemming. Een referentiesituatie kan niet worden ontleend aan een natuurvergunning of milieutoestemming die is vervallen of geëxpireerd. 18.2. Door BMF en anderen is aangevoerd dat toestemmingen die niet voldoen aan artikel 6, derde lid, van de Hrl, zoals PAS-vergunningen, niet zonder meer in een passende beoordeling voor een nieuw project kunnen worden betrokken. In zo’n geval zou een herbeoordeling moeten plaatsvinden. 18.3. De Afdeling komt tot het oordeel dat uit het Grüne Liga-arrest en het AquaPri-arrest niet volgt dat een eerder niet toereikend passend beoordeelde vergunning per definitie aan een herbeoordeling op grond van artikel 6, derde lid, van de Hrl hoeft te worden onderworpen. Daartoe overweegt de Afdeling dat het Grüne Liga-arrest niet gaat over de hier voorliggende rechtsvraag. In dat arrest wordt de vraag besproken of en onder welke omstandigheden op grond van artikel 6, tweede lid, van de Hrl een verplichting bestaat om een nieuwe beoordeling te maken van een plan of project waarvoor toestemming is verleend zonder dat aan de vereisten van artikel 6, derde lid, van de Hrl is voldaan. Dat arrest bespreekt niet de vraag of onder omstandigheden in het kader van de toestemming voor de gewijzigde voortzetting van een project of een geheel nieuw project, op grond van artikel 6, derde lid van de Hrl, een verplichting bestaat om de toestemming voor de bestaande onderdelen van het project die worden gewijzigd, beëindigd of gecontinueerd opnieuw te beoordelen. 18.4. In het AquaPri-arrest oordeelt het Hof in punt 47: "dat artikel 6, lid 3, eerste volzin, van richtlijn 92/43 aldus moet worden uitgelegd dat de voortzetting, onder ongewijzigde voorwaarden, van de exploitatie van een installatie die reeds in de projectfase is vergund, in beginsel niet hoeft te worden onderworpen aan de in die bepaling neergelegde beoordelingsverplichting. Echter, ingeval de aan de afgifte van de vergunning in kwestie voorafgaande beoordeling enkel betrekking had op de gevolgen van het project afzonderlijk - zonder dat in aanmerking werd genomen dat dit project bestond naast andere projecten - en die vergunning de voortzetting van die exploitatie bovendien afhankelijk stelt van de voorwaarde dat een nieuwe vergunning wordt verkregen waarin het nationale recht voorziet, moet aan de afgifte van deze nieuwe vergunning een nieuwe beoordeling voorafgaan die voldoet aan de vereisten van die bepaling". 18.5. De Afdeling volgt BMF en anderen niet waar zij stellen dat uit het AquaPri-arrest volgt dat artikel 6, derde lid, van de Hrl vereist dat een herbeoordeling plaatsvindt van een natuurvergunning die zonder toereikende passende beoordeling is verleend. Het Hof overweegt in het AquaPri-arrest juist dat in beginsel geen nieuwe beoordelingsverplichting bestaat. Een uitzondering hierop bestaat volgens het Hof slechts op het moment dat naar nationaal recht voor de ongewijzigde voortzetting van een eerder niet toereikend passend beoordeeld project een nieuwe vergunning is vereist. De situatie van een ongewijzigde voortzetting van een project is niet aan de orde in de gevallen als bedoeld in 17.5 en 17.6. Het gaat daar om de gewijzigde voortzetting van een project waardoor niet langer sprake is van voortzetting van één-en-hetzelfde project maar van een nieuw project dat op grond van artikel 6, derde lid, van de Hrl vergunningplichtig is. Daarnaast gaat het om de vraag of in een passende beoordeling van de gevolgen van dat nieuwe project, de rechtstreekse gevolgen van de wijziging, beëindiging of continuering van onderdelen van een bestaande vergunde activiteit als mitigerende maatregel mogen worden betrokken. Het gaat daarbij om gevolgen die feitelijk kunnen worden veroorzaakt op basis van een onherroepelijke en voor onbepaalde tijd verleende toestemming. Het AquaPri-arrest gaat niet over de vraag of en onder welke voorwaarden een maatregel als mitigerende maatregel in een passende beoordeling betrokken mag worden. Daarover gaat het PAS-arrest. Daaruit volgt onder meer dat een maatregel niet als mitigerende maatregel in een passende beoordeling kan worden betrokken als de maatregel nodig is als instandhoudings- of passende maatregel. Dit dient steeds in het concrete geval bij de inzet van intern salderen als mitigerende maatregel in een passende beoordeling beoordeeld en gemotiveerd te worden (= additionaliteitsvereiste). Die toets verplicht niet tot een herbeoordeling van de onherroepelijke en voor onbepaalde tijd verleende toestemming waaraan de referentiesituatie wordt ontleend. Het voorgaande geldt evenzeer in gevallen waarin de vergunning voor de wijziging van een project zoals bedoeld onder 17.5 tevens ziet op de continuering van eerder vergunde onderdelen van een project. Daarbij wijst de Afdeling erop dat, zoals hierna onder 21 wordt toegelicht, het hiervoor genoemde additionaliteitsvereiste ook betrekking heeft op die onderdelen van het nieuwe project die bestaan uit de continuering van een bestaande vergunde situatie. 18.6. BMF en anderen wijzen er terecht op dat uit het AquaPri-arrest volgt dat als een vergunning is afgegeven voor een project na een beoordeling die niet voldeed aan artikel 6, derde lid, van de Hrl, die schending ongedaan moet worden gemaakt. Zoals de Afdeling overwoog in haar uitspraak van 14 februari 2024, ECLI:NL:RVS:2024:625, onder 42.3, vergt dit een onderzoek dat op grond van artikel 6, tweede lid, van de Hrl moet worden verricht. Dat is hier, waar het gaat om de verlening van een vergunning voor een nieuw project, niet aan de orde. 18.7. Gelet op wat hiervoor in 18.3-18.6 is overwogen deelt de Afdeling het betoog van BMF en anderen, dat het ontlenen van een referentiesituatie aan een natuurvergunning die niet toereikend passend is beoordeeld, in strijd is met het Unierecht of het beginsel van Unietrouw, niet. Intern salderen in de passende beoordeling: omvang van de referentiesituatie 19. Voor het bepalen van de omvang van de referentiesituatie die bij intern salderen als mitigerende maatregel kan worden ingezet en de voorwaarden die gelden voor het inzetten van intern salderen als mitigerende maatregel in een passende beoordeling (zie hierna onder 20 en verder), wordt aangesloten bij de voorwaarden die gelden voor extern salderen. Daarbij geldt wel als kanttekening dat de invulling van de voorwaarden om een natuurtoestemming of milieutoestemming voor intern salderen in te zetten, op onderdelen anders kan zijn dan bij extern salderen. De reden daarvoor is dat de kenmerken van intern en extern salderen op bepaalde punten verschillen. Bij extern salderen gaat het steeds om vergunningen voor activiteiten op een andere locatie dan de activiteit waarvoor de initiatiefnemer een natuurvergunning aanvraagt. Daardoor wordt er in de regel extern gesaldeerd met de vergunning van een derde. Bij intern salderen gaat het om een initiatief op de locatie waar ook de toestemming geldt die voor intern salderen wordt ingezet. Bij de gewijzigde voortzetting van een project gaat het dan veelal om de inzet van de eigen vergunning van de initiatiefnemer. Bij een geheel nieuw project kan dat ook aan de orde zijn, maar daar kan ook sprake zijn van de inzet van een vergunning van een derde. 19.1. Voor het bepalen van de omvang van de referentiesituatie die bij intern salderen als mitigerende maatregel kan worden ingezet, moet een onderscheid gemaakt worden tussen de referentiesituatie die ontleend wordt aan een natuurvergunning of een milieutoestemming (vergelijk de rechtspraak over extern salderen in de uitspraak van de Afdeling van 6 maart 2024, ECLI:NL:RVS:2024:951, onder 73.1). 19.2. Bij intern salderen met een natuurvergunning mogen de gevolgen die zijn toe te rekenen aan het vergunde project worden ingezet als referentiesituatie. Daarbij geldt niet de voorwaarde dat de vergunde activiteit feitelijk aanwezig is. Relevant is of de gevolgen die zijn toe te rekenen aan de vergunde activiteit aanwezig waren of konden zijn. Dat is het geval als het project alsnog kan worden gerealiseerd en in gebruik kan worden genomen op basis van de natuurvergunning waaraan de referentiesituatie wordt ontleend. Als peilmoment voor de vraag of de gevolgen die zijn toe te rekenen aan een natuurvergunde activiteit aanwezig waren of konden zijn, kan bij intern salderen met de eigen natuurvergunning de aanvraag voor een natuurvergunning, maar ook een eerder objectief bepaalbaar moment worden genomen. Bij intern salderen met de natuurvergunning van een derde kan als peilmoment ook worden genomen de overeenkomst over de overname van de rechten of de intrekking van de natuurvergunning ten behoeve van het nieuw te realiseren project. 19.3. Bij intern salderen met een milieutoestemming mogen de gevolgen die zijn toe te rekenen aan bestaande onderdelen van de vergunde activiteit in de referentiesituatie worden betrokken, voor zover die onderdelen feitelijk zijn gerealiseerd en, voor zover deze structureel niet meer in gebruik zijn, zonder natuurtoestemming opnieuw in gebruik kunnen worden genomen. Als peilmoment voor de vraag of onderdelen van een milieutoestemming feitelijk zijn gerealiseerd, en voor zover die niet meer structureel in gebruik zijn, zonder natuurtoestemming opnieuw in gebruik kunnen worden genomen, kan bij intern salderen met de eigen milieutoestemming de aanvraag voor de natuurvergunning, maar ook een eerder objectief bepaalbaar moment worden genomen. Bij intern salderen met de milieutoestemming van een derde kan als peilmoment ook worden genomen de overeenkomst over de overname van de rechten of de intrekking van de milieutoestemming ten behoeve van het nieuw te realiseren project. 19.4. Het voorgaande betekent dat de mogelijkheden voor de inzet van een milieutoestemming voor intern salderen beperkter zijn dan voor deze rechtspraakwijziging. Zo is intern salderen met niet gerealiseerde onderdelen van een milieutoestemming niet meer mogelijk. Intern salderen met onderdelen van een milieutoestemming die feitelijk zijn gerealiseerd maar structureel niet meer in gebruik zijn, is, anders dan voorheen, beperkt tot die gevallen waarin de hervatting van de milieuvergunde activiteit zonder natuurvergunning kan. Door de wijziging van de beoordeling van de vergunningplicht die in deze uitspraak is uiteengezet, zal sneller dan voorheen sprake zijn van een natuurvergunningplicht, wat de mogelijkheden van intern salderen met onderdelen van een milieutoestemming die feitelijk zijn gerealiseerd maar structureel niet meer in gebruik zijn, naar verwachting beperkt. Zoals in 19.5 nog nader wordt toegelicht, heeft deze wijziging van de rechtspraak ook gevolgen voor de mogelijkheden om extern te salderen met onderdelen van een milieutoestemming die feitelijk zijn gerealiseerd maar structureel niet meer in gebruik zijn. Wat niet verandert is dat onderdelen van de milieuvergunde activiteit die zijn gerealiseerd en in gebruik zijn dan wel niet structureel buiten gebruik zijn gesteld, in de referentiesituatie voor intern salderen kunnen worden betrokken, waarbij voor de daaraan toe te rekenen gevolgen de vergunde en niet de feitelijke situatie als uitgangspunt geldt. De onbenutte ruimte (het verschil tussen vergunde en feitelijk benutte ruimte) in onderdelen van een milieutoestemming die zijn gerealiseerd en worden gebruikt, mag dus in de referentiesituatie worden betrokken. 19.5. De Afdeling wijst er volledigheidshalve op dat de wijziging van de beoordeling van de vergunningplicht die in deze uitspraak is uiteengezet ook gevolgen heeft voor extern salderen met onderdelen van een milieutoestemming die feitelijk zijn gerealiseerd maar structureel niet meer in gebruik zijn. Aan de voorwaarde dat daarmee extern gesaldeerd kan worden als de hervatting van de milieuvergunde activiteit zonder natuurvergunning kon, werd voor deze rechtspraakwijziging veelal voldaan omdat de referentiesituatie in de voortoets en dus bij de vraag of een natuurvergunning nodig was, mocht worden betrokken. Dat kan als gevolg van deze uitspraak niet meer. Omdat voor de hervatting van bedrijfsactiviteiten die structureel niet meer in gebruik zijn eerder dan voorheen een natuurvergunning nodig zal zijn, zijn de mogelijkheden van extern salderen op dit punt naar verwachting beperkter dan voorheen. 19.6. Naast wat hiervoor in 19.2 en 19.3 is weergegeven geldt het volgende. Tijdens de werking van het Programma Aanpak Stikstof 2015-2021 (hierna: het PAS) is depositieruimte beschikbaar gesteld van zogenoemde stoppers. In de PAS-uitspraak staat dat extern salderen niet mogelijk is als de saldoafnames waarmee extern wordt gesaldeerd betrokken kunnen zijn in de stoppersruimte in het kader van het PAS, omdat dan dubbele inzet van stikstofdepositie niet is uitgesloten. Dit is, zo oordeelt de Afdeling nu, niet anders voor intern salderen, dat ook als mitigerende maatregel in een passende beoordeling kan worden betrokken. In de PAS-uitspraak heeft de Afdeling de criteria genoemd wanneer die dubbele inzet van stikstofdepositie is uitgesloten. Dat is het geval als intern (of extern) wordt gesaldeerd met een bedrijf dat (i) op 1 juli 2015 geen stikstofdepositie meer veroorzaakte of (ii) op 1 juli 2018 nog stikstofdepositie veroorzaakte, of (iii) binnen één kilometer afstand van een Natura 2000-gebied staat. 19.7. BMF en anderen hebben aangevoerd dat bij de passende beoordeling op grond van artikel 6, derde lid, van de Hrl slechts de bestaande, vergunde onderdelen van een project kunnen worden betrokken als referentiesituatie, voor zover die onderdelen feitelijk zijn gerealiseerd en nog in gebruik zijn. Niet of niet meer benutte ruimte kan volgens BMF en anderen niet zonder herbeoordeling in de passende beoordeling worden betrokken. 19.8. Zoals uit 19.3 en 19.4 volgt zijn de mogelijkheden voor intern salderen met een milieutoestemming beperkt tot bestaande onderdelen voor zover die onderdelen feitelijk zijn gerealiseerd en die, voor zover structureel niet meer in gebruik, zonder nieuwe natuurtoestemming opnieuw in gebruik kunnen worden genomen. Een eerder verleende natuurtoestemming kan echter bij de beoordeling worden betrokken, ook indien niet alle activiteiten waarop die toestemming ziet zijn of nog worden uitgevoerd (zie 19.2). De Afdeling is van oordeel dat uit artikel 6, derde lid, van de Hrl en uit de rechtspraak van het Hof daarover niet kan worden afgeleid dat in een passende beoordeling voor een nieuw project een herbeoordeling op grond van artikel 6, derde lid, van de Hrl moet plaatsvinden van niet of niet volledig benutte onderdelen van onherroepelijke en voor onbepaalde termijn verleende (milieu- of natuur)vergunningen die als referentiesituatie in een passende beoordeling worden betrokken. Zij verwijst daarvoor ook naar wat hiervoor onder 18.3-18.5 is overwogen. 19.9. De Afdeling onderkent dat dit oordeel tot gevolg kan hebben dat intern (of extern) salderen negatieve gevolgen heeft voor de natuur. Als de depositie die behoort bij vergunde activiteiten die al enige jaren niet meer worden uitgevoerd, kan worden ingezet om toestemming te geven voor nieuwe activiteiten, leidt dat immers tot een toename van stikstofdepositie. De Afdeling hecht er daarom aan om aan te geven dat de in deze uitspraak uiteengezette wijziging van rechtspraak tot gevolg heeft dat voor veel gevallen een natuurvergunningplicht zal ontstaan waar die er voorheen niet was. Dat geeft het bevoegd gezag de mogelijkheid om, net als bij extern salderen, na afweging van alle betrokken belangen waaronder het natuurbelang en het belang van initiatiefnemers, in het kader van de vergunningverlening beleid te voeren over wat in de referentiesituatie voor intern salderen mag worden betrokken. Daarbij kan gedacht worden aan het beperken van de inzet van niet of niet meer benutte ruimte in natuurvergunningen of milieutoestemmingen of het in bepaalde situaties afromen van een deel van de positieve effecten door de wijziging of beëindiging van een bestaande vergunde situatie. Rol van intern salderen in de passende beoordeling: mitigerende maatregelen 20. Uit het voorgaande volgt dat intern salderen als mitigerende maatregel mag worden betrokken in een passende beoordeling. Dat betekent dat in de passende beoordeling van de gevolgen van een project rekening mag worden gehouden met een referentiesituatie die ontleend is aan een natuurvergunning of milieutoestemming. Dat mag mits voldaan is aan de in de rechtspraak ontwikkelde voorwaarden voor het betrekken van een mitigerende maatregel in de passende beoordeling. De Afdeling verwijst hiervoor naar de PAS-uitspraak (uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1603, overweging 18 e.v.). 20.1. Een belangrijke voorwaarde voor het mogen betrekken van de voordelen van mitigerende maatregelen in een passende beoordeling is dat die voordelen ten tijde van de passende beoordeling vaststaan. De Afdeling wijst er daarbij op dat de wijziging, beëindiging en continuering van de vergunde situatie bij wijze van mitigerende maatregel in de regel zal kunnen worden beschouwd als een beschermingsmaatregel die functioneel is verbonden aan de uitvoering van een nieuw project en niet als een beschermingsmaatregel waarvan de verwachte voordelen afhankelijk zijn van een ontwikkeling of reactie in de natuur, het ecologisch systeem of van een diersoort. Dat betekent dat deze (functioneel verbonden) mitigerende maatregel in de regel nog niet getroffen hoeft te zijn ten tijde van de passende beoordeling, maar dat de verwachte voordelen van deze maatregel wel dienen vast te staan ten tijde van de passende beoordeling. 20.2. Verder dient gewaarborgd te zijn dat de maatregelen zijn geëffectueerd voordat de gevolgen van het beoogde project waarvoor de maatregelen worden ingezet, zich zullen voordoen. Verzekerd moet zijn dat de wijziging of beëindiging van de bestaande vergunde situatie is gerealiseerd en niet meer kan worden hervat en dat de daarmee gepaard gaande positieve effecten op Natura 2000-gebieden zijn gerealiseerd voordat de gevolgen van het beoogde project zich zullen voordoen. Verder dient gewaarborgd te zijn dat de natuurvergunning of milieutoestemming waaraan de referentiesituatie wordt ontleend, uitsluitend kan worden ingezet voor het beoogde project. Dubbele inzet van de referentiesituatie, bijvoorbeeld ook ten behoeve van extern salderen, moet worden voorkomen (vergelijk ook de rechtspraak over extern salderen zoals weergegeven in de uitspraak van de Afdeling van 6 maart 2024, ECLI:NL:RVS:2024:951, onder 77-78.2). 20.3. Bij de wijze waarop aan de hiervoor in 20.1 en 20.2 genoemde voorwaarden voor intern salderen kan worden voldaan is het volgende van belang. Bij intern salderen worden vergunningen ingezet die gelden voor de locatie waarop de aangevraagde activiteit zal worden gerealiseerd. Bij de vergunning voor de gewijzigde voortzetting van een bestaand project zoals bedoeld in 17.5, zal in de regel intern gesaldeerd worden met de eigen natuurvergunning of milieutoestemming. De nieuwe natuurvergunning heeft betrekking op het gehele project na wijziging. Die nieuwe vergunning vormt de nieuwe referentiesituatie voor de locatie waarop de vergunning betrekking heeft. Aan de in 20.1 en 20.2 genoemde voorwaarden zal dan in de regel voldaan kunnen worden door het stellen van voorschriften aan de te verlenen natuurvergunning, waarin verzekerd is dat de benodigde wijzigingen van de bestaande situatie en het daarmee gepaard gaande positieve effect op Natura 2000-gebieden gerealiseerd zijn op het moment waarop de gevolgen van het beoogde project zich in de aanleg- en/of gebruiksfase zullen voordoen. Om hervatting van activiteiten of dubbele inzet van de referentiesituatie te voorkomen, moet verzekerd zijn dat de referentievergunningen (natuur en milieu) niet meer kunnen worden benut voor de onderdelen van het bestaande project die niet langer voortgezet worden. Het voorgaande geldt ook voor de natuurvergunning voor een geheel nieuw project als bedoeld in 17.6 waarbij de gehele eigen natuurvergunning of milieutoestemming als referentiesituatie wordt ingezet. Wordt in zo’n geval een deel van de eigen natuurvergunning of milieutoestemming ingezet, dan is niet uitgesloten dat ter voorkoming van dubbele inzet van de referentiesituatie, het ook nodig is dat bestuursrechtelijk is verzekerd dat de natuurvergunning of milieutoestemming daadwerkelijk is of zal worden gewijzigd ten behoeve van het nieuwe project. Dat wijzigingsbesluit hoeft nog niet geëffectueerd te zijn ten tijde van de passende beoordeling (20.1), maar wel op het moment waarop de gevolgen van het beoogde project zich zullen voordoen. Een borging dat de benodigde wijzigingsbesluiten zijn genomen op het moment waarop de gevolgen van het beoogde project zich zullen voordoen, kan worden opgenomen in de natuurvergunning voor het beoogde project. Bij een natuurvergunning voor een geheel nieuw project als bedoeld in 17.6 is het ook mogelijk dat de initiatiefnemer intern saldeert met (onderdelen van) een natuurvergunning of milieutoestemming van een derde. Dan geldt ter waarborg van de daadwerkelijke beëindiging van activiteiten en het voorkomen van dubbele inzet ook het volgende. Ten tijde van de passende beoordeling dient er ten minste een overeenkomst te zijn tussen de initiatiefnemer van het beoogde project en de derde over de overname van (onderdelen van) de natuurvergunning of milieutoestemming die voor intern salderen wordt ingezet (20.1). Wordt in zo’n geval een deel van de natuurvergunning of milieutoestemming van een derde ingezet, dan is niet uitgesloten dat ter voorkoming van dubbele inzet van de referentiesituatie, het ook nodig is dat bestuursrechtelijk is verzekerd dat de natuurvergunning of milieutoestemming daadwerkelijk is of zal worden gewijzigd ten behoeve van het nieuwe project. Dat wijzigingsbesluit hoeft nog niet geëffectueerd te zijn ten tijde van de passende beoordeling (20.1), maar wel op het moment waarop de gevolgen van het beoogde project zich zullen voordoen. Een borging dat de benodigde wijzigingsbesluiten zijn genomen op het moment waarop de gevolgen van het beoogde project zich zullen voordoen, kan worden opgenomen in de natuurvergunning voor het beoogde project. 20.4. Wat in 20.3 staat moet worden gezien als een richtlijn voor de wijze waarop aan de voorwaarden zou kunnen worden voldaan. Intern salderen komt in veel verschillende vormen voor. Bij de beantwoording van de vraag of in een concreet geval voldaan is aan de voorwaarden uit 20.1 en 20.2, is van belang waarvoor, door wie en met welke toestemming intern wordt gesaldeerd. Het bevoegd gezag zal daarom per geval moeten bezien welke waarborgen nodig en passend zijn en op welke wijze deze bestuursrechtelijk kunnen worden verzekerd. Behalve door het stellen van voorschriften aan de natuurvergunning en de wijziging van de referentievergunningen kan dat in een voorkomend geval mogelijk ook door het stellen van maatwerkvoorschriften als bedoeld in artikel 11.3 van het Besluit activiteiten leefomgeving. Rol van intern salderen in de passende beoordeling: additionaliteitsvereiste 21. Onder 18 is uiteengezet dat de Afdeling intern salderen aanmerkt als mitigerende maatregel. Intern salderen wordt ingezet om de gevolgen van het beoogde project te mitigeren door wijziging of beëindiging van onderdelen van de bestaande vergunde situatie. Bij de gewijzigde voortzetting van een project maakt ook de continuering van onderdelen van de bestaande vergunde situatie deel uit van de mitigerende maatregel. Uit overweging 13-13.8 van de uitspraak van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1603 (PAS) volgt dat een maatregel die naar zijn aard ook kan worden ingezet als instandhoudingsmaatregel of passende maatregel niet zonder meer kan worden ingezet als mitigerende maatregel in een passende beoordeling van de gevolgen van een project. Het beperken of beëindigen van een bestaande vergunde situatie is een maatregel die ingezet kan worden als instandhoudings- of passende maatregel. Intern salderen kan daarom alleen in de passende beoordeling worden betrokken als voldaan is aan het zogenoemde additionaliteitsvereiste. Dat additionaliteitsvereiste geldt voor de inzet van de gehele referentiesituatie die als mitigerende maatregel wordt ingezet. Bij de gewijzigde voortzetting van een project geldt dat vereiste dus niet alleen voor de wijziging of beëindiging van onderdelen van de bestaande vergunde situatie, maar ook voor de continuering van onderdelen van de bestaande vergunde situatie. 21.1. In 13.5 tot en met 13.7 van de PAS-uitspraak is uiteengezet wat het additionaliteitsvereiste inhoudt. Daaruit volgt dat een maatregel die naar zijn aard ook als instandhoudings- of passende maatregel zou kunnen worden ingezet als mitigerende maatregel in een passende beoordeling kan worden betrokken als de maatregel "niet nodig is krachtens artikel 6, eerste of tweede lid, van de Hrl". De Afdeling licht hieronder toe wanneer dat het geval is. 21.2. Artikel 6, eerste lid, van de Hrl verplicht tot het daadwerkelijk treffen van instandhoudingsmaatregelen die nodig zijn voor het behoud of het herstel van de gunstige staat van instandhouding van de soorten en habitattypen waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen. Het zijn (positieve) maatregelen waarmee uitvoering wordt gegeven aan de instandhoudingsdoelen die voor elke soort of habitattype in het aanwijzingsbesluit zijn opgenomen. Hoewel uit artikel 6, eerste lid, van de Hrl een resultaatsverplichting voortvloeit, is het aan de lidstaten te bepalen op welke wijze, en, voor zover de bepaling verplicht tot herstel, in welk tempo, hieraan uitvoering wordt gegeven. De Afdeling leidt hieruit af (1) dat een maatregel die voor het behoud van de gunstige staat van instandhouding zou kunnen worden ingezet, als mitigerende maatregel in een passende beoordeling mag worden ingezet, als het behoud van de natuurwaarden in het Natura 2000-gebied is gewaarborgd door het treffen van instandhoudingsmaatregelen; en (2) dat een maatregel die zou kunnen worden ingezet voor het herstel van de gunstige staat van instandhouding als mitigerende maatregel in een passende beoordeling kan worden ingezet als verzekerd is dat het realiseren van de herstel- en verbeterdoelstelling mogelijk blijft. Het voorgaande brengt mee dat in de natuurvergunning voor een project waaraan een passende beoordeling ten grondslag ligt waarin intern salderen als mitigerende maatregel is betrokken, gemotiveerd moet worden dat het behoud van de staat van instandhouding door het treffen van instandhoudingsmaatregelen is gewaarborgd, dan wel dat het herstel van de staat van instandhouding mogelijk blijft. Deze motiveringsplicht geldt ook voor de inzet van extern salderen als mitigerende maatregel in een passende beoordeling. Als voorbeeld verwijst de Afdeling naar overweging 48 e.v. van haar uitspraak van 14 februari 2024, ECLI:NL:RVS:2024:625 (GOL) en naar haar uitspraak van 2 oktober 2024, ECLI:NL:RVS:2024:3981 (ViA15). In deze uitspraken is het additionaliteisvereiste toegepast voor extern salderen in gevallen waarin die maatregel ook als instandhoudingsmaatregel kon worden ingezet. 21.3. Zoals ook beschreven onder 14.1, verplicht artikel 6, tweede lid, van de Hrl tot het treffen van passende (preventieve) maatregelen die nodig zijn om verslechteringen en verstoringen die significante effecten kunnen hebben op de soorten en habitattypen waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen te voorkomen. Volgens het Hof beschikken de lidstaten bij het nemen van passende maatregelen over een beoordelingsmarge, mits gewaarborgd is dat er geen verslechtering of significante verstoring plaatsvindt. Het is met andere woorden aan de lidstaten ter beoordeling welke maatregelen worden getroffen, maar deze maatregelen moeten worden uitgevoerd als significante gevolgen dreigen. De Afdeling leidt hieruit af dat een maatregel die als passende maatregel zou kunnen worden ingezet, als mitigerende maatregel in een passende beoordeling kan worden betrokken als andere maatregelen zijn of zullen worden getroffen om een dreigende verslechtering en verstoring met significante gevolgen voor soorten en habitattypen te voorkomen. Het voorgaande brengt mee dat het college, die beoordelingsruimte heeft bij de keuze van de passende maatregelen die nodig zijn, bij het besluit op de aanvraag voor een natuurvergunning voor een project dat gevolgen kan hebben voor natuurwaarden waarvoor passende maatregelen moeten worden getroffen en waarvan de gevolgen worden gemitigeerd door intern salderen, moet beoordelen of de wijziging of beëindiging van een vergunde activiteit als passende maatregel moet worden ingezet, dan wel dat andere passende maatregelen (zullen) worden getroffen. Als het college in zo’n geval beslist dat intern salderen als mitigerende maatregel in een passende beoordeling mag worden betrokken, dan moet het college bij de verlening van de natuurvergunning motiveren op welke wijze het invulling geeft aan de beoordelingsruimte die het heeft bij de keuze van de te treffen passende maatregelen. Het college kan dat doen door uit te leggen welke andere maatregelen zijn of zullen worden getroffen, binnen welk tijdpad deze maatregelen worden uitgevoerd en wanneer verwacht wordt dat deze effectief zijn. De Afdeling verwijst hiervoor naar de Logtsebaan-uitspraak (uitspraak van de Afdeling van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71). Deze motiveringsplicht geldt ook voor de inzet van extern salderen als mitigerende maatregel in een passende beoordeling. 21.4. Het onder 21.2 en 21.3 gestelde brengt ook mee dat in de passende beoordeling van een project waarin intern salderen als mitigerende maatregel wordt betrokken, de gegevens moeten worden opgenomen op grond waarvan het bevoegd gezag kan beoordelen of voldaan is aan het additionaliteitsvereiste. De Afdeling wijst er tot slot op dat een plan, programma of pakket van maatregelen waarin gemotiveerd wordt welke instandhoudingsmaatregelen en passende maatregelen die nodig zijn om uitvoering te geven aan artikel 6, eerste en tweede lid, van de Hrl gemotiveerd worden getroffen, behulpzaam kan zijn bij de beoordeling of voldaan is aan het additonaliteitsvereiste. Daarvoor is wel van belang dat het gaat om een plan, programma of pakket van maatregelen dat in uitvoering is en dat zo nodig vergezeld gaat van monitoring van de uitvoering en effecten en dat voorziet in bijsturing of aanvulling indien nodig. Vergelijk de uitspraken van de Afdeling van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71 (Logtsebaan), onder 7.3 en van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1603 (PAS), onder 28.2. Wat betekent het bovenstaande? 22. Deze uitspraak betekent dat de Afdeling in het vervolg de vergunningplicht die was opgenomen in artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb en sinds 1 januari 2024 is opgenomen in artikel 5.1, eerste lid, onder e, van de Omgevingswet, uitlegt op de wijze zoals beschreven in deze uitspraak. Dat betekent dat bij de wijziging van een bestaand project waardoor niet langer sprake is van de voortzetting van één-en-hetzelfde project of de realisering van een geheel nieuw project, eerst moet worden bezien of op grond van objectieve gegevens kan worden uitgesloten dat het nieuwe project op zich zelf (inclusief standaardonderdelen in het ontwerp van het nieuwe project, maar zonder daarbij mitigerende maatregelen, waaronder intern salderen, te betrekken), of in combinatie met andere plannen of projecten, significante gevolgen heeft voor Natura 2000-gebieden. Indien significante gevolgen niet op voorhand kunnen worden uitgesloten, ontstaat, gelet op artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb/artikel 5.1, eerste lid, onder e, van de Omgevingswet, een vergunningplicht en zal een passende beoordeling moeten worden gemaakt waaruit de zekerheid wordt verkregen dat het project de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied niet zal aantasten. De gevolgen die zijn toe te rekenen aan een bestaande vergunde situatie kunnen - onder voorwaarden - als mitigerende maatregel in de passende beoordeling worden betrokken. Betekenis van de uitspraak voor natuurvergunningprocedures 23. De wijziging van de rechtspraak over intern salderen is direct van toepassing in lopende natuurvergunningprocedures en dus ook in toekomstige natuurvergunningprocedures. 23.1. Dit betekent dat het bevoegd gezag het nieuwe beoordelingskader moet toepassen bij een (alsnog) te nemen besluit op een aanvraag voor een natuurvergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb, een aan een Wabo-omgevingsvergunning aangehaakte aanvraag om een omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, onder i, van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht, gelezen in samenhang met artikel 2.2aa, aanhef en onder a, van het Besluit omgevingsrecht, of een aanvraag voor een omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit als bedoeld in artikel 5.1, eerste lid, onder e, van de Omgevingswet. De Afdeling zal in al lopende (hoger)beroepsprocedures tegen natuurvergunningen de naar voren gebrachte beroepsgronden beoordelen in het licht van het nieuwe beoordelingskader. Betekenis van de uitspraak voor handhavingsprocedures 24. Het in deze uitspraak uiteengezette kader voor de beoordeling van de vergunningplicht is direct van toepassing in lopende en dus ook in toekomstige handhavingsprocedures. Dit betekent dat in een handhavingsprocedure moet worden beoordeeld of de activiteit die feitelijk plaatsvindt nog kan worden aangemerkt als één-en-hetzelfde project ten opzichte van de geldende natuurvergunning of milieutoestemming die gold op de referentiedatum. Als niet langer sprake is van één-en-hetzelfde project ten opzichte van de geldende natuurvergunning of milieutoestemming die gold op de referentiedatum, dan moet op basis van het in deze uitspraak uiteengezette kader worden beoordeeld of een natuurvergunning nodig is voor het nieuwe project. Als de uitkomst daarvan is dat de activiteit zonder vereiste natuurvergunning wordt verricht dan is het college bevoegd om daartegen handhavend op te treden. Gedurende een overgangsperiode van vijf jaar heeft het college die bevoegdheid niet voor de categorie van gevallen die onder 24.3 wordt beschreven. De Afdeling licht dat als volgt toe. Overgangsperiode handhaving voor bepaalde activiteiten 24.1. De Afdeling realiseert zich dat de wijziging van haar rechtspraak over intern salderen - die is ingegeven door rechtspraak van het Hof -gevolgen heeft voor activiteiten die zijn gestart op of na 1 januari 2020 en waarvan werd aangenomen dat deze, via het mechanisme van intern salderen, niet vergunningplichtig waren. Niet alleen betekent deze uitspraak dat voor deze activiteiten alsnog moet worden nagegaan of een natuurvergunning moet worden verkregen, ook is het beoordelingskader voor deze, eventueel, benodigde natuurvergunning, gewijzigd. Om die reden wordt voor bepaalde activiteiten voorzien in een overgangsperiode waarbinnen niet handhavend kan worden opgetreden met een last onder bestuursdwang of last onder dwangsom. De overgangsperiode wordt hieronder uiteengezet. Hierdoor wordt enerzijds recht gedaan aan de belangen van degene die op grond van de voorheen geldende rechtspraak veronderstelden dat geen natuurvergunning nodig was voor hun activiteiten en anderzijds aan de uit de Hrl volgende verplichtingen ter bescherming van de natuur. 24.2. Zoals in 12-12.1 is uiteengezet kende de Wnb tot 1 januari 2020 de zogenoemde verslechteringsvergunning. Op 1 januari 2020 wijzigde de natuurvergunningplicht, waardoor de verslechteringsvergunning verviel. Dat betekende, gelet op het destijds toegepaste kader voor de beoordeling van de vergunningplicht, dat niet langer een vergunning nodig was voor de wijziging van een project als die wijziging met intern salderen geen grotere of andere gevolgen voor een Natura 2000-gebied had. Het vervallen van de vergunningplicht betekende niet dat initiatiefnemers ervan uit konden gaan dat hun activiteit zonder meer was toegestaan. Als de beperking of beëindiging van een activiteit nodig was als passende maatregel om verslechteringen of significante verstoringen van natuurwaarden in een Natura 2000-gebied te voorkomen, dan kon het bevoegd gezag dat bewerkstelligen door toepassing te geven aan de zogenoemde aanschrijvingsbevoegdheid die tot 1 januari 2024 was opgenomen in artikel 2.4 van de Wnb en na die datum met het instrumentarium uit de Omgevingswet. 24.3. De onmiddellijke werking van de wijziging van de rechtspraak over intern salderen betekent dat activiteiten die op of na 1 januari 2020 fysiek zijn gestart en waarvoor op grond van de voorheen geldende rechtspraak over intern salderen geen natuurvergunning nodig was, alsnog vergunningplichtig zijn, als de activiteit na deze uitspaak nog in uitvoering is of nog wordt geëxploiteerd en significante gevolgen daarvan niet op grond van objectieve gegevens op voorhand zijn uitgesloten. Omdat het verrichten van een activiteit zonder benodigde natuurvergunning in strijd is met artikel 5.1, eerste lid, onder e, van de Omgevingswet, zou het bevoegd gezag na deze uitspraak met een last onder bestuursdwang of last onder dwangsom kunnen optreden tegen de voortzetting van de activiteit zonder natuurvergunning (zie ook onder 24). 24.4. De Afdeling ziet uit oogpunt van rechtszekerheid aanleiding om voor initiatiefnemers van activiteiten die fysiek zijn gestart tussen 1 januari 2020 en 1 januari 2025 én waarvoor op grond van de voorheen geldende rechtspraak over intern salderen geen vergunning nodig was, een overgangsperiode van vijf jaar (tot 1 januari 2030) te bepalen waarin het bevoegd gezag niet met een last onder bestuursdwang of last onder dwangsom kan optreden tegen de voortzetting van die activiteit zonder natuurvergunning. Deze overgangsperiode loopt voor al de hiervoor bedoelde activiteiten tot 1 januari 2030. De initiatiefnemer kan in deze periode onderzoeken of voor de voortzetting van de activiteit een natuurvergunning nodig is. Als dat zo is, dan kan de initiatiefnemer de overgangsperiode gebruiken om een aanvraag voor een natuurvergunning te doen. Hij kan er uiteraard ook voor kiezen om zijn activiteit zodanig aan te passen dat geen natuurvergunning nodig is. Het voorgaande betekent niet dat het bevoegd gezag in de overgangsperiode in het geheel niet kan optreden tegen de voortzetting van deze activiteiten. Het bevoegd gezag kan als de beperking of beëindiging van een activiteit nodig is als passende maatregel om verslechteringen of significante verstoringen van natuurwaarden in een Natura 2000-gebied te voorkomen, de instrumenten die de Omgevingswet daarvoor kent, zoals de specifieke zorgplicht en het stellen van maatwerkvoorschriften, voor deze activiteiten inzetten. Op dit punt verandert er dus niets voor initiatiefnemers van activiteiten die fysiek zijn gestart in de periode 1 januari 2020 tot 1 januari 2025 en waarvoor op grond van de voorheen geldende rechtspraak over intern salderen geen vergunning nodig was. 24.5. De Afdeling is van oordeel dat met de overgangsperiode waarin niet handhavend kan worden opgetreden recht wordt gedaan aan initiatiefnemers die op basis van de rechtspraak van de Afdeling veronderstelden dat voor hun activiteit geen natuurvergunning nodig was en hun handelen daarop hebben afgestemd. De Afdeling acht de overgangsperiode waarin niet handhavend kan worden opgetreden ook in het licht van de verplichtingen die voortvloeien uit artikel 6 van de Hrl gerechtvaardigd. Daarbij is van belang dat artikel 6, tweede en derde lid, hetzelfde beschermingsniveau nastreven en het bevoegd gezag de activiteit kan beperken of beëindigen als dat als passende maatregel nodig is. Gedurende de overgangsperiode waarin niet handhavend kan worden opgetreden wordt dus geen afbreuk gedaan aan de verantwoordelijkheid van het bevoegd gezag voor het nakomen van de verplichtingen die uit artikel 6, tweede lid, van de Hrl voortvloeien. 24.6. Voor initiatiefnemers die voor of na 1 januari 2020 een aanvraag voor een natuurvergunning voor een activiteit hebben gedaan, waarop het bevoegd gezag na 1 januari 2020 maar voor de datum van deze uitspraak op basis van intern salderen heeft beslist dat een natuurvergunning niet nodig is (positieve weigering), geldt het voorgaande ook. Dat betekent dat deze activiteiten alsnog vergunningplichtig zijn als de activiteit na deze uitspaak nog in uitvoering is of nog wordt geëxploiteerd en significante gevolgen daarvan niet op grond van objectieve gegevens zijn uitgesloten. Als de initiatiefnemer de activiteit fysiek is gestart in de periode 1 januari 2020 en 1 januari 2025, dan kan het bevoegd gezag ook ten aanzien van deze activiteiten gedurende een overgangsperiode van vijf jaar (tot 1 januari 2030) niet met een last onder bestuursdwang of een last onder dwangsom optreden. Het beperken of beëindigen van deze activiteiten als dat nodig is als passende maatregel is gedurende de overgangsperiode wel mogelijk. De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State: I. verklaart het incidenteel hoger beroep van de Stichting Brabantse Milieufederatie en anderen gegrond; II. verklaart het hoger beroep van het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant gegrond; III. bevestigt de uitspraak van de rechtbank, voor zover aangevallen; IV. draagt het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant op om binnen 26 weken na de verzending van deze uitspraak met inachtneming van hetgeen daarin is overwogen een nieuw besluit te nemen en dit op de wettelijk voorgeschreven wijze bekend te maken; V. bepaalt dat tegen het door het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant te nemen besluit slechts beroep kan worden ingesteld bij de Afdeling; VI. veroordeelt het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant tot vergoeding van de bij Stichting Brabantse Milieufederatie en anderen voor het hoger beroep opgekomen proceskosten tot een bedrag van € 2.225,70, voor € 2.187,50 toe te rekenen aan een door een derde verleende rechtsbijstand, met dien verstande dat bij betaling aan een van hen het bestuursorgaan aan zijn verplichting heeft voldaan; VII. bepaalt dat de griffier van de Raad van State het door het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant betaalde griffierecht ten bedrage van € 548,00 voor de behandeling van het hoger beroep terugbetaalt; VIII. veroordeelt de Staat der Nederlanden (minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties) om aan Stichting Brabantse Milieufederatie en anderen te betalen een vergoeding voor immateriële schade van € 500,00, met dien verstande dat bij betaling van genoemd bedrag aan een van hen de Staat aan zijn betalingsverplichting heeft voldaan; IX. veroordeelt de Staat der Nederlanden (minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties) tot vergoeding van bij Stichting Brabantse Milieufederatie en anderen in verband met de behandeling van het verzoek om schadevergoeding opgekomen proceskosten tot een bedrag van € 437,50, geheel toe te rekenen aan door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand, met dien verstande dat bij betaling van genoemd bedrag aan een van hen de Staat aan zijn betalingsverplichting heeft voldaan. Aldus vastgesteld door mr. R. Uylenburg, voorzitter, mr. J.J.W.P. van Gastel, en mr. M.M. Kaajan, leden, in tegenwoordigheid van mr. J.J. Pistoor, griffier. w.g. Uylenburg voorzitter w.g. Pistoor griffier Uitgesproken in het openbaar op 18 december 2024 932-388 Bijlage: relevante bepalingen Habitatrichtlijn Artikel 6 1. De Lidstaten treffen voor de speciale beschermingszones de nodige instandhoudingsmaatregelen; deze behelzen zo nodig passende specifieke of van ruimtelijke-ordeningsplannen deel uitmakende beheersplannen en passende wettelijke, bestuursrechtelijke of op een overeenkomst berustende maatregelen, die beantwoorden aan de ecologische vereisten van de typen natuurlijke habitats van bijlage I en de soorten van bijlage II die in die gebieden voorkomen. 2. De Lidstaten treffen passende maatregelen om ervoor te zorgen dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in de speciale beschermingszones niet verslechtert en er geen storende factoren optreden voor de soorten waarvoor de zones zijn aangewezen voor zover die factoren, gelet op de doelstellingen van deze richtlijn een significant effect zouden kunnen hebben. 3. Voor elk plan of project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van het gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor zo'n gebied, wordt een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor het gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen van dat gebied. Gelet op de conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied en onder voorbehoud van het bepaalde in lid 4, geven de bevoegde nationale instanties slechts toestemming voor dat plan of project nadat zij de zekerheid hebben verkregen dat het de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied niet zal aantasten en nadat zij in voorkomend geval inspraakmogelijkheden hebben geboden. 4. Indien een plan of project, ondanks negatieve conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied, bij ontstentenis van alternatieve oplossingen, om dwingende redenen van groot openbaar belang, met inbegrip van redenen van sociale of economische aard, toch moet worden gerealiseerd, neemt de Lidstaat alle nodige compenserende maatregelen om te waarborgen dat de algehele samenhang van Natura 2000 bewaard blijft. De Lidstaat stelt de Commissie op de hoogte van de genomen compenserende maatregelen. Wanneer het betrokken gebied een gebied met een prioritair type natuurlijke habitat en/of een prioritaire soort is, kunnen alleen argumenten die verband houden met de menselijke gezondheid, de openbare veiligheid of met voor het milieu wezenlijke gunstige effecten dan wel, na advies van de Commissie, andere dwingende redenen van groot openbaar belang worden aangevoerd. Wet natuurbescherming Artikel 2.2 "1. Gedeputeerde staten dragen ervoor zorg dat in hun provincie instandhoudingsmaatregelen als bedoeld in de artikelen 3, eerste lid en tweede lid, onderdelen b, c en d, en 4, eerste lid, eerste volzin, en tweede lid, van de Vogelrichtlijn en artikel 6, eerste lid, van de Habitatrichtlijn worden getroffen die nodig zijn voor Natura 2000-gebieden, gelet op de instandhoudingsdoelstellingen voor de onderscheiden gebieden. 2. Gedeputeerde staten dragen ervoor zorg dat in hun provincie passende maatregelen als bedoeld in artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn worden getroffen die nodig zijn voor Natura 2000-gebieden, gelet op de instandhoudingsdoelstellingen voor de onderscheiden gebieden." Artikel 2.4 1. Gedeputeerde staten leggen, indien dat nodig is voor een Natura 2000-gebied, gelet op de instandhoudingsdoelstellingen, aan degene die in hun provincie een handeling verricht of het voornemen daartoe heeft, een verplichting op om: a. informatie over de handeling te verstrekken; b. de nodige preventieve of herstelmaatregelen te treffen; c. de handeling overeenkomstig daarbij gegeven voorschriften uit te voeren, of d. de handeling niet uit te voeren of te staken. 2.Ingeval in het belang van de bescherming van een Natura 2000-gebied een onverwijlde tenuitvoerlegging van een besluit als bedoeld in het eerste lid noodzakelijk is, kunnen gedeputeerde staten het besluit bekendmaken door mondelinge mededeling aan degene die de handeling verricht of het voornemen daartoe heeft. Gedeputeerde staten stellen het besluit zo spoedig mogelijk alsnog op schrift en zenden dit toe of reiken dit uit aan de belanghebbenden. 3. Provinciale staten stellen, indien dat nodig is voor een Natura 2000-gebied, gelet op de instandhoudingsdoelstellingen, ten aanzien van categorieën van handelingen bij verordening regels, houdende verplichtingen als bedoeld in het eerste lid. Ten aanzien van deze handelingen geven gedeputeerde staten geen toepassing aan het eerste lid. 4. Het is verboden te handelen in strijd met een verplichting als bedoeld in het eerste of derde lid. Artikel 2.7 1. Een bestuursorgaan stelt een plan dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, en dat afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied, uitsluitend vast indien is voldaan aan artikel 2.8. 2. Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. 3. Gedeputeerde staten verlenen een vergunning als bedoeld in het tweede lid uitsluitend indien is voldaan aan artikel 2.8. 4. Het verbod, bedoeld in het tweede lid, is niet van toepassing op projecten ten aanzien waarvan bij of krachtens enige wettelijke bepaling een besluit is vereist, indien bij of krachtens die wet is bepaald dat dat besluit uitsluitend wordt vastgesteld indien is voldaan aan artikel 2.8. Artikel 5.4, eerste en tweede lid 1. Een bij of krachtens deze wet verleende vergunning of ontheffing kan worden ingetrokken of gewijzigd indien: a. de houder van een vergunning, onderscheidenlijk ontheffing in strijd handelt met de hem verleende vergunning, onderscheidenlijk ontheffing of de daaraan verbonden voorschriften of beperkingen; b. de gegevens op grond waarvan de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zodanig onjuist of onvolledig blijken te zijn dat, waren de juiste gegevens bekend geweest, een andere beslissing zou zijn genomen; c. de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing in strijd met wettelijke voorschriften is verleend, of d. de omstandigheden sedert het tijdstip waarop de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zodanig zijn gewijzigd, dat deze niet, niet zonder beperkingen of voorwaarden, of onder andere beperkingen of voorwaarden zou zijn verleend, indien deze omstandigheden op het tijdstip waarop de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zouden hebben bestaan. 2. Een vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, wordt in elk geval ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn. Omgevingswet- en verwante regelgeving Artikel 5.1, eerste lid en onder e, van de Omgevingswet 1. "Het is verboden zonder omgevingsvergunning de volgende activiteiten te verrichten: […] e. een Natura 2000-activiteit," Bijlage bij artikel 1.1 A. Begrippen Voor de toepassing van deze wet en de daarop berustende bepalingen wordt, tenzij anders bepaald, verstaan onder: […] Natura 2000-activiteit: activiteit, inhoudende het realiseren van een project als bedoeld in artikel 6, derde lid, van de habitatrichtlijn dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied; Artikel 16.53c van de Omgevingswet "1. Voor een plan of een project als bedoeld in artikel 6, derde lid, van de habitatrichtlijn maakt het bestuursorgaan dat het plan vaststelt, de aanvrager van de betrokken omgevingsvergunning, of het bevoegd gezag voor het projectbesluit een passende beoordeling als bedoeld in artikel 6, derde lid, van die richtlijn, van de gevolgen voor het Natura 2000-gebied. 2.In afwijking van het eerste lid hoeft geen passende beoordeling te worden gemaakt, als: a. het plan of het project een herhaling of voortzetting is van een ander plan of project, of b. het plan deel uitmaakt van een ander plan, mits voor dat andere plan of project een passende beoordeling is gemaakt en een nieuwe passende beoordeling redelijkerwijs geen nieuwe gegevens en inzichten kan opleveren over de significante gevolgen van dat plan of project." Artikel 8.74b van het Besluit kwaliteit leefomgeving "Voor zover een aanvraag om een omgevingsvergunning betrekking heeft op een Natura 2000-activiteit, wordt de omgevingsvergunning alleen verleend als uit de passende beoordeling, bedoeld in artikel 16.53c, eerste lid, van de wet, de zekerheid is verkregen dat het project de natuurlijke kenmerken van het gebied niet zal aantasten. 2. In afwijking van het eerste lid kan, ondanks het feit dat uit de passende beoordeling de vereiste zekerheid niet is verkregen, de omgevingsvergunning worden verleend, als is voldaan aan de volgende voorwaarden: a. er zijn geen alternatieve oplossingen; b. het project is nodig om dwingende redenen van groot openbaar belang, met inbegrip van redenen van sociale of economische aard; en c. de nodige compenserende maatregelen worden getroffen om te waarborgen dat de algehele samenhang van Natura 2000 bewaard blijft. 3. Als het project significante gevolgen kan hebben voor een prioritair type natuurlijke habitat of een prioritaire soort in een Natura 2000-gebied, geldt, in afwijking van het tweede lid, onder b, de voorwaarde dat het project nodig is vanwege: a. argumenten die verband houden met de gezondheid, de openbare veiligheid of met voor het milieu wezenlijke gunstige effecten; of b. andere dwingende redenen van groot openbaar belang, als de procedure van artikel 10.6d van het Omgevingsbesluit is toegepast." Artikel 11.3 van het Besluit activiteiten leefomgeving "Tenzij in artikel 11.4 anders is bepaald, zijn gedeputeerde staten van de provincie waarbinnen de activiteit geheel of in hoofdzaak wordt verricht het bevoegd gezag: a. dat een maatwerkvoorschrift kan stellen; of b. dat beslist op een aanvraag om toestemming om een gelijkwaardige maatregel te treffen." Onderdeel III van het besluit tot verlening van een natuurvergunning van de PAS-vergunning Aanhef en onderdeel III van de PAS-vergunning luiden: "Gelet op de bepalingen van de Wet natuurbescherming besluiten wij: […] III. Dat de Wet natuurbeschermingsvergunning van 2 april 2015 (C2140505/4133) geldt voor het daarin vergunde project totdat de wijziging van het beoogde project in deze vergunning is gerealiseerd dan wel uitgevoerd." Samenvatting van de uitspraak Kern van de zaak 1. De Afdeling zet in deze uitspraak een nieuw kader voor de beoordeling van de natuurvergunningplicht uiteen. Dat is nodig omdat de Afdeling in deze uitspraak haar rechtspraak wijzigt over intern salderen bij de beoordeling van de natuurvergunningplicht. Die wijziging komt er in de kern op neer dat intern salderen niet meer mag worden betrokken bij de vraag of een natuurvergunning nodig is. Intern salderen mag wel worden betrokken bij de vraag of een natuurvergunning kan worden verleend. Waar gaat deze zaak over? 1.1. Deze zaak gaat over het destructiebedrijf Rendac Son B.V. dat gevestigd is in Son en Breugel. Rendac heeft een natuurvergunning aangevraagd voor de wijziging van het bedrijf. Het college heeft de natuurvergunning op basis van intern salderen verleend. Daarvoor heeft het college vastgesteld dat de aangevraagde bedrijfssituatie niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie. De referentiesituatie is ontleend aan de natuurvergunning van 14 juni 2017. 1.2. De rechtbank heeft de natuurvergunning vernietigd. De rechtbank heeft in haar uitspraak een nuancering aangebracht op de vaste rechtspraak van de Afdeling over intern salderen. Deze nuancering houdt kort gezegd in dat niet zonder meer met niet (meer) benutte emissieruimte intern gesaldeerd kan worden. Deze nuancering baseert de rechtbank op artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn. Dezelfde nuancering is door de rechtbank toegepast in de uitspraak over de Amercentrale. De Afdeling doet vandaag ook uitspraak in die zaak (ECLI:NL:RVS:2024:4909). Oud beoordelingskader intern salderen 1.3. Vanaf 1 januari 2020 is een natuurvergunning nodig voor een project dat significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. Bij de beoordeling van de vraag of een project significante gevolgen kan hebben - de voortoets - mogen volgens vaste rechtspraak de gevolgen van het voorgenomen project worden bezien in relatie tot de gevolgen van de bestaande vergunde situatie. Dat wordt intern salderen met de referentiesituatie genoemd. Als de gevolgen van het voorgenomen project niet groter of anders zijn dan de gevolgen van de al vergunde situatie op dezelfde locatie, dan zijn significante gevolgen uitgesloten en is geen natuurvergunning nodig voor het voorgenomen project. Nieuw beoordelingskader intern salderen 1.4. De Afdeling komt in deze uitspraak tot de conclusie dat er aanleiding is om haar rechtspraak over intern salderen te wijzigen. Die wijziging houdt kort gezegd in dat de referentiesituatie niet mag worden betrokken bij de vraag of significante gevolgen van een project op voorhand zijn uitgesloten. In de voortoets mag dus, anders dan voorheen, voor de beoordeling of significante gevolgen zijn uitgesloten, geen vergelijking worden gemaakt van de gevolgen van de bestaande vergunde situatie en de gevolgen van het project na wijziging. Dit betekent dat voortaan in de voortoets bij de beoordeling of significante gevolgen op voorhand zijn uitgesloten, de gevolgen van het project op zichzelf worden onderzocht. Als uit de voortoets volgt dat significante gevolgen niet op voorhand zijn uitgesloten, dan is voor het project een natuurvergunning nodig. Die zal dus vaker dan voorheen nodig zijn. Dit is uitgewerkt in 17-17.7. 1.5. Het voorgaande betekent niet dat de referentiesituatie geen enkele rol speelt bij de beoordeling van de gevolgen van een project. Intern salderen met de referentiesituatie mag als mitigerende maatregel betrokken worden in de passende beoordeling van de gevolgen van het project. Voor de wijze waarop de omvang van de referentiesituatie van intern salderen als mitigerende maatregel wordt bepaald en de voorwaarden waaronder intern salderen als mitigerende maatregel in een passende beoordeling mag worden betrokken, wordt zoveel mogelijk aangesloten bij de voorwaarden die gelden voor extern salderen. Dat is uitgewerkt in 18-21.4. 1.6. De uitspraak heeft tot gevolg dat de omvang van de referentiesituatie die voor intern salderen mag worden ingezet in bepaalde gevallen beperkter is dan voorheen. Verder heeft het bevoegd gezag als gevolg van de vergunningplicht die in veel gevallen zal ontstaan, de mogelijkheid om de omvang van de referentiesituatie die voor intern salderen mag worden ingezet verder te beperken, omdat het bij de vergunningverlening beleid kan voeren over de inzet van intern salderen als mitigerende maatregel. Op deze wijze kan de inzet van niet benutte vergunde ruimte verder worden beperkt of verplicht worden tot het afromen van vergunde ruimte. Ter vergelijking verwijst de Afdeling naar het beleid dat provincies voeren over extern salderen. 1.7. De uitspraak heeft ook tot gevolg dat intern salderen alleen kan als voldaan is aan het additionaliteitsvereiste. Dat betekent dat intern salderen alleen als mitigerende maatregel kan worden ingezet als de wijziging of beëindiging van de bestaande vergunde situatie niet nodig is als instandhoudings- of passende maatregel. Dit dient steeds in het concrete geval bij de inzet van intern salderen als mitigerende maatregel in een passende beoordeling beoordeeld en gemotiveerd te worden. De Afdeling wijst erop dat een in uitvoering zijnd plan, programma of pakket van maatregelen waarin gemotiveerd wordt welke instandhoudingsmaatregelen en passende maatregelen die nodig zijn om uitvoering te geven aan artikel 6, eerste en tweede lid, van de Habitatrichtlijn worden getroffen, behulpzaam kan zijn bij de beoordeling of voldaan is aan het additionaliteitsvereiste. 1.8. De Afdeling wijst erop dat dat de wijziging van de beoordeling van de vergunningplicht die in deze uitspraak is uiteengezet ook gevolgen heeft voor extern salderen met onderdelen van een milieutoestemming die feitelijk zijn gerealiseerd maar structureel niet meer in gebruik zijn. Dit is nader toegelicht onder 19.5. Betekenis voor vergunning- en handhavingsprocedures 1.9. Deze rechtspraakwijziging is direct van toepassing in lopende en toekomstige vergunning- en handhavingsprocedures. De Afdeling realiseert zich dat deze wijziging van haar rechtspraak over intern salderen, die is ingegeven door rechtspraak van het Hof, gevolgen heeft voor activiteiten die zijn gestart op of na 1 januari 2020 en waarvan werd aangenomen dat deze, via het mechanisme van intern salderen, niet vergunningplichtig waren. Niet alleen betekent deze uitspraak dat voor deze activiteiten alsnog moet worden nagegaan of een natuurvergunning moet worden verkregen, ook is het beoordelingskader voor deze, eventueel, benodigde natuurvergunning gewijzigd. Om die reden voorziet de Afdeling, voor activiteiten die tussen 1 januari 2020 en 1 januari 2025 fysiek zijn gestart, die na die datum nog in uitvoering zijn of nog wordt geëxploiteerd én waarvan op grond van de voorheen geldende rechtspraak over intern salderen mocht worden aangenomen dat geen natuurvergunning nodig was, in een overgangsperiode van vijf jaar (tot 1 januari 2030) waarin het bevoegd gezag niet handhavend kan optreden met een last onder bestuursdwang of een last onder dwangsom. De betekenis van de wijziging van de rechtspraak voor lopende natuurvergunning- en handhavingsprocedures is uiteengezet in 22-25. Overgangsrecht inwerkingtreding Omgevingswet 2. Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur Omgevingswet in werking getreden. Als een aanvraag om een natuurvergunning is ingediend vóór het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet, dan blijft op grond van artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk vóór dat tijdstip van toepassing tot het besluit op die aanvraag onherroepelijk wordt. De aanvraag om een natuurvergunning is ingediend op 24 januari 2020. 27. Gelet op wat onder 14.3 is overwogen slaagt het betoog van het college dat de rechtbank ten onrechte aan artikel 6, tweede lid, van de Hrl heeft ontleend dat de toestemming die dient als referentiesituatie bij de toepassing van artikel 6, derde lid, van de Hrl, moet worden bijgesteld bij een wijziging of uitbreiding van het project waarvoor intern salderen wordt ingezet. Zoals uiteengezet vanaf overweging 16 ziet de Afdeling onder meer naar aanleiding van het incidenteel hoger beroep van BMF en anderen aanleiding om het kader voor intern salderen te wijzigen. Hun betoog dat de rechtbank verdergaande voorwaarden aan intern salderen in een voortoets had moeten stellen slaagt daarom. Het hoger beroep van het college en het incidenteel hoger beroep van BMF en anderen zijn gegrond. De overige beroepsgronden die door het college en BMF en anderen naar voren zijn gebracht hoeven in deze uitspraak geen bespreking. Zelf voorzien 28. Het college heeft de Afdeling verzocht om zelf voorziend de aanvraag voor een natuurvergunning van Rendac van 24 januari 2020 af te wijzen. Volgens het college heeft de aangevraagde wijziging/uitbreiding ten opzichte van de referentiesituatie, geen significante effecten en is daarom geen natuurvergunning nodig. Gelet op wat hiervoor onder 26 is overwogen ziet de Afdeling daar geen mogelijkheid toe. 29. Het incidenteel hoger beroep van BMF en anderen richt zich alleen tegen de overwegingen van de rechtbank. Het hoger beroep van het college richt zich tegen de overwegingen van de rechtbank en tegen alleen onderdeel III (derde gedachtestreepje) van de beslissing van de rechtbank. Dit is de opdracht van de rechtbank aan het college om binnen zes maanden na de uitspraak een nieuw besluit te nemen op de aanvraag van Rendac. Nu geen van de partijen zich richt tegen de beslissing van de rechtbank om het bestreden besluit, de natuurvergunning van 9 oktober 2020, te vernietigen, blijft dat besluit vernietigd. Dit betekent dat er een aanvraag van Rendac ligt van 24 januari 2020 waarop door het college moet worden beslist. Gelet hierop heeft de rechtbank terecht de opdracht gegeven om een nieuw besluit te nemen op de aanvraag. De uitspraak van de rechtbank, voor zover aangevallen, dient te worden bevestigd, met verbetering van de gronden waarop deze rust. Hoe nu verder? 30. Het college dient met inachtneming van de uitspraak van de Afdeling en de uitspraak van de rechtbank, voor zover deze niet of tevergeefs is aangevochten, een nieuw besluit te nemen. Zoals onder 2 van deze uitspraak is weergegeven, is op dat besluit het recht van toepassing zoals dat onmiddellijk voor 1 januari 2024 gold. Dat zijn in dit geval de relevante bepalingen over de verlening van een natuurvergunning uit de Wnb, het Besluit natuurbescherming en de Regeling natuurbescherming (hierna: Rnb). Daarbij geldt dat, in afwijking van het bepaalde in artikel 2.1 van de Rnb, de versie van AERIUS-Calculator moet worden gebruikt die op grond van artikel 1.4, eerste lid, van de Omgevingsregeling in samenhang gelezen met bijlage II bij de Omgevingsregeling, geldt op het moment van het nemen van het nieuwe besluit (vergelijk de uitspraak van 4 september 2024, ECLI:NL:RVS:2024:3356). 30.1. Met het oog op een efficiënte afdoening van het geschil ziet de Afdeling ook aanleiding om met toepassing van artikel 8:113, tweede lid, van de Awb te bepalen dat tegen het nieuwe besluit alleen bij haar beroep kan worden ingesteld. Proceskosten en griffierecht 31. Het college moet de proceskosten van BMF en anderen vergoeden. 31.1. Nu het hoger beroep van het college gegrond is, hoeft zij geen griffierecht te betalen. Het college heeft echter het griffierecht al voldaan. Het college krijgt het geheven griffierecht terug. Verzoek om schadevergoeding overschrijding redelijke termijn 32. BMF en anderen hebben bij brief van 10 april 2024 verzocht om vergoeding van schade in verband met overschrijding van de redelijke termijn, als bedoeld in artikel 6 van het Verdrag tot bescherming van de rechten van de mens en de fundamentele vrijheden (hierna: EVRM). 32.1. Zoals de Afdeling eerder heeft overwogen in de uitspraak van 29 januari 2014, ECLI:NL:RVS:2014:188, is de redelijke termijn, als bedoeld in artikel 6 van het EVRM, overschreden, als de duur van de totale procedure te lang is. In zaken die uit twee rechterlijke instanties bestaan, zonder voorafgaande bezwaarfase is in beginsel een totale lengte van de procedure van ten hoogste vier jaar redelijk. Die termijn vangt aan op het moment van ontvangst van het beroepschrift door de rechtbank. De vraag of de redelijke termijn is overschreden, wordt beoordeeld aan de hand van de omstandigheden van het geval. In dit geval is niet gebleken van bijzondere omstandigheden die aanleiding kunnen zijn voor verlenging of verkorting van deze termijn. 32.2. De rechtbank heeft het pro forma beroepschrift van BMF en anderen ontvangen op 19 november 2020 en heeft uitspraak gedaan op 21 januari 2022. De totale procedure heeft geduurd van 19 november 2020 tot 18 december 2024. Dit is vier jaar en één maand. De overschrijding van de redelijke termijn is in dit geval geheel toe te rekenen aan de Afdeling. 32.3. Uitgaande van een forfaitair tarief van € 500,00 per half jaar dat de redelijke termijn is overschreden, zal de Afdeling de Staat der Nederlanden veroordelen tot betaling van € 500,00 aan BMF en anderen als vergoeding van de geleden immateriële schade, te voldoen door de minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties. Daarbij zij opgemerkt dat BMF samen met drie andere milieuorganisaties procedeert. De vier organisaties hebben ieder voor zich recht op 25% van het bedrag van de schadevergoeding (vergelijk de uitspraak van de Afdeling van 3 april 2024, ECLI:NL:RVS:2024:1411). Proceskosten en griffierecht 33. De Staat moet de proceskosten van het verzoek vergoeden. Dat betekent dat in dit geval de Wet natuurbescherming, zoals die gold vóór 1 januari 2024, van toepassing blijft. Inleiding 3. De relevante bepalingen en onderdelen zijn opgenomen in de bijlage die deel uitmaakt van deze uitspraak. 4. Rendac Son B.V. (hierna: Rendac) is een destructiebedrijf aan de Kanaaldijk Noord 20-21 te Son en Breugel. Rendac verwerkt dierlijke restmaterialen en kadavers. Het verwerken vindt onder andere plaats in verbrandingsinstallaties. De eindproducten worden gebruikt voor de productie van energie, biogas en biobrandstof. 4.1. Het college heeft de natuurvergunning op 9 oktober 2020 verleend voor de aangevraagde wijziging, te weten de ombouw van stoomketel 30 naar stoomketel 70, de realisatie van een nieuwe biogasmotor en de wijziging van de bedrijfsuren van reeds aanwezige biogasmotoren. De natuurvergunning is verleend omdat de aangevraagde situatie ten opzichte van de referentiesituatie (met behulp van het mechanisme van intern salderen) niet leidt tot een toename van stikstofdepositie. De referentiesituatie is ontleend aan de vergunning van 14 juni 2017, waarbij toepassing is gegeven aan het Programma Aanpak Stikstof 2015-2021 en de daarbij behorende regelgeving die vanaf 1 juli 2015 van kracht was (hierna: PAS-vergunning). Onderdeel van de referentiesituatie zijn de, eerder vergunde, maar niet (meer) gerealiseerde, emissiebronnen "vetmotor" en "WKC-installatie". Aangevallen uitspraak Inwerkingtreding van de PAS-vergunning 5. De rechtbank stelt vast dat de passage onder onderdeel III van het besluit tot verlening van de PAS-vergunning zo moet worden gelezen dat zolang de activiteiten die mogelijk zijn op basis van de Nbw-vergunning worden voortgezet in afwachting van vervanging op basis van de PAS-vergunning, de Nbw-vergunning geldt als juridische basis. De rechtbank leest niet in deze passage dat de PAS-vergunning pas in werking treedt als alle daarin vergunde activiteiten daadwerkelijk zijn gerealiseerd. Een dergelijke voorwaarde zou in strijd zijn met (het systeem van) de Wnb. PAS-vergunning als referentiesituatie 6. De rechtbank leidt uit de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019 (ECLI:NL:RVS:2019:1603) af dat een PAS-vergunning een referentiesituatie kan vormen, omdat de vergunning formele rechtskracht heeft. Volgens de rechtbank volgt uit punt 85 van het arrest van het Hof van Justitie van de Europese Unie (hierna: het Hof) van 7 november 2018, ECLI:EU:C:2018:882 (hierna: PAS-arrest) echter dat het niet zonder meer is toegestaan om terug te vallen op toestemmingen voor projecten die zijn verleend voor de referentiedatum, omdat deze toestemmingen nooit passend zijn beoordeeld. Dit geldt ook voor zelfstandige onderdelen van een project of activiteiten. Als deze onderdelen of activiteiten wel al zijn gerealiseerd of worden uitgevoerd, veroorzaken zij gevolgen voor Natura 2000-gebieden voordat deze gebieden zijn aangewezen. Deze gevolgen worden geacht te zijn betrokken bij de aanwijzing van het gebied als Natura 2000-gebied. Indien deze zelfstandige onderdelen of activiteiten niet zijn gerealiseerd of niet worden uitgevoerd of zijn gestaakt, maar worden gestart of hervat na de aanwijzing van het Natura 2000-gebieden kunnen er alsnog significante effecten optreden die niet betrokken zijn bij de aanwijzing en waarmee geen rekening is gehouden bij het eventueel treffen van passende maatregelen. Ditzelfde geldt wanneer een onderdeel niet is gerealiseerd of een activiteit niet is uitgevoerd, maar er wel intern mee wordt gesaldeerd ten behoeve van een nieuw onderdeel of een nieuwe activiteit. In dat geval kunnen gevolgen gaan optreden voor Natura 2000-gebieden die niet zijn betrokken bij de aanwijzing van het gebied en die nooit passend zijn beoordeeld. Intern salderen is dan, aldus de rechtbank, alleen in overeenstemming met artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn (hierna: Hrl), indien is gegarandeerd dat de nieuwe activiteit die via interne saldering wordt toegestaan niet leidt tot een verstoring die significante gevolgen kan hebben voor de instandhoudingsdoelstellingen. Het bovenstaande is ook van toepassing bij activiteiten die nog niet zijn uitgevoerd dan wel inmiddels zijn gestaakt of onderdelen die nog niet zijn gerealiseerd terwijl deze onderdelen en activiteiten zijn vergund in een PAS-vergunning. In een PAS-vergunning zijn bepaalde onderdelen en activiteiten vergund zonder voorafgaande individuele passende beoordeling. Indien deze onderdelen niet zijn gerealiseerd of deze activiteiten niet zijn uitgevoerd, maar er wel mee intern wordt gesaldeerd ten behoeve van een nieuw project, kan niet worden uitgesloten dat het nieuwe project kan leiden tot significante effecten voor Natura 2000-gebieden, want er is nooit beoordeeld wat de gevolgen zijn van het niet gerealiseerde onderdeel of de niet uitgevoerde activiteit. Dat een PAS-vergunning formele rechtskracht heeft, doet niet af aan het bovenstaande. Het enkele feit dat een PAS-vergunning formele rechtskracht heeft, maakt niet zonder meer dat er geen significante gevolgen optreden als gevolg van nieuwe onderdelen en activiteiten die later worden vergund en die in de plaats komen van niet gerealiseerde of niet uitgevoerde en niet passend beoordeelde onderdelen of activiteiten van een PAS-vergunning. Een andere uitleg zou betekenen dat de fout in de PAS-vergunning - het ontbreken van een individuele passende beoordeling - wordt herhaald in daaropvolgende beoordelingen. 6.1. Volgens de rechtbank hanteerde het college ten tijde van het bestreden besluit de "Beleidsregel natuurbescherming Noord-Brabant" van 13 december 2019 (hierna: de beleidsregel). In haar uitspraak van 8 december 2021, ECLI:NL:RBOBR:2021:6389, heeft de rechtbank al geoordeeld dat het verbod op intern salderen in artikel 2.6, eerste lid, van de beleidsregel een passende maatregel is in de zin van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. In artikel 2.6, vijfde lid, van de beleidsregel stond dat alleen gebruik wordt gemaakt van de in een toestemming opgenomen stikstofemissies als de capaciteit aantoonbaar feitelijk was gerealiseerd. In het tiende lid waren een aantal uitzonderingen op dit uitgangspunt opgesomd. De rechtbank beschouwt artikel 2.6, vijfde lid, van de beleidsregels ook als een passende maatregel als bedoeld in artikel 6, tweede lid, van de Hrl waarmee tegemoet werd gekomen aan hetgeen het Hof heeft overwogen onder 85 van het PAS-arrest. Het vervallen van de beleidsregels laat onverlet dat intern salderen aan dezelfde eisen moet blijven voldoen, tenzij het college kan onderbouwen dat het doel op een andere wijze kan worden bereikt. 6.2. Gelet op al het voorgaande komt de rechtbank in overweging 5.9 tot de volgende conclusies over intern salderen. 1. Als onderdelen of activiteiten in de referentiesituatie zijn gerealiseerd of worden uitgevoerd kan ermee worden intern gesaldeerd. Dit geldt ook voor onderdelen of activiteiten die zijn vergund in een PAS-vergunning. De gevolgen van gerealiseerde onderdelen en uitgevoerde activiteiten treden namelijk al op. De rechtbank betrekt hier ook bij dat PAS-vergunningen formele rechtskracht hebben. 2. Als een activiteit niet (meer) wordt uitgevoerd, maar kan worden gestart dan wel hervat zonder een nieuwe omgevingsvergunning of natuurvergunning, kan hiermee worden intern gesaldeerd. Dit geldt ook voor onderdelen die niet zijn gerealiseerd, maar alsnog kunnen worden gerealiseerd zonder een nieuwe omgevingsvergunning of natuurvergunning. Dit heeft de rechtbank ook overwogen in de uitspraak van 8 december 2021 over de Amercentrale (ECLI:NL:RBOBR:2021:6389). 3. Als onderdelen niet zijn gerealiseerd of activiteiten niet (meer) worden uitgevoerd en er wel een nieuwe omgevingsvergunning of natuurvergunning nodig is om deze te realiseren of te hervatten, dan kan alleen met deze onderdelen of activiteiten intern worden gesaldeerd als de gevolgen daarvan eerder passend zijn beoordeeld. 4. Als onderdelen niet zijn gerealiseerd of activiteiten niet (meer) worden uitgevoerd en de activiteiten niet eerder passend zijn beoordeeld, omdat er niet eerder een natuurvergunning is verleend of als de onderdelen of activiteiten zijn vergund in een PAS-vergunning, kan er alleen intern mee worden gesaldeerd als het college voldoende onderbouwt dat dit niet leidt tot een verstoring die significante gevolgen kan hebben voor de instandhoudingsdoelstellingen. 6.3. Dit betekent voor de natuurvergunning van Rendac het volgende: Bij de verlening van de natuurvergunning is de PAS-vergunning uit 2017 als referentiesituatie gehanteerd. De rechtbank stelt vast dat de vetmotor en WKC-installatie onderdeel uitmaken van de PAS-vergunning, maar niet zijn gerealiseerd. Deze twee niet gerealiseerde onderdelen zijn in de natuurvergunning wel betrokken en ingezet ten behoeve van intern salderen. Het college heeft de afwijking op basis van artikel 2.6, tiende lid, van de beleidsregels niet gemotiveerd. Inmiddels zijn de beleidsregels ingetrokken, maar de rechtsgevolgen van het besluit kunnen niet in stand worden gelaten. Er is namelijk intern gesaldeerd met een PAS-vergunning met daarin niet gerealiseerde onderdelen, terwijl dat volgens de rechtbank niet zonder meer is toegestaan. De niet gerealiseerde onderdelen zijn weliswaar ook al vergund in de Nbw-vergunning, maar de rechtbank kan niet vaststellen of de gevolgen van de vetmotor en WKC-installatie in de passende beoordeling die ten grondslag lag aan de Nbw-vergunning, zijn betrokken. Dit komt doordat de rechtbank niet kan uitsluiten dat de bovenstaande, niet gerealiseerde onderdelen al voor de referentiedatum waren vergund in een milieutoestemming en om die reden buiten beschouwing zijn gelaten in de passende beoordeling. 6.4. Onder deze omstandigheden is de rechtbank, gelet op het PAS-arrest, van oordeel dat het bestreden besluit is genomen in strijd met artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Het college heeft namelijk niet onderbouwd dat het intern salderen met de vetmotor en de WKC-installatie, waarvan onduidelijk is of de gevolgen passend zijn beoordeeld, niet leidt tot een verstoring die significante gevolgen kan hebben voor de doelstellingen van de Hrl, aldus de rechtbank. (Incidenteel) hoger beroepen 7. Het college komt niet op tegen de beslissing van de rechtbank om de natuurvergunning te vernietigen. Die is namelijk volgens het college niet meer nodig. Sinds 1 januari 2020 is immers geen natuurvergunning nodig indien op voorhand kan worden uitgesloten dat het project significante gevolgen voor de betreffende Natura 2000-gebieden heeft, zoals hier het geval is. Het college komt daarom wel op tegen de beslissing van de rechtbank om het college op te dragen alsnog een nieuw besluit te nemen, omdat volgens het college geen natuurvergunning meer nodig is en de rechtbank zelf in de zaak had moeten voorzien door de aangevraagde natuurvergunning alsnog te weigeren. 7.1. Voor zover het college betoogt dat de rechtbank zelf in de zaak had moeten voorzien, overweegt de Afdeling dat de rechtbank in de uitspraak heeft uitgelegd dat zij te weinig gegevens had om zelf te kunnen vaststellen of op voorhand uitgesloten is dat het project significante gevolgen heeft en dus of, ook na 1 januari 2020, een vergunning nodig was. Zij kon dus niet zelf in de zaak voorzien. In het enkele feit dat er sinds 1 januari 2020 geen vergunningplicht meer geldt voor projecten die geen significante effecten hebben, ziet de Afdeling daarom geen aanleiding voor het oordeel dat de rechtbank zelf in de zaak had moeten voorzien door de aanvraag af te wijzen. In zoverre slaagt het betoog van het college niet. 8. Ook BMF en anderen komen niet op tegen de beslissing van de rechtbank om de natuurvergunning te vernietigen. Volgens BMF en anderen is het project namelijk wel vergunningplichtig omdat sprake is van een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de Nbw-vergunning en is het project ten onrechte niet passend beoordeeld. Het incidenteel hoger beroep van BMF en anderen is gericht tegen de overwegingen van de rechtbank over de nuancering van de jurisprudentie over intern salderen en de overwegingen over onderdeel drie van het besluit tot verlening van de PAS-vergunning (hierna: onderdeel III van de PAS-vergunning). 9. Hieronder worden het hoger beroep van het college en het incidenteel hoger beroep van BMF en anderen tezamen besproken. Tussen partijen is in geschil 1) de betekenis van onderdeel III van de PAS-vergunning voor de inwerkingtreding van die vergunning en 2) de nuancering door de rechtbank op de rechtspraak van de Afdeling over de toepassing van intern salderen. Die onderwerpen zal de Afdeling hierna bespreken. Inwerkingtreding van de PAS-vergunning 10. Volgens BMF en anderen moet de referentiesituatie niet aan de PAS-vergunning, maar aan de Nbw-vergunning worden ontleend, omdat in onderdeel III van de PAS-vergunning staat dat de Nbw-vergunning geldt totdat de wijziging van het beoogde project is gerealiseerd. Dat project is volgens BMF en anderen nooit volledig gerealiseerd, omdat de vergunde vetmotor en WKC-installatie niet (meer) zijn gerealiseerd. Nu het vergunde project niet is gerealiseerd, is de PAS-vergunning niet in werking getreden en geldt de Nbw-vergunning. Dat een dergelijke voorwaarde in strijd zou zijn met de Wnb, zoals overwogen door de rechtbank, is niet van belang nu de PAS-vergunning onherroepelijk is zodat ook deze voorwaarde formele rechtskracht heeft verkregen. 10.1. Het college heeft toegelicht dat onderdeel III van de PAS-vergunning is opgenomen om te regelen dat de Nbw-vergunning uit 2015 de juridische basis (en de grondslag voor handhaving) blijft voor het daarin vergunde project tot het moment waarop de wijzigingen, zoals vergund in de PAS-vergunning, zijn gerealiseerd. Dit onderdeel is opgenomen als een overgangsregeling ten behoeve van handhavingsmogelijkheden zolang de met de PAS-vergunning toegestane wijzigingen niet zijn gerealiseerd of uitgevoerd, aldus het college. Op de zitting heeft het college toegelicht dat dit een standaardvoorschrift is bij het verlenen van natuurvergunningen. In onderdeel III staat niet dat de PAS-vergunning pas in werking treedt na realisatie van het daarin vergunde project. In de PAS-vergunning zijn de volgende wijzigingen vergund: de ombouw van stoomketel 30 naar stoomketel 70 en de realisatie van een nieuwe biogasmotor tezamen met de wijziging van de bedrijfsuren van de andere biogasmotoren. De vetmotor en WKC-installatie behoren niet tot deze wijzigingen. Dit zijn onderdelen van het project die ook al waren toegestaan in de Nbw-vergunning, aldus het college. 10.2. De Afdeling begrijpt onderdeel III van de PAS-vergunning zo dat is beoogd een overgangsrechtelijke bepaling op te nemen, zodat Rendac niet in overtreding is zolang de in de PAS-vergunning vergunde wijzigingen niet zijn gerealiseerd. Een dergelijke bepaling maakt niet, zoals betoogd door BMF en anderen, dat de PAS-vergunning niet in werking treedt zolang niet het gehele project is gerealiseerd. De bepaling is alleen bedoeld om ervoor te zorgen dat duidelijk is aan welke natuurtoestemming Rendac op enig moment moet voldoen. Daarnaast is van belang dat in onderdeel III staat dat de Nbw-vergunning geldt zolang de wijziging van het beoogde project niet is gerealiseerd of uitgevoerd. Het college en Rendac hebben op zitting bevestigd dat alle vergunde wijzigingen zijn gerealiseerd voor 2020. Dit betekent dat het volledige project wordt gereguleerd door de PAS-vergunning. Dat de vetmotor en WKC-installatie niet (meer) zijn gerealiseerd, betekent niet dat de wijzigingen in het beoogde project niet zijn vergund. Deze activiteiten maken namelijk al deel uit van de met de Nbw-vergunning toegestane situatie. Gelet op het bovenstaande slaagt het betoog van BMF en anderen, dat de PAS-vergunning niet in werking is getreden, niet. Intern salderen 11. Partijen zijn verdeeld over de vraag of de referentiesituatie bij intern salderen steeds kan worden ontleend aan een in rechte onaantastbare toestemming die eerder is verleend en nog steeds geldt of dat er omstandigheden zijn waarin deze referentiesituatie aanpassing behoeft. Hieronder zal de Afdeling ingaan op de (incidenteel) hoger beroepsgronden die zien op deze vraag. Daarbij zal eerst het door de Afdeling tot deze uitspraak gehanteerde toetsingskader voor intern salderen uiteen worden gezet. Daarna zal de Afdeling aan de hand van de (incidenteel) hoger beroepsgronden bezien of dat toetsingskader wijziging behoeft. Kader intern salderen van de Afdeling 12. Het is vaste jurisprudentie van de Afdeling dat - voor de vraag of de wijziging of uitbreiding van een project significante gevolgen kan hebben - een vergelijking mag worden gemaakt van de gevolgen van het toegestane project in de referentiesituatie en de gevolgen van het project na wijziging of uitbreiding. In de referentiesituatie gaat het daarbij om de gevolgen van activiteiten die zijn toegestaan op dezelfde locatie als de aangevraagde activiteit en die door de aangevraagde activiteit zullen veranderen (waarvoor de aangevraagde activiteit rechtstreeks gevolgen heeft). Met andere woorden: het gaat om een vergelijking van de emissies/deposities die zijn toe te rekenen aan de aangevraagde situatie met de emissies/deposities van een op dezelfde locatie toegestane activiteit die als gevolg van de aangevraagde situatie zal veranderen. Deze vergelijking van de gevolgen van de beoogde situatie met de gevolgen in de referentiesituatie wordt intern salderen genoemd. De referentiesituatie wordt ontleend aan de natuurvergunning voor het toegestane project op de locatie waar de beoogde activiteit is voorzien. De referentiesituatie wordt bij het ontbreken van een natuurvergunning ontleend aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (dat is het moment waarop artikel 6 van de Hrl van toepassing werd op het betrokken Natura 2000-gebied). Onder het verlenen van een milieutoestemming moet de vergunning of de melding op basis van de Wet milieubeheer of de daaraan voorafgaande Hinderwet worden verstaan. Wanneer daarna een milieutoestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen voor Natura 2000-gebieden dan de op de referentiedatum toegestane activiteit, geldt die latere toestemming als referentiesituatie. Een referentiesituatie kan niet worden ontleend aan een natuurvergunning of milieutoestemming die is vervallen of geëxpireerd. 12.1. Als de wijziging of uitbreiding van een project niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie, dan is volgens de rechtspraak van de Afdeling op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging of uitbreiding significante gevolgen heeft. De positieve gevolgen van de wijziging of uitbreiding op de toegestane situatie zijn dan immers gelijk aan of groter dan de negatieve gevolgen van het reeds (natuur- of milieu-)vergunde project. Onder het vergunningenregime dat tot 1 januari 2020 gold, betekende dit dat het project wel vergunningplichtig was, maar dat de vergunning op basis van een belangenafweging kon worden verleend (de zogenoemde verslechteringsvergunning op basis van artikel 6, tweede lid, van de Hrl). Tot 1 januari 2020 was er wel ruimte om bij de toestemming voor een wijziging of uitbreiding van een project toepassing te geven aan artikel 6, tweede lid, van de Hrl, bij de verlening van de zogenoemde verslechteringsvergunning. Hierdoor kon een bestuursorgaan ook bij vergunningverlening beleid voeren over onbenutte emissieruimte en op die manier de referentiesituatie wijzigen. Deze verslechteringsvergunning is door de wijziging van de Wnb met ingang van 1 januari 2020 echter vervallen. Hoger beroepen 13. De Afdeling ziet in de aangevallen uitspraak en het daartegen gerichte incidenteel hoger beroep van BMF en anderen reden om het kader, zoals uiteengezet onder 12 en 12.1, te wijzigen. De Afdeling zal hieronder uiteenzetten waarom zij dit oordeelt. De Afdeling zal daarbij eerst ingaan op het betoog van het college over de wijze waarop de rechtbank invulling heeft gegeven aan artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Deze invulling komt er in de kern op neer dat de verplichting uit artikel 6, tweede lid, van de Hrl om passende maatregelen te treffen ook inhoudt dat er beperkingen worden gesteld aan de mogelijkheden om een onherroepelijke natuurtoestemming te benutten voor een wijziging of uitbreiding van een project. Daarna komt het betoog van BMF en anderen aan de orde dat er op neerkomt dat juist bij toepassing van artikel 6, derde lid, van de Hrl bij intern salderen een vergunningplicht ontstaat als de referentiesituatie wordt ontleend aan een situatie die niet of gebrekkig passend is beoordeeld en dat de rechtbank ten onrechte alleen is ingegaan op de toepassing van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Hoger beroep college (artikel 6, tweede lid, van de Hrl) 14. Het college betoogt dat de op artikel 6, tweede lid, van de Hrl gebaseerde nuancering van de rechtbank van de jurisprudentie van de Afdeling over intern salderen onjuist is. Volgens het college is de huidige jurisprudentie van de Afdeling in overeenstemming met de Hrl. Volgens het college acht de rechtbank de volgende aspecten ten onrechte relevant voor het bepalen van de referentiesituatie: 1) of sprake is van niet (meer) benutte emissieruimte, 2) of een natuurvergunning of omgevingsvergunning voor bouwen of milieu nodig is om een activiteit weer te hervatten, 3) of niet (meer) benutte emissieruimte in het verleden passend is beoordeeld, 4) of het college voldoende kan onderbouwen dat het intern salderen met niet (meer) benutte emissieruimte, niet leidt tot een verstoring die significante effecten kan hebben. Ter onderbouwing van dit laatste punt betoogt het college dat het uitdrukkelijk de wens van de wetgever is geweest om de vergunningplicht in de Wnb vanaf 1 januari 2020 enkel te baseren op artikel 6, derde lid, van de Hrl. Het college verwijst naar de memorie van toelichting bij de Spoedwet Aanpak Stikstof (Kamerstukken II, 2019/20, 35347, nr. 3). 14.1. Naar aanleiding van dit standpunt van het college overweegt de Afdeling als volgt. Artikel 6, tweede lid, van de Hrl bevat een permanente verplichting voor lidstaten tot het treffen van passende (preventieve) maatregelen die nodig zijn om verslechteringen en verstoringen die significante effecten kunnen hebben op de soorten en habitattypen waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen te voorkomen (arrest van het Hof van 14 januari 2016, Grüne Liga, ECLI:EU:C:2016:10, punt 36 en 37). Volgens het Hof beschikken de lidstaten bij het nemen van passende maatregelen over een beoordelingsmarge, mits gewaarborgd is dat er geen verslechtering of verstoring plaatsvindt. Het is met andere woorden aan de lidstaten om te beoordelen welke maatregelen worden getroffen, maar er moeten maatregelen worden uitgevoerd als verslechteringen of verstoringen met significante gevolgen dreigen. De Afdeling leidt uit het Grüne Liga-arrest en het PAS-arrest af dat op een activiteit waarvoor, met toepassing van artikel 6, derde lid, van de Hrl toestemming is verleend, na de toestemmingverlening artikel 6, tweede lid, van de Hrl van toepassing is. Dit betekent dat ook bestaande projecten niet mogen leiden tot een verslechtering of verstoring die significante gevolgen kan hebben voor de doelstellingen van de Hrl. De door een lidstaat op grond van artikel 6, tweede lid, van de Hrl te treffen passende maatregelen kunnen inhouden dat het bevoegd gezag, na het afgeven van een vergunning voor een project met een beoordeling die niet voldeed aan de vereisten van artikel 6, derde lid, van de Hrl, achteraf op grond van het tweede lid onderzoekt welke gevolgen de uitvoering van dat project heeft voor het Natura 2000-gebied in kwestie. Dit betekent dat het bevoegd gezag achteraf een nadere beoordeling voor een reeds toegestane activiteit kan uitvoeren. Een dergelijk onderzoek is echter alleen verplicht als dit onderzoek de enige passende maatregel is om te voorkomen dat de uitvoering van het betreffende project ertoe leidt dat er zich een verslechtering voordoet of dat er storende factoren optreden die gelet op de doelstellingen van de Hrl een significant effect zouden kunnen hebben (vergelijk het arrest van het Hof van 10 november 2022, AquaPri, ECLI:EU:C:2022:864, punt 38 tot en met 42). 14.2. Anders dan de rechtbank heeft geoordeeld, ziet de Afdeling, gelet op het bovenstaande geen verplichting om, ter invulling van artikel 6, tweede lid, van de Hrl, bij de beoordeling van een nieuwe activiteit steeds over te gaan tot een beoordeling van het reeds toegestane project dat de referentiesituatie vormt. De wetgever heeft, met gebruikmaking van de door het Hof aangenomen beoordelingsmarge, invulling gegeven aan artikel 6, tweede lid, van de Hrl via een aantal bepalingen in de Wnb (in het bijzonder de artikelen 2.2 t/m 2.6 en artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb). Onder punt 133 en verder van het PAS-arrest heeft het Hof overwogen dat met de in de Wnb opgenomen bepalingen voldoende invulling wordt gegeven aan artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Tot 1 januari 2020 was de verslechteringsvergunning ook een invulling van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Ten tijde van het bestreden besluit bestond deze vergunningplicht niet meer. Het vervallen van deze vergunningplicht betekent echter niet dat er - bij wijze van passende maatregel - een (automatisch) beoordelingsmoment van de referentiesituatie ontstaat bij een wijziging of uitbreiding van een reeds toegestane activiteit. Evenmin ontstaat er dan een verplichting voor het bevoegd gezag om de referentiesituatie te beperken en zo de mogelijkheden voor intern salderen te beperken op grond van artikel 6, tweede lid, van de Hrl. Een dergelijke verplichting volgt niet uit voornoemde wettelijke bevoegdheden en ook niet uit de rechtspraak van het Hof. 14.3. Het bovenstaande betekent dat de rechtbank ten onrechte aan artikel 6, tweede lid, van de Hrl heeft ontleend dat de toestemming die dient als referentiesituatie bij de toepassing van artikel 6, derde lid, van de Hrl, moet worden bijgesteld bij een wijziging of uitbreiding van het project waarvoor het instrument van intern salderen wordt ingezet. Die toestemming wordt namelijk niet op basis van het tweede, maar op grond van het derde lid van artikel 6 van de Hrl gereguleerd. Dat betekent overigens niet dat deze toestemming via het treffen van passende maatregelen als bedoeld in het tweede lid van artikel 6 van de Hrl, niet zou kunnen worden beperkt. Daartoe zijn de hierboven genoemde bevoegdheden uit de Wnb beschikbaar. Vergelijkbare bevoegdheden zijn in de Omgevingswet en daarop gebaseerde regelgeving opgenomen. Het betoog van het college slaagt. Incidenteel hoger beroep BMF en anderen (artikel 6, derde lid, van de Hrl) 15. BMF en anderen zijn met de rechtbank van oordeel dat de jurisprudentie van de Afdeling over intern salderen nuancering behoeft, maar kunnen zich niet vinden in de inhoud van de nuancering die de rechtbank heeft aangebracht en die de rechtbank heeft gebaseerd op artikel 6, tweede lid, van de Hrl. BMF en anderen menen dat een referentiesituatie slechts kan worden ontleend aan een natuurtoestemming die in overeenstemming is met artikel 6, derde lid, van de Hrl en waarbij het project dus passend is beoordeeld. Indien een natuurtoestemming ontbreekt of een natuurtoestemming niet in overeenstemming is met artikel 6, derde lid, van de Hrl, dan kan de referentiesituatie niet aan die natuurtoestemming worden ontleend, maar kan de referentiesituatie alleen worden ontleend aan een eerdere, wel passend beoordeelde natuurtoestemming of milieutoestemming met de minste gevolgen. Voor een PAS-vergunning betekent het bovenstaande dat daar niet zonder meer mee kan worden intern gesaldeerd, omdat voor die vergunning vaststaat dat de passende beoordeling niet in overeenstemming is met artikel 6, derde lid, van de Hrl (zie PAS-uitspraken). Volgens BMF en anderen had dit moeten leiden tot het oordeel dat een PAS-vergunning gelijk moet worden gesteld aan een, na de referentiedatum verleende, milieutoestemming. Er zou dan alleen intern gesaldeerd kunnen worden met een PAS-vergunning als er geen (andere) natuurtoestemming is waaraan een correcte passende beoordeling ten grondslag ligt en als de PAS-vergunning de toestemming is met de minste gevolgen. Dat niet zonder meer intern kan worden gesaldeerd met een PAS-vergunning blijkt volgens BMF en anderen ook uit het arrest van het Hof van 14 januari 2010, Stadt Papenburg, ECLI:EU:C:2010:10, van 12 april 2018, C-323/17, People over Wind en Sweetman, ECLI:EU:C:2018:244, van 29 juli 2019, Inter-Environment Wallonië ASBL, ECLI:EU:C:2019:622, punt 127 tot en met 132, en het AquaPri-arrest. Volgens BMF en anderen blijkt ook uit het AquaPri-arrest (punt 38) dat, als intern gesaldeerd wordt met een PAS-vergunning, alsnog (ex post) een passende beoordeling moet worden uitgevoerd. Het voort laten duren van de "fout" in de PAS-vergunning door er zonder meer mee te intern salderen, is volgens BMF in strijd met het beginsel van Unietrouw (artikel 4 van het Verdrag betreffende de werking van de Europese Unie). Aan Rendac is in 2015 een Nbw-vergunning verleend die wel passend is beoordeeld. Dit betekent dat aan die vergunning de referentiesituatie had moeten worden ontleend. In de voorliggende zaak is echter intern gesaldeerd met de PAS-vergunning, die qua emissies en deposities ruimer is dan de Nbw-vergunning en waarin niet (meer) gerealiseerde onderdelen zijn betrokken. Dit zou in strijd moeten worden geacht met artikel 6, derde lid, van de Hrl, aldus BMF en anderen. De rechtbank heeft echter ten onrechte - op basis van haar nuancering - het intern salderen met een PAS-vergunning met latente ruimte in strijd geacht met het tweede lid van artikel 6 van de Hrl.