ECLI:NL:RVS:2021:71

201907146/1/R2.Datum uitspraak: 20 januari 2021 AFDELINGBESTUURSRECHTSPRAAK Uitspraak op de hoger beroepen van: 1. De Logt B.V., gevestigd te Boxtel, 2. Stichting Brabantse Milieufederatie, gevestigd te Tilburg en Vereniging tot Behoud van Natuurmonumenten, gevestigd te ’s-Graveland, (hierna: BMF en Natuurmonumenten), appellanten, tegen de uitspraak van de rechtbank Oost-Brabant van 19 augustus 2019 in zaak nr. 19/899 in het geding tussen: BMF en Natuurmonumenten, en het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant (hierna: het college). Bij besluit van 27 juli 2018 heeft het college het verzoek van BMF en Natuurmonumenten om intrekking van de op 19 december 2013 aan De Logt verleende vergunning op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 (hierna: natuurvergunning) voor de wijziging en uitbreiding van een varkenshouderij, afgewezen. Bij besluit van 14 februari 2019 heeft het college het door BMF en Natuurmonumenten daartegen gemaakte bezwaar ongegrond verklaard. Bij uitspraak van 19 augustus 2019 heeft de rechtbank het door BMF en Natuurmonumenten daartegen ingestelde beroep gegrond verklaard en het besluit van 14 februari 2019 vernietigd voor zover hierin het bezwaar tegen de weigering van de intrekking van de natuurvergunning ongegrond is verklaard. Verder heeft de rechtbank de voorlopige voorziening getroffen inhoudende dat het gebruik van de natuurvergunning wordt verboden totdat verweerder opnieuw op het bezwaarschrift heeft beslist. Deze uitspraak is aangehecht. Tegen deze uitspraak heeft De Logt hoger beroep ingesteld. BMF en Natuurmonumenten hebben een schriftelijke uiteenzetting gegeven en incidenteel hoger beroep ingesteld. Het college en De Logt hebben een schriftelijke uiteenzetting gegeven. De Logt en BMF en Natuurmonumenten hebben nadere stukken ingediend. Het college en de minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit hebben op verzoek van de Afdeling schriftelijke inlichtingen verstrekt. De Afdeling heeft deze zaak samen met de zaken met de nummers 201907142/1/R2 en 201907144/1/R2 ter zitting behandeld op 6 juli 2020. Voor de behandeling van de zaak 201907146/1/R2 zijn verschenen De Logt, vertegenwoordigd door mr. J. van Groningen, advocaat te Middelharnis, bijgestaan door [gemachtigde A] en [gemachtigde B], BMF en Natuurmonumenten, vertegenwoordigd door ir. A.K.M. van Hoof, rechtsbijstandverlener te Wageningen, bijgestaan door [gemachtigde C], [gemachtigde D], [gemachtigde E] en [gemachtigde F], het college vertegenwoordigd door mr. H.J.M. Besselink, advocaat te Den Haag, bijgestaan door A. Speekenbrink en K. van Gijlswijk. Verder is de minister, vertegenwoordigd door mr. H.J.M. Besselink, advocaat te Den Haag, verschenen. 3. Het verzoek van BMF en Natuurmonumenten heeft betrekking op de natuurvergunning die op 19 december 2013 door het college aan De Logt is verleend voor het wijzigen/veranderen van een varkenshouderij aan de Logtsebaan 2 in Oirschot. Dit bedrijf ligt op ongeveer 646 meter van het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen. De natuurvergunning is in 2013 verleend omdat de stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden die veroorzaakt kan worden door de aangevraagde bedrijfssituatie niet toeneemt ten opzichte van de referentiesituatie. 3.1. BMF en Natuurmonumenten hebben het college verzocht de natuurvergunning, waarvan nog geen gebruik is gemaakt, in te trekken. Het alsnog in werking brengen van de varkenshouderij zal, omdat op het bedrijf al jaren geen agrarische bedrijfsactiviteiten meer plaatsvinden, feitelijk leiden tot een forse toename van depositie op het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen, terwijl dat nu al overbelast is. De intrekking van de vergunning is onder die omstandigheden een passende maatregel die nodig is om het risico van een (dreigende) verdere achteruitgang van natuurwaarden in dat Natura 2000-gebied te voorkomen. Op het college rust volgens BMF en Natuurmonumenten, gelet op artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb, de plicht om de vergunning in te trekken. Verder bestaat volgens BMF en Natuurmonumenten aanleiding de natuurvergunning in te trekken op grond van artikel 5.4, eerste lid, van de Wnb, omdat aan de verlening een onvolledige beoordeling van de gevolgen van stikstofdepositie ten grondslag ligt, onder meer omdat de referentiesituatie niet juist is vastgesteld en de depositie door verkeersbewegingen niet zijn beoordeeld. Bovendien zal de depositie van de stalemissies in de aangevraagde situatie hoger zijn dan waarvan ten tijde van de verlening van de natuurvergunning werd uitgegaan, omdat de voorgenomen luchtwassers een minder reducerend vermogen hebben. Volgens hen is de vergunning destijds ten onrechte verleend zonder voorafgaande passende beoordeling. 3.2. Het college heeft het verzoek om intrekking afgewezen en de bezwaren daartegen ongegrond verklaard. Het college stelt dat bij de toepassing van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb voorop staat dat de natuurvergunning onherroepelijk is en dat uit oogpunt van rechtszekerheid de vergunde rechten dienen te worden gerespecteerd. Dit lijdt volgens het college, in het licht van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb, slechts uitzondering indien de vergunde activiteiten in strijd met artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn nadien toch een verslechtering of verstoring blijken mee te brengen, die significant zou kunnen zijn. Dat is in dit geval niet aan de orde. Het college wijst op de gebiedsanalyse en de gebiedsrapportage die voor het Natura 2000-gebied zijn gemaakt voor het PAS. Daarin staat dat de benutting van een bepaalde depositieruimte, gegeven de staat van instandhouding van de habitattypen en rekening houdend met de autonome daling van stikstofdepositie en het uitvoeren van herstelmaatregelen, niet zal leiden tot een verslechtering van de kwaliteit van habitattypen. Omdat in de beoordeelde depositieruimte rekening is gehouden met onbenutte ruimte in bestaande natuurvergunningen, stelt het college dat het aan de gebiedsanalyse de zekerheid kan ontlenen dat de depositie die kan ontstaan als De Logt alsnog gebruik gaat maken van zijn natuurvergunning niet zal leiden tot een verslechtering van de kwaliteit van habitattypen. Verder bestaat volgens het college geen aanleiding de natuurvergunning in te trekken op grond van artikel 5.4, eerste lid, van de Wnb, omdat de vergunning destijds terecht zonder passende beoordeling is verleend. Deze conclusie geldt volgens het college ook als wordt meegegaan met het standpunt van BMF en Natuurmonumenten dat delen van de vergunningen waaraan de referentiesituatie is ontleend zijn vervallen en dat geen rekening is gehouden met deposities door verkeer. De stalemissies zijn volgens het college terecht op basis van de emissiefactoren uit de Regeling ammoniak en veehouderij berekend. 3.3. De rechtbank heeft het beroep van BMF en Natuurmonumenten gegrond verklaard en het besluit van 14 februari 2019 vernietigd voor zover hierin het bezwaar tegen de weigering van de intrekking van de natuurvergunning ongegrond is verklaard. Het college heeft het verzoek om intrekking van de natuurvergunning naar het oordeel van de rechtbank niet op de juiste wijze beoordeeld. De rechtbank leidt uit artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb af dat het college een natuurvergunning moet intrekken als de vergunde activiteit significante gevolgen kan hebben voor de natuurwaarden waarvoor het Natura 2000-gebied is aangewezen. Er is in dat geval geen ruimte voor een afweging tussen het natuurbelang en de belangen van de vergunninghouder. Het college heeft echter wel enige beoordelingsruimte, omdat het mag kiezen welke maatregelen worden getroffen, zolang gewaarborgd is dat geen verslechtering of verstoring plaatsvindt. De rechtbank leidt uit de rechtspraak van het Hof van Justitie, waaronder het arrest van 14 januari 2016, Grüne Liga, ECLI:EU:C:2016:10, af dat het college het verzoek om intrekking van de natuurvergunning had moeten beoordelen aan de hand van de volgende vragen: - Heeft bij de verlening van de natuurvergunning een passende beoordeling als bedoeld in artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn plaatsgevonden? - Is in het Natura 2000-gebied een proces van verslechtering of verstoring gaande met significante gevolgen voor de instandhoudingsdoelstellingen en leidt de uitvoering van het project zelf tot een verdere verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor de instandhoudingsdoelstellingen? - Kunnen deze verslechteringen/of verstoringen worden voorkomen door andere passende maatregelen, ondanks de uitvoering van het project? - Als de laatste vraag negatief moet worden beantwoord, dan zal verweerder zonder uitstel moeten overgaan tot intrekking van de natuurvergunning, tenzij uit een nieuwe passende beoordeling blijkt dat uitvoering van het project al dan niet met toepassing van artikel 6, vierde lid, van de Habitatrichtlijn toch mogelijk is. Bij de beantwoording van deze vragen moet, zo overwoog de rechtbank, rekening worden gehouden met de mate waarin de activiteit waarvoor vergunning is verleend is uitgevoerd of is gestart en het tijdstip waarop de vergunning is verleend. 3.4. Na de bespreking van deze vragen concludeert de rechtbank dat: - de beoordeling van de gevolgen van de stikstofdepositie op het nabijgelegen Natura 2000‑gebied in de natuurvergunning niet voldoet aan de eisen van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. - de uitvoering van het project kan leiden tot significant negatieve gevolgen voor de instandhoudingsdoelstellingen van het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen. - het college niet voldoende heeft onderbouwd dat deze gevolgen kunnen worden opgevangen door andere passende maatregelen. Onder deze omstandigheden is de rechtbank van oordeel dat het college in het bestreden besluit met een individuele passende beoordeling had moeten aantonen dat uitvoering van het project toch mogelijk is. De PAS-gebiedsanalyse kan niet als passende beoordeling dienen. Het college heeft het verzoek om intrekking van de natuurvergunning op basis van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb verkeerd beoordeeld. Het bestreden besluit is onvoldoende gemotiveerd. 3.5. Over de afwijzing van het verzoek om intrekking van de vergunning op grond van artikel 5.4, eerste lid, van de Wnb heeft de rechtbank overwogen dat dit een bevoegdheid betreft, waarbij het college een belangenafweging moet maken. De rechtbank is van oordeel dat het college zich op het standpunt kon stellen dat uit de gegevens die ten tijde van het bestreden besluit voorhanden waren, niet kon worden gezegd dat de emissiefactoren voor combiluchtwassers niet kloppen. De rechtbank overweegt verder dat het college onvoldoende in kaart heeft gebracht of bij de vergunningverlening van de juiste stikstofemissies is uitgegaan. Het gaat daarbij om de emissie in de referentiesituatie en de emissies van transportbewegingen. Dit heeft tot gevolg dat de belangenafweging berust op een onvoldoende onderbouwing. 3.6. De Logt voert in hoger beroep in de kern aan dat de rechtbank een onjuiste toepassing heeft gegeven aan artikel 5.4 van de Wnb en artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn. De rechtbank heeft miskend dat de natuurvergunning onherroepelijk is en dat zij daaraan rechten kan ontlenen. Uit de rechtspraak van het Hof van Justitie kan volgens De Logt worden afgeleid dat artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn alleen dwingt tot een herbeoordeling van een eerdere toestemming en de intrekking daarvan als dat de enige passende maatregel is die kan worden getroffen. Die situatie doet zich hier niet voor omdat er verschillende passende maatregelen in het Natura 2000-gebied kunnen worden getroffen en ook zijn getroffen. Over de toepassing van artikel 5.4, eerste lid, stelt De Logt dat de rechtbank ten onrechte concludeert dat het college niet goed in kaart heeft gebracht of in de natuurvergunning is uitgegaan van de juiste stikstofemissies. 3.7. BMF en Natuurmonumenten stellen in de kern dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat de stalemissies, gelet op de huidige inzichten over het emissiereducerend vermogen van combiluchtwassers, bij de verlening van de vergunning op de juiste wijze in kaart zijn gebracht. Verder heeft de rechtbank bij het bepalen van de referentiesituatie miskend dat de milieuvergunning uit 2001 gedeeltelijk is vervallen. Goede procesorde 4. BMF en Natuurmonumenten betogen dat het door De Logt bij brief van 15 juni 2020 overgelegde advies van R&S wegens strijd met een goede procesorde buiten beschouwing moet worden gelaten. 4.1. Ook na afloop van de beroepstermijn en, als die termijn is gegeven, na afloop van de termijn als bedoeld in artikel 6:6 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb), kunnen, gelet op artikel 8:58 van de Awb, nieuwe argumenten worden aangevoerd en stukken, ter motivering van een eerdere beroepsgrond, worden ingediend, tenzij dat in strijd is met een goede procesorde. Dat is het geval als die argumenten, gegevens of stukken verwijtbaar zo laat worden ingediend dat de andere partijen worden belemmerd om daarop voldoende te reageren of de goede voortgang van de procedure daardoor op andere wijze wordt belemmerd. Dat is in dit geval aan de orde. De Logt heeft het advies van R&S in alle drie de zaken die op de zitting van 6 juli 2020 behandeld werden overgelegd. Het advies van R&S ‘Aanpassing ivm wijziging Wet natuurbescherming, toelichting geluid Stiltegebied’, gedateerd 27 mei 2020, beslaat inclusief de bijlagen 306 pagina’s. Het advies strekt ertoe dat, uitgaande van de nu geldende toetsingskaders, met een aangepaste veebezetting en het treffen van akoestische maatregelen een natuurvergunning en omgevingsvergunning voor de activiteit milieu zou kunnen worden verkregen. Het advies en de daarbij gevoegde stikstofberekeningen en het akoestisch onderzoek hebben betrekking op een andere bedrijfssituatie en een ander project dan in deze procedure of in één van de andere procedures aan de orde is. De Logt heeft niet gemotiveerd waarom het stuk niet eerder kon worden overgelegd. Het stuk is bovendien overgelegd zonder dat daarbij is aangegeven welke onderdelen van het advies en de daarbij gevoegde onderzoeken relevant zijn voor welke zaak en met welk oogmerk het advies en de onderzoeken in de zaken worden overgelegd. Door het late moment en de wijze van indienen waren BMF en Natuurmonumenten, mede gelet op de omvang en de technische inhoud van het advies en de bijlagen niet in staat uiterlijk ter zitting daarop adequaat te reageren. De Afdeling zal het advies van R&S wegens strijd met een goede procesorde niet in de beoordeling van de beroepen betrekken. Wettelijk kader 5. Artikel 5.4, van de Wet natuurbescherming luidt - voor zover hier van belang - : 1. Een bij of krachtens deze wet verleende vergunning of ontheffing kan worden ingetrokken of gewijzigd indien: a. de houder van een vergunning, onderscheidenlijk ontheffing in strijd handelt met de hem verleende vergunning, onderscheidenlijk ontheffing of de daaraan verbonden voorschriften of beperkingen; b. de gegevens op grond waarvan de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zodanig onjuist of onvolledig blijken te zijn dat, waren de juiste gegevens bekend geweest, een andere beslissing zou zijn genomen; c. de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing in strijd met wettelijke voorschriften is verleend, of d. de omstandigheden sedert het tijdstip waarop de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zodanig zijn gewijzigd, dat deze niet, niet zonder beperkingen of voorwaarden, of onder andere beperkingen of voorwaarden zou zijn verleend, indien deze omstandigheden op het tijdstip waarop de vergunning, onderscheidenlijk ontheffing is verleend zouden hebben bestaan. 2. Een vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, wordt in elk geval ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn. 5.1. Artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn luidt: De Lid-Staten treffen passende maatregelen om ervoor te zorgen dat de kwaliteit van de natuurlijke habitats en de habitats van soorten in de speciale beschermingszones niet verslechtert en er geen storende factoren optreden voor de soorten waarvoor de zones zijn aangewezen voor zover die factoren, gelet op de doelstellingen van deze richtlijn een significant effect zouden kunnen hebben. Betekenis artikel 5.4, eerste en tweede lid, van de Wnb 6. Zoals uit 3.1-3.6 volgt, en ter zitting ook is bevestigd, verschillen De Logt, BMF en Natuurmonumenten en het college van mening over de betekenis van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb en de uitleg die de rechtbank daaraan heeft gegeven. De Afdeling staat daarom eerst stil bij de uitleg van artikel 5.4, eerste lid, onder c en d, en artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb en de relatie tussen deze leden. 6.1. Op grond van artikel 5.4, eerste lid, kan een vergunning worden ingetrokken of gewijzigd als (c) de vergunning in strijd met wettelijke voorschriften is verleend, of (d) de omstandigheden sedert het tijdstip waarop de vergunning is verleend zodanig zijn gewijzigd, dat deze niet, niet zonder beperkingen of voorwaarden, of onder andere beperkingen of voorwaarden zou zijn verleend, indien deze omstandigheden op het tijdstip waarop de vergunning is verleend zouden hebben bestaan. Een natuurvergunning wordt op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb in elk geval ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn. Uit artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn volgt dat passende maatregelen moeten worden getroffen om verslechteringen en verstoringen die significante effecten kunnen hebben op de soorten en habitattypen waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen te voorkomen. 6.2. Uit de geschiedenis van de totstandkoming van artikel 5.4, eerste lid, onder c en d, van de Wnb (Kamerstukken II 2011/12 33 348, nr. 3, blz. 282-283 en 118 en 100) kan worden afgeleid dat met die onderdelen van artikel 5.4 beoogd wordt uitvoering te kunnen geven aan de verplichtingen die volgens de rechtspraak van het Hof van Justitie uit artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn voortvloeien ten aanzien van activiteiten waarvoor een vergunning is verleend. Daarbij wordt onder meer verwezen naar de arresten van 7 september 2004, Kokkelvisserij, ECLI:EU:C:2004:482, punt 37, en van 20 september 2007, Commissie/Italië, ECLI:EU:C:2007:532, punt 94. 6.3. De Afdeling overweegt dat uit het Kokkelvisserijarrest volgt dat passende maatregelen moeten worden getroffen als de gevolgen van een plan of project bij de toestemmingverlening (lees: de natuurtoestemming) goed zijn beoordeeld, maar naderhand toch een verslechtering of verstoring blijkt mee te brengen. Uit het arrest Commissie/Italië kan worden afgeleid dat passende maatregelen moeten worden getroffen als de beoordeling van de gevolgen van het plan of project bij de toestemmingverlening (lees: natuurvergunning) gebrekkig is geweest en het plan of project heeft geleid of dreigt te leiden tot een verslechtering of verstoring met significante gevolgen. Deze rechtspraak is in het arrest van het Hof van Justitie van 14 januari 2016, Grüne Liga, ECLI:EU:C:2016:10, ook van toepassing geacht op toestemmingen die verleend zijn voordat de Habitatrichtlijn van toepassing werd voor een Natura 2000-gebied. 6.4. Over de verhouding tussen het eerste en tweede lid van artikel 5.4 van de Wnb vermeldt de geschiedenis van de totstandkoming van de bepaling (Kamerstukken II 2011/12, 33 348, nr. 3, blz. 282-283) dat het intrekken of wijzigen van een vergunning in beginsel een facultatieve bevoegdheid betreft, waardoor het bevoegd gezag in de gelegenheid wordt gesteld om te beoordelen of de intrekking of wijziging in een bepaald geval al dan niet de juiste maatregel is. Wanneer wijziging of intrekking van een vergunning voor een project met significante gevolgen voor een Natura 2000-gebied nodig is om verslechteringen of significante verstoringen te voorkomen, dan is het bevoegd gezag gebonden dit te doen. Het voorgestelde tweede lid regelt dit, aldus de memorie van toelichting. 6.5. De Afdeling overweegt dat uit artikel 5.4, eerste lid, volgt dat het college bevoegd is een natuurvergunning in te trekken als één van de daar genoemde omstandigheden zich voordoet. Het gebruik van die discretionaire bevoegdheid dient te geschieden na afweging van de betrokken belangen. Tot die belangen behoort in het licht van de formele rechtskracht van het besluit tot vergunningverlening mede het belang van de rechtszekerheid voor de vergunninghouder. Vergelijk de uitspraak van de Afdeling van 24 april 2013 (ECLI:NL:RVS:2013:BZ8407). Uit de woorden ‘in elk geval’ in artikel 5.4, tweede lid, en de hiervoor beschreven geschiedenis van de totstandkoming van artikel 5.4 leidt de Afdeling af dat het eerste en tweede lid van artikel 5.4 in samenhang moeten worden gelezen. Als de c- of d-grond uit het eerste lid van toepassing is én uit de herbeoordeling van de vergunde activiteit volgt dat deze, anders dan ten tijde van de vergunningverlening werd verondersteld, leidt tot een (dreigende) verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden, dan is ook artikel 5.4, tweede lid, van belang. Het college kan dan niet volstaan met een afweging van de belangen, maar moet tevens beoordelen of de intrekking of wijziging van de vergunning nodig is om verslechteringen of significante verstoringen te voorkomen. Het college komt dan toe aan een beoordeling op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb. 6.6. Uit de woorden ‘in elk geval’ in artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb leidt de Afdeling verder af dat de toepassing daarvan niet is beperkt tot die gevallen waarin de gronden uit het eerste lid zich voordoen en uit de herbeoordeling van de vergunde activiteit volgt dat anders dan ten tijde van de vergunningverlening werd verondersteld, de vergunde activiteit leidt tot (een dreigende) verslechtering of significante verstoring van de natuurwaarden. Artikel 5.4, tweede lid, bevat een zelfstandige grond voor intrekking of wijziging van de natuurvergunning, namelijk de dreigende verslechtering of verstoring met significante gevolgen van een soort of habitattype waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen. Als de intrekking of wijziging van een natuurvergunning kan bijdragen aan het voorkomen van de dreigende achteruitgang van de natuurwaarden, dan kan dat een passende maatregel zijn. De Afdeling is dan ook van oordeel dat in deze bepaling besloten ligt dat een grond voor intrekking of wijziging van een natuurvergunning aanwezig is als sprake is van een - dreigende - verslechtering of verstoring met significante gevolgen van een habitattype of soort waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen en de activiteit waarvoor de natuurvergunning is verleend effecten heeft op die natuurwaarden. Wanneer is de intrekking of wijziging nodig ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn? 7. Artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn verplicht tot het treffen van passende (preventieve) maatregelen die nodig zijn om verslechteringen en verstoringen die significante effecten kunnen hebben op de soorten en habitattypen waarvoor een Natura 2000-gebied is aangewezen te voorkomen (vergelijk HvJ EU 14 januari 2016, Grüne Liga, ECLI:EU:C:2016:10). Volgens het Hof beschikken de lidstaten bij het nemen van passende maatregelen over een beoordelingsmarge, mits gewaarborgd is dat er geen verslechtering of verstoring plaatsvindt. Het is met andere woorden aan de lidstaten ter beoordeling welke maatregelen worden getroffen, maar deze maatregelen moeten worden uitgevoerd als verslechteringen of verstoringen met significante gevolgen dreigen. 7.1. Omdat het college beoordelingsruimte heeft bij de keuze van de passende maatregelen die nodig zijn om verslechteringen en verstoringen met significante gevolgen voor natuurwaarden te voorkomen, zal het als die omstandigheden zich voordoen, moeten beslissen of de intrekking of wijziging van de natuurvergunning als passende maatregel wordt ingezet, dan wel dat andere passende maatregelen (zullen) worden getroffen. Als de intrekking of wijziging van de natuurvergunning de enige passende maatregel is om de dreigende achteruitgang van natuurwaarden te voorkomen, dan moet het college de natuurvergunning intrekken of wijzigen. Uit artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb kan echter, anders dan De Logt veronderstelt, niet worden afgeleid dat het college alleen tot intrekking of wijziging van een vergunning overgaat als dat de enige passende maatregel is om de dreigende achteruitgang van natuurwaarden te voorkomen. Ook als andere passende maatregelen getroffen kunnen worden, kan het college binnen de beoordelingsruimte die het heeft kiezen voor de intrekking of wijziging van de natuurvergunning. Zo kan de intrekking of wijziging van de natuurvergunning bijvoorbeeld onderdeel zijn van generiek beleid of een pakket van passende maatregelen dat gericht is op het voorkomen van een (dreigende) verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden die veroorzaakt wordt door de cumulatieve gevolgen van (veel) verschillende activiteiten (bronnen), zoals bij stikstofdepositie. Ook in dat geval is, als gekozen is voor de intrekking of wijziging van een natuurvergunning, sprake van een passende maatregel die nodig is als bedoeld in artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb. 7.2. Het college zal in het besluit op een verzoek om intrekking of wijziging van de natuurvergunning inzichtelijk dienen te maken op welke wijze het invulling heeft gegeven aan de beoordelingsruimte die het heeft bij de keuze van de te treffen passende maatregelen. Als het college de intrekking of wijziging van de natuurvergunning niet als passende maatregel wil inzetten terwijl dat wel zou kunnen, dan dient het college inzichtelijk te maken dat de intrekking of wijziging niet de enige passende maatregel is en als dat zo is, waarom de intrekking of wijziging van de natuurvergunning geen onderdeel hoeft uit te maken van de maatregelen of het pakket van maatregelen dat wel wordt getroffen. Het college kan dat doen door uit te leggen welke andere maatregelen zijn of zullen worden getroffen, binnen welk tijdpad de maatregelen worden uitgevoerd en wanneer verwacht wordt dat deze effectief zijn. 7.3. Ziet de toepassing van artikel 5.4, tweede lid, op een natuurvergunning voor een activiteit die stikstofdepositie veroorzaakt op (zwaar) overbelaste natuurwaarden die onder druk staan en dreigen te verslechteren, dan is het volgende van belang. De te hoge stikstofbelasting in Natura 2000-gebieden wordt veroorzaakt door de cumulatieve effecten van (veel) verschillende activiteiten afkomstig van verschillende bronnen. Daar waar de hoge stikstofbelasting leidt tot verslechtering van natuurwaarden zijn passende maatregelen nodig die onder meer gericht zijn op de daling van de stikstofdepositie in het Natura 2000-gebied. De intrekking of wijziging van natuurvergunningen voor activiteiten die bijdragen aan die verslechtering is een passende maatregel, maar zal in de regel niet de enige mogelijke passende maatregel zijn ter beperking van de stikstofdepositie. Het college kan, als het niet voor de intrekking of wijziging van de natuurvergunning kiest terwijl dat wel zou kunnen, niet volstaan met de enkele constatering dat andere passende maatregelen kunnen, zullen of al worden getroffen. Het college dient inzichtelijk te maken met welke maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie binnen een afzienbare termijn. Als er een pakket van maatregelen of een programma in uitvoering is dat gericht is op de daling van stikstofdepositie en dat zo nodig vergezeld gaat van monitoring van de uitvoering en effecten en dat voorziet in bijsturing of aanvulling indien nodig, dan kan het college daar naar verwijzen. Vergelijk 28.2 van de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019 (ECLI:NL:RVS:2019:1603). Is er geen zicht op de uitvoering van andere stikstofreducerende maatregelen binnen afzienbare termijn, dan komt de intrekking of wijziging van de natuurvergunning, al dan niet in samenhang met de intrekking of wijziging van één of meer andere natuurvergunningen, nadrukkelijk in beeld, met name als die intrekking(en) of wijziging(en) wel binnen afzienbare termijn tot relevante verbetering kan of kunnen leiden. Algemene beroepsgronden tegen het door de rechtbank geschetste beoordelingskader 8. De Logt betoogt dat de rechtbank een onjuiste toepassing heeft gegeven aan artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb en artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn. Het beoordelingskader dat de rechtbank in de aangevallen uitspraak heeft uiteengezet kan volgens De Logt niet uit die bepalingen en de rechtspraak van het Hof van Justitie worden afgeleid. Die bepalingen en rechtspraak dwingen volgens De Logt niet tot een herbeoordeling van de rechtmatigheid van eerdere toestemmingen. De Logt betoogt dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat het college bij de toepassing van artikel 5.4, tweede lid, niet uitsluitend had dienen te bezien of omstandigheden van na de vergunningverlening zouden kunnen noodzaken tot intrekking van de vergunning, maar tevens had dienen te bezien of de vergunning destijds rechtmatig is verleend en of de vergunde activiteit leidt tot significante gevolgen voor de natuurwaarden in het Natura 2000-gebied. Een herbeoordeling van de gevolgen van een project en de intrekking of wijziging van een natuurvergunning is volgens De Logt alleen noodzakelijk als bedoeld in artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb wanneer dat de enige passende maatregel is. Dat is hier niet aan de orde omdat er verschillende passende maatregelen denkbaar zijn en ook zijn getroffen. Ook het rechtszekerheidsbeginsel, dat volgens De Logt uitgangspunt voor de toepassing van het tweede lid is, brengt mee dat intrekking of wijziging van een natuurvergunning alleen aan de orde is wanneer dat de enige passende maatregel is. De natuurvergunning is immers onherroepelijk en de vergunninghouder kan daar rechten aan ontlenen waaraan uit oogpunt van rechtszekerheid niet kan worden getornd. De Logt betwist voorts dat er bij de toepassing van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb geen ruimte is voor een afweging van de natuurbelangen en de belangen van de vergunninghouder. Aan het belang van de rechtszekerheid van de vergunninghouder had in dit geval een doorslaggevend gewicht toegekend dienen te worden. 8.1. Uit 6-6.6 volgt dat de rechtbank terecht heeft overwogen dat het college een te beperkte toepassing heeft gegeven aan artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb. Het college heeft voor de beoordeling op grond van het tweede lid uitsluitend relevant geacht of omstandigheden van na de vergunningverlening zouden kunnen noodzaken tot intrekking of wijziging van de vergunning. Zoals uit 6.5 volgt en ook besloten ligt in de uitspraak van de rechtbank, komt het college ook toe aan een beoordeling op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb als de natuurvergunning destijds niet in overeenstemming met artikel 19d-19g van de Nbw 1998 is verleend en de vergunde activiteit heeft geleid of dreigt te leiden tot verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor natuurwaarden. Die (her)beoordeling van de rechtmatigheid van de eerder verleende vergunning ligt immers besloten in artikel 5.4, eerste lid, onder c, van de Wnb, waarin staat dat een vergunning kan worden ingetrokken indien de vergunning in strijd met wettelijke voorschriften is verleend. De Afdeling volgt De Logt niet in haar standpunt dat de intrekking van een natuurvergunning op grond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb alleen nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn als dat de enige passende maatregel is, omdat de intrekking of wijziging alleen dan noodzakelijk is. In de woorden ‘indien dat nodig is’ ligt naar het oordeel van de Afdeling besloten dat het college beoordelingsruimte heeft bij de keuze van de in te zetten passende maatregelen. In die woorden ligt niet besloten dat in het geval andere passende maatregelen mogelijk zijn, het college niet voor de intrekking van de natuurvergunning kan kiezen. Ook uit de rechtspraak van het Hof van Justitie kan, anders dan De Logt stelt, niet worden afgeleid dat de beoordelingsruimte van het college is begrensd in de zin dat de intrekking of wijziging van de natuurvergunning alleen passend is als dat de enige passende maatregel is. Het beroep dat De Logt doet op punt 46 van het arrest van 14 januari 2016, Grüne Liga, ECLI:EU:C:2016:10, slaagt niet. Die overweging heeft betrekking op de verplichtingen die voortvloeien uit artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn voor plannen en projecten waarvoor toestemming is verleend voordat artikel 6 van de Habitatrichtlijn van toepassing was en na dat moment worden uitgevoerd. Artikel 5.4 van de Wnb heeft geen betrekking op die situatie omdat de natuurvergunningen, die op grond van die bepaling ingetrokken kunnen worden, zijn verleend nadat artikel 6 van de Habitatrichtlijn van toepassing werd voor de betrokken Natura 2000-gebieden. Dat geldt ook voor de natuurvergunning die in 2013 aan De Logt is verleend. Het betoog van De Logt dat de rechtszekerheid van de vergunninghouder eraan in de weg staat dat voor de intrekking van de natuurvergunning wordt gekozen als ook voor andere passende maatregelen kan worden gekozen, slaagt niet. De rechtszekerheid van de vergunninghouder kan bij de keuze van de te treffen maatregelen wel een rol spelen, maar begrenst de invulling van de beoordelingsruimte die het college heeft niet op de wijze zoals De Logt stelt. Verder heeft de rechtbank, anders dan De Logt stelt, terecht overwogen dat bij de toepassing van artikel 5.4, tweede lid, geen ruimte is voor een belangenafweging. Dit is uiteengezet in 6.5. Bij de toepassing van het eerste lid is ruimte voor een belangenafweging, bij de toepassing van het tweede lid niet. Wel heeft, zoals de rechtbank terecht heeft overwogen, het college bij de toepassing van artikel 5.4, tweede lid, beoordelingsruimte bij de keuze van de maatregelen die passend zijn om verslechteringen of verstoringen met significante gevolgen voor de natuurwaarden in een Natura 2000-gebied te voorkomen. Het betoog van De Logt dat de rechtbank heeft miskend dat haar vergunning in rechte onaantastbaar is en dat daar gelet op 32.7 van de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019 (ECLI:NL:RVS:2019:1603) over het PAS niet aan kan worden getornd, zodat geen toepassing kan worden gegeven aan artikel 5.4 van de Wnb, slaagt niet. In 32.7 van de hiervoor genoemde uitspraak is vermeld dat de PAS-uitspraak vergunningen niet ongeldig maakt die met het PAS-regime zijn verleend en die in rechte onaantastbaar zijn. Daarmee is bedoeld dat iemand die met toepassing van het PAS-beoordelingskader een vergunning heeft gekregen waartegen geen beroep meer mogelijk of aanhangig is, na de PAS-uitspraak nog steeds een vergunning heeft voor die activiteit. Dat laat de mogelijkheid van intrekking of wijziging van zo’n vergunning, ongeacht of die met of zonder het PAS-regime is verleend, met toepassing van artikel 5.4 van de Wnb onverlet. 8.2. De Afdeling zal hierna eerst ingaan op de vraag of de gronden voor intrekking of wijziging van een natuurvergunning als bedoeld in artikel 5.4, eerste lid, onder c en d, zich voordoen. Is de natuurvergunning destijds verleend in strijd met wettelijke voorschriften? (art. 5.4, eerste lid, onder c, van de Wnb) 9. De Logt betoogt dat de rechtbank ten onrechte heeft geoordeeld dat de beoordeling van de gevolgen van het project bij de vergunningverlening gebrekkig is geweest. Zij betoogt dat de rechtbank er ten onrechte vanuit gaat dat de vergunde activiteit significante gevolgen kan hebben en daarom passend beoordeeld moet worden. Omdat de vergunde activiteit leidt tot een afname van emissie en depositie ten opzichte van de vergunde situatie in de referentiesituatie, kan op grond van objectieve gegevens worden uitgesloten dat het project significante gevolgen heeft. De natuurvergunning kon volgens De Logt dan ook zonder passende beoordeling worden verleend omdat die niet was vereist. De Logt stelt verder dat de rechtbank heeft miskend dat het college bij de vergunningverlening heeft onderkend dat artikel 19kd van de Nbw 1998 niet onverkort kon worden toegepast. Tot slot stelt De Logt dat in het geval de gevolgen van de vervoersbewegingen niet bij de vergunningverlening zijn betrokken deze ook niet zijn vergund en dat de intrekking van de vergunning daar geen invloed op kan hebben. 9.1. BMF en Natuurmonumenten stellen dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat bij de verlening van de vergunning voor de berekening van de stalemissies kon worden uitgegaan van de emissiefactoren uit de Regeling Ammoniak en Veehouderij. Volgens hen moet rekening worden gehouden met een hogere emissie van het aangevraagde project, omdat het emissiereducerend vermogen van de combiluchtwassers die gebruikt zullen worden minder groot is dan waarvan die emissiefactoren uitgegaan. Verder stellen BMF en Natuurmonumenten dat ook als ervan moet worden uitgegaan dat het vergunde project leidt tot een afname van stikstofdepositie, er sprake is van een project dat significante gevolgen kan hebben en dat niet overeenkomstig artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn passend is beoordeeld. Zij wijzen erop dat in de aanvraag wordt uitgegaan van de inzet van een mitigerende maatregel, namelijk het gebruik van combiluchtwassers. Die maatregel had volgens hen niet bij de beoordeling van de emissie mogen worden betrokken omdat de verwachte voordelen daarvan ten tijde van de vergunningverlening niet vaststonden vanwege de onzekerheden over het emissiereducerend vermogen. 9.2. De rechtbank heeft overwogen dat de natuurvergunning is verleend zonder dat daarvoor een passende beoordeling in overeenstemming met artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn is uitgevoerd. Aan de verlening van de natuurvergunning ligt volgens de rechtbank een gebrekkige beoordeling van de stikstofdepositie ten grondslag ligt, omdat: ( a) de milieuvergunning van 8 mei 2001 nadien gedeeltelijk is vervallen en daarmee geen rekening is gehouden bij het bepalen van de emissie in de referentiesituatie; ( b) de vergunning is verleend met toepassing van artikel 19kd van de Nbw 1998, terwijl uit de uitspraak van de Afdeling van 7 september 2011, ECLI:NL:RVS:2011:BR6898, volgt dat artikel 19kd van de Nbw 1998 geen goede implementatie van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn is, omdat daarin - kort gezegd - ook voor Vogelrichtlijngebieden wordt uitgegaan van 7 december 2004 als referentiedatum; ( c) de natuurvergunning geen beoordeling bevat van de gevolgen van stikstofdepositie in combinatie met andere projecten. ( d) de gevolgen van stikstofemissie van vervoersbewegingen daarbij niet zijn betrokken en het college deze gevolgen ook bij het besluit over het verzoek om intrekking van de vergunning niet alsnog goed in kaart heeft gebracht. 9.3. Het college heeft op 19 december 2013 aan De Logt een natuurvergunning verleend voor het wijzigen/veranderen van een varkenshouderij aan de Logtsebaan 2 in Oirschot. De vergunning is verleend voor het houden van 19.008 gespeende biggen (biggenopfok) in drie stallen. De totale emissie is 1167,36 kg. 9.4. In de natuurvergunning is beoordeeld of de aangevraagde situatie leidt tot een toe- of afname van emissie en depositie ten opzichte van de (milieu)vergunde situatie op de relevante referentiedata. De relevante referentiedata zijn volgens de natuurvergunning: 10 juni 1994 en 24 maart 2000 voor de Vogelrichtlijngebieden en 7 december 2004 voor de Habitatrichtlijngebieden. In de natuurvergunning is de relevante referentiesituatie als volgt weergegeven: 9.5. Het college heeft de natuurvergunning destijds verleend omdat de aangevraagde situatie ten opzichte van de referentiesituatie voor de Vogelrichtlijngebieden tot een afname van 1644,64 kg en voor de Habitatrichtlijngebieden van 2858,64 kg leidt. Deze afname van emissie leidt bovendien tot een afname van depositie. Uit de berekeningen blijkt dat er in de beoogde situatie een afname is van 11,3 mol op het Habitatrichtlijngebied Kampina & Oisterwijkse Vennen en van 9,39 mol op het Vogelrichtlijngebied Kampina & Oisterwijkse Vennen ten opzichte van de referentiesituatie. De natuurvergunning is verleend op basis van een voortoets. Een passende beoordeling is niet gemaakt. 9.6. De rechtbank heeft terecht overwogen dat bij de verlening van de natuurvergunning ten onrechte geen rekening is gehouden met het gegeven dat een deel van de milieuvergunning van 8 mei 2001 is vervallen (zie de uitspraak van de Afdeling van 18 december 2013, ECLI:NL:RVS:2013:2432). Die milieuvergunning van 2001 was verleend voor het houden van 60 stuks jongvee, 360 vleesvarkens (stal 1), 720 vleesvarkens (stal 2) en 2280 vleesvarkens (stal 3). Omdat stal 3 nooit is gerealiseerd is de vergunning voor dat deel vervallen. Dat betekent dat de emissie in de referentiesituatie geen 4026 kg was maar 1746 kg. Omdat deze emissie lager is dan de emissie uit de Hinderwetvergunning van 1978 had deze lagere emissie als referentiesituatie genomen moeten worden voor de Vogelrichtlijn- en Habitatrichtlijngebieden. Deze emissie is echter, zoals De Logt en het college stellen, nog steeds hoger dan de emissie van de aangevraagde situatie. 9.7. De Logt stelt terecht dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat het college bij de verlening van de natuurvergunning geen gevolg heeft gegeven aan de uitspraak van de Afdeling van 7 september 2011, ECLI:NL:RVS:2011:BR6898, over artikel 19kd van de Nbw 1998. Artikel 19kd Nbw 1998 bepaalde kort gezegd dat de gevolgen van stikstofdepositie van een activiteit niet beoordeeld hoefden te worden als de voorgenomen activiteit niet leidde tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van 7 december 2004. In de uitspraak van 7 september 2011 oordeelde de Afdeling dat artikel 19kd geen uitzondering op de vergunningplicht inhoudt en dat artikel 19kd voor de Vogelrichtlijngebieden van een verkeerde referentiedatum (nl. 7 december 2004) uitgaat. In de natuurvergunning wordt de uitspraak van 7 september 2011 genoemd en die uitspraak heeft ertoe geleid dat in de natuurvergunning inzichtelijk is gemaakt dat het bedrijf op de relevante referentiedata voor de Vogelrichtlijngebieden over een Hinderwetvergunning beschikte. Aan die vergunning is weliswaar ten onrechte de referentiesituatie ontleend (zie 9.6), maar dat heeft niets te maken met het al dan niet gevolg geven aan de uitspraak van 7 september 2011. 9.8. Volgens vaste rechtspraak van de Afdeling (vergelijk de uitspraak van de Afdeling van 6 maart 2013, ECLI:NL:RVS:2013:BZ3382) is een cumulatietoets bij projecten die ten opzichte van de referentiesituatie niet leiden tot een toename van de stikstofdepositie op voor stikstof gevoelige natuurwaarden geen onderdeel van de belangenafweging. De rechtbank heeft dan ook ten onrechte overwogen dat de vergunningverlening gebrekkig is geweest omdat daarbij geen cumulatietoets heeft plaatsgevonden. 9.9. Bij de beoordeling van de natuurvergunning zijn de gevolgen van stikstofdepositie door verkeersbewegingen niet betrokken. De rechtbank heeft terecht overwogen dat het standpunt van het college dat het aantal verkeersbewegingen zal afnemen, omdat het aantal dieren in de natuurvergunning afneemt ten opzichte van de referentiesituatie, feitelijk onjuist is. Het aantal dieren neemt in de natuurvergunning (19.008 gespeende biggen) immers aanzienlijk toe ten opzichte van de referentiesituatie (60 stuks jongvee en 1080 vleesvarkens). Het college stelt echter ook dat er een fors verschil in emissie is tussen de referentiesituatie en de vergunde situatie. Gelet daarop is voldoende aannemelijk dat de uitkomst van de voortoets niet anders was geweest als de emissie van de vervoersbewegingen bij de beoordeling van de vergunning was betrokken. 9.10. De toepassing van combiluchtwassers is anders dan BMF en Natuurmonumenten betogen een onderdeel van het project en geen mitigerende maatregel. Dat de aanvraag voor de vergunning ziet op het houden van vee in een bepaald stalsysteem, dat in dit geval impliceert dat een bepaald type luchtwasser wordt gebruikt, betekent derhalve niet dat zonder meer een passende beoordeling aan de vergunningverlening ten grondslag gelegd had moeten worden. Verder hebben BMF en Natuurmonumenten geen gegevens overgelegd waaruit volgt dat in 2013 voor de berekening van de emissie van het aangevraagde stalsysteem geen gebruik kon worden gemaakt van de emissiefactoren uit de Regeling ammoniak en veehouderij. De rechtbank heeft dan ook terecht overwogen dat de stalemissies bij de verlening van de natuurvergunning konden worden berekend op basis van de emissiefactoren uit de Regeling Ammoniak en Veehouderij. Het betoog van BMF en Natuurmonumenten slaagt niet. 9.11. Uit het voorgaande volgt dat de emissie in de referentiesituatie bij de vergunningverlening niet op de juiste wijze is vastgesteld. De emissie in de referentiesituatie is echter, ook als deze op de juiste wijze wordt vastgesteld, hoger dan de emissie in de aangevraagde situatie. Het is vaste jurisprudentie van de Afdeling dat een project dat met intern salderen niet tot een toename van stikstofdepositie leidt, een project is waarvan op grond van objectieve gegevens is uitgesloten dat het significante gevolgen heeft. Uit die rechtspraak volgt voorts dat een vergunning met intern salderen kon worden verleend op basis van een belangenafweging (artikel 19e van de Nbw 1998). Een passende beoordeling was niet vereist. De onjuiste vaststelling van de emissie in de referentiesituatie leidt in dit geval dan ook niet tot de conclusie dat de vergunning niet op basis van een voortoets en een belangenafweging op grond van artikel 19e van de Nbw 1998 kon worden verleend. De vergunning is niet in strijd met wettelijke voorschriften verleend. De rechtbank heeft ten onrechte geoordeeld dat het college in dit geval aan artikel 5.4, eerste lid, onder c, de bevoegdheid kan ontlenen tot intrekking of wijziging van de natuurvergunning. Het betoog van De Logt slaagt. Zijn de omstandigheden sedert het tijdstip waarop de vergunning is verleend gewijzigd? (artikel 5.4, eerste lid, onder d, van de Wnb) Nieuwe inzichten over het emissiereducerend vermogen van luchtwassers 10. BMF en Natuurmonumenten stellen dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat het college uit de onderzoeken die wijzen op het tegenvallend rendement van luchtwassers, niet hoefde af te leiden dat de emissiefactoren voor combiluchtwassers die bij de vergunningverlening zijn toegepast, niet langer kloppen. Volgens BMF en Natuurmonumenten kan uit de ‘Evaluatie geurverwijdering door luchtwassystemen bij stallen’ van maart 2018, van Wageningen University & Research, het advies van de Commissie Deskundigen Meststoffenwet (CDM) en het rapport ‘Ontwikkelingen in emissies en concentraties van ammoniak in Nederland tussen 2005 en 2016’ van het RIVM van 31 december 2018, worden afgeleid dat hooguit kan worden uitgegaan van een emissiereducerend vermogen van 59%. Dat betekent volgens hen dat de aanvraag betrekking heeft op een varkenshouderij met een emissie van 2298,26 kg, dat meer is dan de emissie in de referentiesituatie. De vergunning zou daarom gelet op de huidige inzichten over het emissiereducerend vermogen van combiluchtwassers niet meer, of niet meer zonder beperkingen verleend kunnen worden. Ter onderbouwing van hun betoog wijzen zij in hoger beroep voorts op het rapport van het Centraal Bureau voor de Statistiek (hierna: CBS), ‘Stikstofverlies uit opgeslagen mest’ van oktober 2019. Daaruit leiden zij af dat de emissiefactor voor combiluchtwassers voor gespeende biggen (diercategorie D1.1.15.1) in NEMA naar aanleiding van de hiervoor genoemde rapporten is aangepast tot 0,28 kg per dier. 10.1. In het rapport ‘Evaluatie geurverwijdering door luchtwassystemen bij stallen’ is vooral gekeken naar het geurreducerend vermogen van combiluchtwassers. Dat vermogen was aanzienlijk kleiner dan waarvan werd uitgegaan en heeft aanleiding gegeven tot aanpassing van de geurreductiepercentages van combiwassers in de Regeling geurhinder en veehouderij. In het rapport zijn ter ondersteuning van de interpretatie van de geurverwijdering indicatieve metingen van de ammoniakverwijdering uitgevoerd. Die indicatieve metingen lieten een minder reducerend vermogen zien dan mocht worden verwacht. Omdat het om indicatieve metingen gaat konden daar geen conclusies aan worden verbonden. In de brief van de minister van 3 april 2018 over dit rapport staat dat daarvoor nader onderzoek nodig is. 10.2. In het advies van de CDM en het rapport ‘Ontwikkelingen in emissies en concentraties van ammoniak in Nederland tussen 2005 en 2016’ wordt eveneens aanbevolen om nader onderzoek te doen naar het ammoniakreducerend vermogen van combiluchtwassers. 10.3. De Afdeling is van oordeel dat de rechtbank terecht heeft overwogen dat het college zich op het standpunt kon stellen dat uit de ‘Evaluatie geurverwijdering door luchtwassystemen bij stallen’ niet kan worden afgeleid dat de emissiefactoren die in de Regeling ammoniak en veehouderij zijn opgenomen voor de typen luchtwassers die zijn vergund onjuist zijn. De rechtbank heeft voorts terecht overwogen dat dit evenmin uit het advies van de CDM en het RIVM rapport volgt, maar dat daaruit in algemene zin wel kan worden afgeleid dat onzeker is of de emissiefactoren voor bepaalde combiluchtwassers juist zijn. Het standpunt van BMF en Natuurmonumenten dat de rechtbank daaraan de conclusie had moeten verbinden dat de vergunning niet meer of niet meer zonder beperkingen zou kunnen worden verleend, deelt de Afdeling niet. Die onzekerheid betekent, zoals de rechtbank terecht heeft overwogen, dat niet met zekerheid kan worden gesteld dat de omvang van de ammoniakemissie van de varkenshouderij bij de vergunningverlening onjuist is vastgesteld. Die zekerheid is wel vereist om te kunnen vaststellen of voldaan is aan de voorwaarde voor een op artikel 5.4, eerste lid, onder d, van de Wnb gebaseerde intrekking of wijziging van de vergunning. Deze zaak verschilt daarin van de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019, (ECLI:NL:RVS:2019:1603), waarnaar BMF en Natuurmonumenten verwijzen, waarin de verlening van een natuurvergunning aan de orde was. De hiervoor genoemde rapporten boden ten tijde van het bestreden besluit onvoldoende concrete aanknopingspunten voor het oordeel dat de omstandigheden sinds de verlening van de vergunning zodanig zijn gewijzigd dat deze niet of zonder beperkingen of voorwaarden zou zijn verleend. Het CBS-rapport dat BMF en Natuurmonumenten in hoger beroep hebben overgelegd leidt niet tot een andere conclusie. In het CBS-rapport, dat dateert van na het bestreden besluit, staat dat de veronderstelde effectiviteit van emissiearme huisvesting vermoedelijk wordt overschat. Uit dit rapport kan niet worden afgeleid dat het onderzoek naar het emissiereducerend vermogen van combiluchtwassers ten tijde van het bestreden besluit was afgerond en heeft geleid tot bijstelling van de emissiefactoren in de Regeling ammoniak en veehouderij. Dat, zoals uit het CBS-rapport kan worden afgeleid, in het Nederlands Emissiemodel voor Ammoniak (NEMA) met recent bijgestelde emissiefactoren wordt gerekend, die afwijken van de factoren uit de Regeling ammoniak en veehouderij, is geen gewijzigde omstandigheid, die als die ten tijde van de vergunningverlening zou hebben bestaan, had geleid tot het niet of onder andere voorwaarden verlenen van de vergunning. Het NEMA is en wordt niet gebruikt voor emissieberekeningen op projectniveau. Daarvoor worden de emissiefactoren uit de Regeling ammoniak en veehouderij gebruikt. Gelet op het voorgaande heeft de rechtbank terecht overwogen dat het college zich terecht op het standpunt heeft gesteld dat op dit punt niet voldaan wordt aan de voorwaarde opgenomen in artikel 5.4, eerste lid, onder d, van de Wnb. Feitelijke beëindiging van het houden van vee/ongebruikt laten vergunning 11. De Logt betoogt dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat het college bij de beoordeling van de intrekkingsbevoegdheid rekening had moeten houden met de mate waarin de activiteit waarvoor vergunning is verleend is uitgevoerd en of feitelijk vee wordt gehouden. Volgens De Logt is voor de toepassing van de intrekkingsbevoegdheid niet relevant of feitelijk vee wordt gehouden en of het vergunde project is uitgevoerd. De emissie die uit de milieuvergunde situatie in de referentiesituatie kon voortvloeien is van belang bij de vergunningverlening, niet de feitelijke emissie. Dat moet bij de toepassing van artikel 5.4 van de Wnb ook als uitgangspunt gelden volgens De Logt. De rechtbank is er volgens De Logt bovendien ten onrechte vanuit gegaan dat ter plaatse al jarenlang geen vee meer wordt gehouden. 11.1. BMF en Natuurmonumenten stellen dat aan langdurige leegstand wel betekenis toekomt. Het alsnog gebruik maken van de natuurvergunning leidt feitelijk tot een verdere overschrijding van de kritische depositiewaarde op stikstofgevoelige habitats. Dat al langere tijd geen vee meer wordt gehouden en het project niet is uitgevoerd zijn dan ook omstandigheden waaraan bij de toepassing van de intrekkingsbevoegdheid betekenis toekomt. 11.2. De Afdeling is van oordeel dat de rechtbank ten onrechte heeft overwogen dat de mate waarin de activiteit waarvoor vergunning is verleend is uitgevoerd of is gestart en het gegeven dat de milieutoestemming uit 2001 is vervallen, waardoor de bestaande stallen niet meer kunnen worden gebruikt, en het alsnog gebruik maken van de natuurvergunning feitelijk zal leiden tot een toename van depositie, betrokken moeten worden bij de vraag of het college op grond van artikel 5.4, eerste lid, onder d, van de Wnb, bevoegd is de natuurvergunning in te trekken of te wijzigen. Zoals hiervoor is overwogen is de natuurvergunning verleend met intern salderen. Een verandering in de feitelijke emissie doordat er geen of minder vee wordt of kan worden gehouden of doordat het project niet wordt uitgevoerd zijn geen gewijzigde omstandigheden, die als die ten tijde van de vergunningverlening zouden hebben bestaan, hadden geleid tot het niet of onder andere voorwaarden verlenen van de vergunning. Langdurige leegstand en het ongebruikt laten van een vergunning zijn derhalve geen omstandigheden als bedoeld in artikel 5.4, eerste lid, onder d, van de Wnb waaraan het college de bevoegdheid kan ontlenen om een vergunning in te trekken. Als het college aan een van de andere omstandigheden in artikel 5.4, eerste lid, of aan artikel 5.4, tweede lid, de bevoegdheid tot intrekking of wijziging van een natuurvergunning ontleent, dan kan het college deze omstandigheden wel een rol laten spelen in de belangenafweging en de invulling van de beoordelingsruimte of de intrekking een passende maatregel is die nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn. Het betoog slaagt. Het betoog van De Logt dat de rechtbank er ten onrechte vanuit is gegaan dat ter plaatse al jarenlang geen vee meer wordt gehouden, behoeft gelet op het voorgaande geen bespreking. De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State: I. bevestigt de uitspraak van de rechtbank voor zover daarbij het bestreden besluit is vernietigd voor zover hierin het bezwaar tegen de weigering van de intrekking van de natuurvergunning ongegrond is verklaard; II. bepaalt dat de rechtsgevolgen van het besluit van 14 februari 2019 van het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant, voor zover dat betrekking heeft op de weigering van de intrekking van de natuurvergunning, geheel in stand blijven; Aldus vastgesteld door mr. B.J. van Ettekoven, voorzitter, en mr. R. Uylenburg en mr. B.J. Schueler, leden, in tegenwoordigheid van mr. J. Verbeek, griffier. w.g. Van Ettekovenvoorzitter De griffier is verhinderd de uitspraak te ondertekenen. Uitgesproken in het openbaar op 20 januari 2021 388. Samenvatting 1. Deze zaak gaat over de afwijzing van een verzoek van BMF en Natuurmonumenten om de natuurvergunning voor de varkenshouderij van De Logt in te trekken. De rechtsvraag die de Afdeling in deze uitspraak moet beantwoorden is onder welke omstandigheden een natuurvergunning kan of moet worden ingetrokken en welke eisen aan de motivering van een beslissing op een verzoek om intrekking of wijziging van een natuurvergunning worden gesteld. Verder gaat de Afdeling in de uitspraak in op de betekenis van de wijziging van de vergunningplicht per 1 januari 2020 voor projecten die gebruik maken van intern salderen. 1.1. De uitleg van artikel 5.4, tweede lid, van de Wet natuurbescherming (hierna: Wnb) staat centraal in deze uitspaak. Daarin is bepaald dat een natuurvergunning wordt ingetrokken of gewijzigd indien dat nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn. In deze bepaling ligt naar het oordeel van de Afdeling besloten dat een grond voor intrekking of wijziging van een natuurvergunning aanwezig is als een verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden in een Natura 2000-gebied dreigt en de activiteit waarvoor de natuurvergunning is verleend effecten heeft op die natuurwaarden. Als deze grond zich voordoet dan staat vast dat ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn, passende maatregelen getroffen moeten worden om verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden te voorkomen. Daarmee staat echter nog niet vast dat de natuurvergunning als passende maatregel moet worden ingetrokken of gewijzigd. Het college heeft namelijk beoordelingsruimte bij de keuze van de te treffen nodige passende maatregelen. Dat betekent dat het college moet beoordelen of de intrekking of wijziging van de natuurvergunning als passende maatregel wordt ingezet, dan wel dat andere passende maatregelen (zullen) worden getroffen. Als de intrekking of wijziging van de natuurvergunning de enige te treffen passende maatregel is, dan moet de vergunning worden ingetrokken of gewijzigd. Kiest het college niet voor de intrekking of wijziging van de natuurvergunning dan moet het college in het besluit tot afwijzing van een verzoek daartoe inzichtelijk maken op welke wijze het invulling heeft gegeven aan de beoordelingsruimte die het heeft bij de keuze van de te treffen passende maatregelen. Het college kan dat naar het oordeel van de Afdeling doen door uit te leggen welke andere maatregelen zijn of zullen worden getroffen, binnen welk tijdpad de maatregelen worden uitgevoerd en wanneer verwacht wordt dat deze effectief zijn. 1.2. Voor activiteiten die stikstofdepositie veroorzaken op natuurwaarden die door een overbelasting van stikstof dreigen te verslechteren betekent het voorgaande naar het oordeel van de Afdeling het volgende. Het college kan, als het niet voor de intrekking of wijziging van de natuurvergunning kiest, niet volstaan met de enkele constatering dat andere passende maatregelen kunnen, zullen of al worden getroffen. Het college dient inzichtelijk te maken met welke maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie binnen een afzienbare termijn. Als er een pakket van maatregelen of een programma in uitvoering is dat gericht is op de daling van stikstofdepositie dan kan het college daar naar verwijzen. Is er geen zicht op de uitvoering van andere stikstofreducerende maatregelen binnen afzienbare termijn, dan komt de intrekking of wijziging van de natuurvergunning, al dan niet in samenhang met de intrekking of wijziging van één of meer andere natuurvergunningen, nadrukkelijk in beeld, met name als die intrekking(en) of wijziging(en) wel binnen afzienbare termijn tot relevante verbetering kan of kunnen leiden. 1.3. De Afdeling stelt in deze zaak vast dat de grond voor intrekking of wijziging van een natuurvergunning als bedoeld in artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb aanwezig is. Het besluit tot afwijzing van het verzoek om intrekking van de natuurvergunning is gebrekkig gemotiveerd, omdat het college niet inzichtelijk heeft gemaakt welke andere passende maatregelen getroffen zullen worden. De rechtbank is terecht tot dat oordeel gekomen en heeft het besluit tot afwijzing van het verzoek terecht vernietigd. De Afdeling ziet in deze zaak aanleiding de rechtsgevolgen van het vernietigde besluit in stand te laten. Daarvoor is van belang dat de natuurvergunning waarvan de intrekking wordt verzocht is verleend op basis van intern salderen. De natuurvergunning is een zogenoemde verslechteringsvergunning, die vereist was voor activiteiten die geen significante gevolgen konden hebben voor een Natura 2000-gebied. De vergunningplicht voor dergelijke activiteiten is per 1 januari 2020 vervallen. Omdat met de intrekking van de vergunning voor een activiteit die niet vergunningplichtig is niet kan worden bewerkstelligd dat de activiteit niet alsnog wordt gerealiseerd, kan de intrekking van deze vergunning niet als passende maatregel worden ingezet en zou het college bij een nieuw te nemen besluit het verzoek alsnog moeten afwijzen. De Afdeling laat daarom de rechtsgevolgen van het vernietigde besluit in stand. Daarmee is de procedure over de intrekking van deze natuurvergunning tot een einde gekomen. Overzicht verschillende procedures 2. De Logt is sinds 2008 eigenaar van het perceel met agrarische opstallen aan de Logtsebaan 2 in Oirschot. Op deze locatie is sinds jaar en dag een veehouderij aanwezig. De Logt heeft het voornemen op deze locatie een varkenshouderij op te richten. Zij heeft daarvoor een omgevingsvergunning bouwen, een revisievergunning (milieu) en een natuurvergunning aangevraagd. Deze aanvragen hebben betrekking op het houden van 19.008 gespeende biggen (opfok). 2.1. Op 13 juli 2010 heeft het college van burgemeester en wethouders van Oirschot (hierna: Oirschot) een reguliere bouwvergunning eerste fase verleend voor het bouwen van biggenstallen met voederkeuken en toebehoren. Verder heeft Oirschot bij besluit van 13 november 2012 een reguliere bouwvergunning tweede fase verleend. Deze bouwvergunningen zijn onherroepelijk geworden na de uitspraak van de Afdeling van 19 september 2012 (ECLI:NL:RVS:2012:BX7720). 2.2. Op 3 juli 2012 is door Oirschot een revisievergunning op grond van de Wet milieubeheer verleend voor een varkenshouderij met 19.008 gespeende biggen. 2.3. De natuurvergunning is bij besluit van 19 december 2013 verleend door het college. 2.4. BMF en Natuurmonumenten hebben verzocht om intrekking van de omgevingsvergunning voor bouwen en milieu (de revisievergunning) en om intrekking van de natuurvergunning. 2.5. Oirschot heeft de omgevingsvergunning bouwen en de revisievergunning bij besluit van 19 december 2017 ingetrokken. Op het beroep van De Logt heeft de rechtbank een tussenuitspraak gedaan. Tegen het herstelbesluit waarbij het verzoek alsnog werd afgewezen en het besluit tot intrekking werd ingetrokken is onder meer door BMF en Natuurmonumenten beroep bij de rechtbank ingesteld. De rechtbank heeft bij uitspraak van 19 augustus 2019 het beroep van De Logt tegen het besluit tot intrekking en het beroep van BMF en Natuurmonumenten tegen het herstelbesluit gegrond verklaard. Het hoger beroep van De Logt wordt behandeld in de zaak 201907142/1/R2. 2.6. Het college heeft het verzoek om intrekking van de natuurvergunning bij besluit van 27 juli 2018 afgewezen. Dat besluit is bij de beslissing op bezwaar van 14 februari 2019 gehandhaafd. De rechtbank heeft het beroep van BMF en Natuurmonumenten bij uitspraak van 19 augustus 2019 gegrond verklaard. De hoger beroepen van De Logt en BMF en Natuurmonumenten worden in deze uitspraak behandeld. 2.7. Aan De Logt is verder door Oirschot op 30 mei 2018 een omgevingsvergunning voor de activiteiten milieu en natuur verleend voor het wijzigen van het aantal dieren naar 15.168 gespeende biggen en 870 vleesvarkens en het wijzigen van het stalsysteem (ander type luchtwasser). 12. Uit het voorgaande volgt dat de omstandigheden genoemd in artikel 5.4, eerste lid, onder c en d, die aanleiding kunnen zijn voor intrekking of wijziging van een natuurvergunning, zich in dit geval niet voordoen. De rechtbank heeft dat miskend en heeft ten onrechte overwogen dat het college de afwijzing van het verzoek om intrekking of wijziging van de vergunning op grond van artikel 5.4, eerste lid, onder c en d, onvoldoende heeft gemotiveerd. 12.1. De Afdeling zal hierna ingaan op de vraag of de grond voor intrekking of wijziging van de natuurvergunning die voortvloeit uit artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb zich voordoet. Dat is het geval als sprake is van een dreigende verslechtering of verstoring met significante gevolgen van de natuurwaarden in het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen, waarop de vergunde activiteit van De Logt effecten heeft. Is sprake van een dreigende verslechtering of verstoring met significante gevolgen van de natuurwaarden in het Natura 2000-gebied, waarop de vergunde activiteit effecten heeft (art. 5.4, tweede lid, Wnb)? 13. De Logt stelt dat de conclusie van de rechtbank dat door de jarenlange overschrijding van de kritische depositiewaarde en de veronderstelde toename van stikstofdepositie er een gevaar bestaat op verslechteringen en verstoringen met significante gevolgen, slechts gebaseerd is op aannames. Dat is volgens De Logt te mager om een bevoegdheid tot intrekking van de vergunning op te baseren. Bovendien betrekt de rechtbank ten onrechte bij haar oordeel dat op korte termijn geen sprake is van een verbetering en herstel van de natuurwaarden in het gebied. 13.1. BMF en Natuurmonumenten wijzen erop dat de kritische depositiewaarde voor enkele stikstofgevoelige habitattypen in het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen fors wordt overschreden en dat instandhoudings- en passende maatregelen nodig zijn om de behoud- en verbeterdoelstellingen te bereiken en om verslechtering van de natuurwaarden te voorkomen. Daarvoor is een daling van de achtergrondbelasting nodig. Ter onderbouwing van hun standpunt hebben zij de in opdracht van Natuurmonumenten door R. Bobbink opgestelde ‘Expertnotitie gevolgen van N-depositie op N2000-habitattypen in het Natura 2000-gebied "de Kampina en Oisterwijkse vennen’ (3 juni 2019), overgelegd. Concreet gaat het volgens hen onder meer om de habitattypen H9190 Oude Eikenbossen, H6410 Blauwgraslanden, en H7110B Actieve hoogvenen, die allemaal in de directe omgeving van de locatie waarop de vergunning ziet voorkomen. 13.2. Het college verwijst naar de gebiedsanalyse die voor het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen is gemaakt voor het PAS. In de gebiedsanalyse wordt de overschrijding van de kritische depositiewaarde als knelpunt genoemd en wordt ervan uitgegaan dat herstelmaatregelen nodig zijn om een aantasting van de natuurwaarden in het gebied te voorkomen. 13.3. In de gebiedsanalyse voor het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen staat dat voor drie habitattypen sprake is van een stabiele tot afnemende trend van de kwaliteit. Dat zijn de habitattypen H6410 Blauwgraslanden, H7110B Actieve hoogvenen, en H9190 Oude eikenbossen. Daarnaast volgt uit de gebiedsanalyse dat in het gebied sprake is van een matige tot sterke overschrijding van de kritische depositiewaarde. De overschrijding van de kritische depositiewaarde leidt voor verschillende habitattypen tot vergrassing en een toename van woekerende andere gewassen zoals bramen en Amerikaanse Vogelkers. Uit de gebiedsanalyse kan worden afgeleid dat passende maatregelen nodig zijn om verslechtering van de kwaliteit van enkele habitattypen als gevolg van de hoge stikstofbelasting te voorkomen (o.a. H9190 Oude Eikenbossen). Het gaat daarbij zowel om maatregelen die gericht zijn op een afname van de stikstofbelasting, als natuurmaatregelen in het gebied. Met het maatregelenpakket dat in de gebiedsanalyse is beoordeeld wordt beoogd de achteruitgang van alle stikstofgevoelige habitattypen en stikstofgevoelige leefgebieden van soorten tegen te gaan. 13.4. De Afdeling is van oordeel dat de rechtbank terecht heeft overwogen dat uit de gebiedsanalyse kan worden afgeleid dat in het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen passende maatregelen moeten worden getroffen om verslechtering van de kwaliteit van habitattypen door de sterke overbelasting van stikstofdepositie te voorkomen. Het college heeft dit ter zitting ook bevestigd. Anders dan De Logt stelt heeft de rechtbank haar oordeel niet louter gebaseerd op aannames. Wel stelt De Logt terecht dat de rechtbank bij haar oordeel ten onrechte heeft betrokken dat voor verschillende habitattypen verbeter- en hersteldoelstellingen gelden en dat die op korte termijn niet zullen worden bereikt. Voor het bereiken van verbeter- en hersteldoelen dienen op grond van artikel 6, eerste lid, van de Habitatrichtlijn instandhoudingsmaatregelen getroffen te worden. Artikel 5.4 biedt geen grondslag voor de intrekking of wijziging van een natuurvergunning ter uitvoering van artikel 6, eerste lid, van de Habitatrichtlijn. Nu echter vaststaat dat in het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen passende maatregelen nodig zijn om verslechtering van habitattypen te voorkomen en vaststaat dat de vergunde bedrijfsactiviteit zal leiden tot stikstofdepositie op stikstofgevoelige habitattypen waarvoor passende maatregelen moeten worden genomen heeft de rechtbank terecht geoordeeld dat het college diende te beoordelen of de intrekking of wijziging van de natuurvergunning nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn. Invulling van de beoordelingsruimte 14. De Logt stelt dat verschillende passende maatregelen zijn en worden getroffen ter uitvoering van het PAS en de daarbij horende gebiedsanalyses en in het kader van het vervolg dat aan het PAS zal worden gegeven. Zij stelt dat de rechtbank ten onrechte twijfelt aan de effectiviteit van de maatregelen en te veel betekenis toekent aan het gegeven dat veel maatregelen nog niet zijn uitgevoerd. Dat de te treffen maatregelen niet zullen bijdragen aan het herstel of de verbetering van de natuurwaarden in het gebied is volgens De Logt niet relevant, omdat dat niet het doel van passende maatregelen is. Omdat de intrekking van de natuurvergunning niet de enige passende maatregel is, vindt De Logt dat de intrekking van haar natuurvergunning een volstrekt willekeurige maatregel zou zijn. 14.1. BMF en Natuurmonumenten stellen dat het intrekken van een onbenutte vergunning een maatregel is die nodig is ter uitvoering van artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn, in situaties waarin een bedrijf (als het van die vergunning alsnog gebruik zou maken) een bijdrage levert aan de overschrijding van de kritische depositie waarde op stikstofgevoelige habitats in een ongunstige staat van instandhouding en met een verbeterdoelstelling. Verder wijzen BMF en Natuurmonumenten op het recente bestuursakkoord van het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant waarin de ambities voor het terugdringen van de ammoniakemissie in Noord-Brabant zijn bijgesteld. Ook wijzen zij op het eindadvies van de Commissie Remkes. Beide stukken laten naar hun mening zien dat allerminst zeker is dat andere en toereikende passende maatregelen zullen worden getroffen voor het behoud of herstel van de gunstige staat van instandhouding van de overbelaste stikstofgevoelige habitats. 14.2. Het college wijst in het bestreden besluit op de gebiedsanalyse en de gebiedsrapportage die voor het Natura 2000-gebied zijn gemaakt voor het PAS. In de gebiedsanalyse staat dat de benutting van een bepaalde hoeveelheid depositieruimte die gedurende de PAS-periode van zes jaar kan gaan plaatsvinden, gegeven de staat van instandhouding van de habitattypen en rekening houdend met de autonome daling van stikstofdepositie en het uitvoeren van herstelmaatregelen, niet zal leiden tot een verslechtering van de kwaliteit van habitattypen. 15. Uit het voorgaande volgt dat de rechtbank terecht heeft overwogen dat het college bij het besluit op bezwaar onvoldoende inzichtelijk heeft gemaakt welke andere passende maatregelen dan de intrekking of wijziging van de natuurvergunning zullen worden ingezet, zodat de afwijzing van het verzoek om intrekking of wijziging van de natuurvergunning op grond van artikel 5.4, tweede lid, onvoldoende is gemotiveerd. 16. De rechtbank heeft het beroep van BMF en Natuurmonumenten terecht gegrond verklaard en heeft de beslissing op bezwaar terecht vernietigd, voor zover hierin het bezwaar tegen de weigering van de intrekking van de natuurvergunning ongegrond is verklaard. Het hoger beroep van De Logt en het incidenteel hoger beroep van BMF en Natuurmonumenten zijn ongegrond. De uitspraak van de rechtbank, voor zover het de hiervoor genoemde onderdelen betreft, wordt bevestigd met verbetering van de gronden waarop die rust. De verbetering van de gronden ziet met name op de door de rechtbank gegeven uitleg van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb en het door de rechtbank geschetste beoordelingskader, dat door de Afdeling niet wordt gevolgd. Dat betekent dat het college het verzoek om intrekking of wijziging van de natuurvergunning niet diende te beoordelen op grond van het door de rechtbank geschetste beoordelingskader, maar aan de hand van de in deze uitspraak gegeven uitleg van artikel 5.4 van de Wnb. Rechtsgevolgen in stand laten? 17. De Afdeling ziet aanleiding te onderzoeken of de wijziging van de vergunningplicht in artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb, die op 1 januari 2020 in werking is getreden aanleiding geeft om de rechtsgevolgen van het door de rechtbank vernietigde besluit in stand te laten. Zij licht dat hieronder toe. 17.1. Artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb luidde tot 1 januari 2020: "Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten projecten te realiseren of andere handelingen te verrichten die gelet op de instandhoudingsdoelstellingen voor een Natura 2000-gebied de kwaliteit van de natuurlijke habitats of de habitats van soorten in dat gebied kunnen verslechteren of een significant verstorend effect kunnen hebben op de soorten waarvoor dat gebied is aangewezen". Artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb luidt vanaf 1 januari 2020: "Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied." Dit betekent dat er nu alleen nog een vergunningplicht bestaat voor projecten die significante gevolgen kunnen hebben. De vergunningplicht voor projecten die enige maar geen significante gevolgen kunnen hebben is vervallen (= de verslechteringsvergunning). Er is niet voorzien in overgangsrecht. 17.2. Het is vaste rechtspraak van de Afdeling dat voor de vraag of de wijziging of uitbreiding van een bestaand project significante gevolgen kan hebben, een vergelijking wordt gemaakt van de gevolgen van het bestaande project in de referentiesituatie en de gevolgen van het project na wijziging of uitbreiding. De referentiesituatie wordt ontleend aan de geldende natuurvergunning of, bij het ontbreken daarvan, aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (dat is het moment waarop artikel 6 van de Habitatrichtlijn van toepassing werd voor het betrokken Natura 2000-gebied), tenzij nadien een milieutoestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen. Dan geldt die toestemming als referentiesituatie. Een referentiesituatie kan niet worden ontleend aan een natuurvergunning of milieutoestemming die is vervallen of geëxpireerd. Als de wijziging of uitbreiding van een project niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie (= intern salderen), dan is volgens de rechtspraak van de Afdeling op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging significante gevolgen heeft. Onder het vergunningenregime tot 1 januari 2020 betekende dit dat het project wel vergunningplichtig was, maar dat de vergunning op basis van een belangenafweging kon worden verleend (de verslechteringsvergunning). Een passende beoordeling was niet nodig. Vergelijk de uitspraken van de Afdeling van 31 maart 2010, ECLI:NL:RVS:2010:BL9656 en van 13 november 2013, ECLI:NL:RVS:2013:1891. 17.3. Als de rechtspraak van de Afdeling over intern salderen wordt bezien in het licht van de op 1 januari 2020 gewijzigde vergunningplicht dan moet worden vastgesteld dat projecten die met intern salderen niet tot een toename van stikstofdepositie leiden niet langer vergunningplichtig zijn. De intrekking van een verslechteringsvergunning die voor 1 januari 2020 is verleend kan dan niet als passende maatregel worden geduid, omdat met de intrekking van een vergunning voor een project dat niet langer vergunningplichtig is, niet kan worden bewerkstelligd dat de activiteit wordt beëindigd, of zoals in het geval van De Logt wordt voorkomen dat het project alsnog wordt gerealiseerd. 17.4. De Afdeling heeft met toepassing van artikel 8:45 van de Awb aan het college en de minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit gevraagd toe te lichten hoe volgens hen de vergunningplicht vanaf 1 januari 2020 moet worden uitgelegd in relatie tot projecten die met intern salderen niet tot een toename van stikstofdepositie leiden ten opzichte van de referentiesituatie. 17.5. Het college en de minister stellen in hun gezamenlijke reactie dat de vergunningplicht in de Wnb is gekoppeld aan een inhoudelijk criterium, namelijk de vraag of projecten significante gevolgen kunnen hebben voor een Natura 2000-gebied. Die vergunningplicht is principieel anders dan bijvoorbeeld de omgevingsvergunningplicht voor een milieuactiviteit waarbij in beginsel voor iedere wijziging van een inrichting een vergunningplicht geldt. De vraag of de wijziging van een bestaand project significante gevolgen kan hebben kan volgens het college en de minister op twee manieren worden benaderd. Als de vergunningplicht wordt bezien vanuit de aanvraag, dan kan gesteld worden dat de wijziging van een project op zich zelf bezien en zonder de referentiesituatie daarbij in ogenschouw te nemen, significante gevolgen kan hebben en daarom vergunningplichtig is. De vergunningplicht kan ook worden bezien vanuit het resultaat: als blijkt dat het project na wijziging en ten opzichte van de referentiesituatie geen toename van stikstofdepositie veroorzaakt, dan is geen sprake van een project dat significante gevolgen kan hebben en is het niet vergunningplichtig. Deze laatste uitleg sluit volgens het college en de minister het meest aan bij de jurisprudentie van de Afdeling. Ook de bepalingen over de verlening van een natuurvergunning geven aanwijzingen voor deze laatste uitleg. Een project kan alleen op basis van een passende beoordeling worden vergund, terwijl bij intern salderen geen passende beoordeling nodig is. 17.6. BMF en Natuurmonumenten zijn van mening dat de wijziging van een bestaande activiteit, ook als die wijziging met intern salderen niet tot een toename van stikstofdepositie leidt, een project is dat significante gevolgen kan hebben en dus ook na 1 januari 2020 vergunningplichtig is. Zij stellen dat in de rechtspraak van het Hof van Justitie geen aanknopingspunten zijn te vinden voor de rechtspraak van de Afdeling dat de referentiesituatie kan worden betrokken bij de vraag of een project significante gevolgen kan hebben. Volgens hen volgt uit die rechtspraak eerder dat de referentiesituatie daarvoor helemaal niet relevant is. De kern van hun betoog is dat het feit dat een bestaande activiteit onder artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn valt niet betekent dat significante gevolgen daarvan zijn uitgesloten en dat de gevolgen van een bestaande activiteit die onder artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn valt dus niet zonder meer als uitgangspositie kunnen worden genomen voor de beoordeling van de gevolgen van een nieuw project op dezelfde locatie. Binnen de beoordeelde depositieruimte is een deel gereserveerd voor zogenoemde autonome ontwikkelingen. De nog onbenutte emissieruimte van bestaande natuurvergunningen kan daarbinnen worden opgevangen, omdat deze valt binnen de daarin meegenomen 2,5% economische groei. Het college stelt dat het daarom aan de gebiedsanalyse de zekerheid kan ontlenen dat de depositie die kan ontstaan als De Logt alsnog gebruik gaat maken van zijn natuurvergunning niet zal leiden tot een verslechtering van de kwaliteit van habitattypen. Ter zitting heeft het college zich op het standpunt gesteld dat de motivering van het bestreden besluit gelet op de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1603 over het PAS, aanvulling behoeft. Na die uitspraak heeft het college besloten de passende maatregelen waarin het PAS voorzag uit te blijven voeren. Bovendien is aangekondigd dat ook nieuwe maatregelen gericht op de afname van stikstofdepositie zullen worden getroffen. De intrekking van de natuurvergunning van De Logt maakt geen deel uit van de te treffen maatregelen, aldus het college. 14.3. De Afdeling is met de rechtbank van oordeel dat het college met de enkele verwijzing naar het PAS en de daarvoor gemaakte gebiedsanalyse onvoldoende inzichtelijk heeft gemaakt op welke wijze het de beoordelingsruimte die het heeft bij de keuze van de te treffen passende maatregelen heeft ingevuld. De rechtbank heeft voorts, anders dan De Logt stelt, terecht overwogen dat het college evenmin kan volstaan met de verwijzing naar het besluit om de uitvoering van de PAS-maatregelen voort te zetten en de verwijzing naar het door de minister aangekondigde pakket van maatregelen, dat gericht is op een generieke daling van stikstofdepositie. Zoals uit 7.3 volgt kan het college als het niet voor de intrekking of wijziging van de natuurvergunning kiest terwijl dat wel zou kunnen, niet volstaan met de enkele constatering dat andere passende maatregelen kunnen, zullen of al worden getroffen. Daarvoor is nodig dat het college aannemelijk en inzichtelijk maakt met welke maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van stikstofdepositie in het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen binnen een afzienbare termijn. Zoals de rechtbank terecht heeft overwogen dient het college daarbij de resultaten van het MAN-netwerk, die voor bepaalde meetpunten in het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen een toename van de gemiddelde jaarlijkse ammoniakconcentratie laten zien, te betrekken. 14.4. De Logt voert wel terecht aan dat de rechtbank ten onrechte ervan uitgaat dat het college alleen kan verwijzen naar andere passende maatregelen waarvan de effecten met de vereiste zekerheid in kaart kunnen worden gebracht zoals bedoeld in de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019 (ECLI:NL:RVS:2019:1603) over het PAS. De Afdeling overweegt daarover het volgende. 14.5. In overweging 18 van de PAS-uitspraak staan de uitgangspunten waaronder de verwachte voordelen van onder meer passende en mitigerende maatregelen en autonome ontwikkelingen betrokken mogen worden in een passende beoordeling voor plannen en projecten die significante gevolgen kunnen hebben. Voor passende maatregelen geldt dat de verwachte voordelen niet in een passende beoordeling betrokken kunnen worden als deze maatregelen ten tijde van die beoordeling niet daadwerkelijk zijn uitgevoerd. Voor mitigerende maatregelen en autonome ontwikkelingen geldt onder meer dat de verwachte voordelen daarvan niet in de passende beoordeling mogen worden betrokken als ten tijde van die beoordeling het niveau van wetenschappelijke kennis het niet mogelijk maakt dat die voordelen met zekerheid in kaart worden gebracht of gekwantificeerd. Deze voorwaarden gelden als op grond van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn (artikel 2.7 van de Wnb) toestemming wordt verleend voor een plan of project dat significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. Die toestemming kan alleen worden verleend als op basis van een passende beoordeling de zekerheid is verkregen dat het plan of project de natuurlijke kenmerken van een Natura 2000-gebied niet zal aantasten. 14.6. Artikel 6, tweede lid, voorziet in een permanente beschermingsverplichting en strekt ertoe dat passende maatregelen getroffen worden als verslechtering of significante verstoring van natuurlijke habitats en habitats van soorten dreigt. 14.7. Artikel 6, tweede en derde lid, van de Habitatrichtlijn beogen een zelfde beschermingsniveau te garanderen voor natuurlijke habitats en habitats van soorten, namelijk het voorkomen van de aantasting van de natuurlijke kenmerken van een Natura 2000-gebied (vergelijk HvJ EU 14 januari 2016, Grüne Liga, ECLI:EU:C:2016:10, punt 52). 14.8. In dit geval staat vast dat in het Natura 2000-gebied Kampina & Oisterwijkse Vennen passende maatregelen nodig zijn om verslechtering van habitattypen te voorkomen, zodat de intrekkings- en wijzigingsgrond die voortvloeit uit artikel 5.4, tweede lid, aan de orde is. De intrekking of wijziging van de natuurvergunning van De Logt kan als passende maatregel worden ingezet omdat de bedrijfsactiviteiten van De Logt effect zullen hebben op de habitattypen waarvoor passende maatregelen getroffen moeten worden. Andere passende maatregelen zijn echter ook mogelijk. De uitspraak van de rechtbank strekt ertoe dat het college een verzoek om intrekking of wijziging onder de hiervoor genoemde omstandigheden alleen kan afwijzen als de verwachte voordelen van andere te treffen passende maatregelen op dat moment vaststaan zoals hiervoor in 14.5 beschreven. Dat betekent dat de andere passende maatregelen uitgevoerd moeten zijn en dat daarvan met zekerheid de verwachte effecten in kaart moeten zijn gebracht. De Afdeling is van oordeel dat de vereiste zekerheid van de voordelige effecten van maatregelen die in een passende beoordeling mogen worden betrokken, niet geldt voor de motivering van de keuze voor andere passende maatregelen dan de intrekking of wijziging van een bepaalde natuurvergunning, die het college ten grondslag legt aan de afwijzing van een verzoek om intrekking of wijziging van die natuurvergunning in een geval waarin de intrekkings- en wijzigingsgrond van artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb, aan de orde is. Voor de motivering van die keuze is - zoals hierboven is vermeld - nodig dat het college aannemelijk en inzichtelijk maakt met welke andere maatregelen uitvoering wordt gegeven of zal worden gegeven aan de noodzakelijke reductie van stikstofdepositie binnen een afzienbare termijn. Anders dan de rechtbank heeft overwogen hoeft daarbij niet concreet aangegeven te worden welke maatregel tot dezelfde reductie van stikstofdepositie leidt als de intrekking of wijziging van een natuurvergunning. De gevolgen van dat nieuwe project dienen op zichzelf (inclusief de voortgezette gevolgen van de bestaande activiteit die wordt gewijzigd) te worden beoordeeld, ook als het een gewijzigde voortzetting van een bestaande activiteit is. 17.7. De Afdeling is van oordeel dat de rechtspraak van het Hof van Justitie waarnaar BMF en Natuurmonumenten verwijzen (HvJ EG 14 januari 2010, Stadt Papenburg, C-226/08, ECLI:EU:C:2010:10 en HvJ EU 10 januari 2016, Grüne Liga, C-399/14, ECLI:EU:C:2016:10) niet gaat over de vraag welke factoren een rol mogen spelen bij de beoordeling of een project significante gevolgen kan hebben. In die rechtspraak staat een andere rechtsvraag centraal namelijk de vraag of artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn van toepassing is op een project waarvoor toestemming is verleend voordat de Habitatrichtlijn van toepassing werd en dat na die datum nog wordt uitgevoerd of voortgezet. Het Hof beantwoordt die vraag bevestigend. Het Hof zet in die arresten voorts uiteen dat het toestemmingsregime van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn, niet van toepassing is op de voortzetting of uitvoering van een project waarvoor toestemming is verleend voordat de Habitatrichtlijn van toepassing werd zolang sprake is van de voortzetting van één en hetzelfde project. De Afdeling leidt hier anders dan BMF en Natuurmonumenten niet uit af dat op het moment waarop geen sprake meer is van de voortzetting van één en hetzelfde project, een toestemming is vereist overeenkomstig artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn waarbij de gevolgen van de bestaande activiteit na wijziging of uitbreiding in zijn geheel passend worden beoordeeld. De Afdeling leidt uit die rechtspraak af dat op het moment waarop geen sprake meer is van de voortzetting van één en hetzelfde project beoordeeld moet worden of de wijziging van het bestaande project significante gevolgen kan hebben. De bestaande activiteit gaat door de wijziging niet onder artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn vallen. De wijziging van de bestaande activiteit is in dat geval het project als bedoeld in artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn, waarvan beoordeeld moet worden of het significante gevolgen kan hebben. De Afdeling ziet steun voor haar standpunt in punt 83 van het arrest van het Hof van 7 november 2017, PAS, ECLI:EU:C:2017:882, waarin het Hof overweegt dat op het moment dat een activiteit niet meer kan worden aangemerkt als één en hetzelfde project, "het [kan] gaan om nieuwe projecten waarvoor een passende beoordeling moet worden gemaakt in de zin van die bepaling, waarbij voor de beslissing of een passende beoordeling verricht moet worden steeds dient te worden gekeken naar het risico dat er significante gevolgen zijn voor het beschermde gebied doordat de activiteit dus wijzigingen heeft ondergaan". 17.8. De arresten van het Hof van Justitie van 29 juli 2019, Inter-Environnement Wallonie ASBL, ECLI:EU:C:2019:622 en 9 september 2020, Friends of the Irish Environment Limited, ECLI:EU:C:2020:680, geven ook geen aanleiding voor het oordeel dat de rechtspraak over intern salderen niet kan worden gevolgd. In die arresten staat de vraag centraal of de verlenging van de termijn van een eerder gegeven toestemming een project is als bedoeld in artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. Het Hof beantwoordt die vraag bevestigend. Uit die arresten kan voorts worden afgeleid dat de significantie van de gevolgen van de activiteiten die alsnog door de verlenging van de geldigheidstermijn van de vergunning kunnen plaatsvinden op zichzelf beoordeeld moeten worden. Het gegeven dat eerder een vergunning is verleend waarvan de geldigheidstermijn is verstreken is daarvoor in beginsel niet van belang. De (Nederlandse) rechtspraak over intern salderen is daarmee in overeenstemming. Aan een natuurvergunning of milieutoestemming die is vervallen of geëxpireerd kan geen referentiesituatie worden ontleend. Vergelijk 9.6 van deze uitspraak (vervallen milieutoestemming) en 25.4 van de uitspraak van de Afdeling van 5 februari 2014, ECLI:NL:RVS:2014:285 (geëxpireerde vergunning). 17.9. De Afdeling ziet in de rechtspraak van het Hof van Justitie geen aanknopingspunten voor het oordeel dat de referentiesituatie niet betrokken mag worden bij de vraag of op grond van objectieve gegevens kan worden uitgesloten dat de wijziging van een bestaande activiteit (= het project) significante gevolgen heeft. Bij die beoordeling dienen alle rechtstreekse gevolgen van het project, zowel de negatieve als de positieve, met uitzondering van de effecten van mitigerende maatregelen, betrokken te worden. Dat betekent dat in het geval waarin als onderdeel van het project wijzigingen worden aangebracht aan de bestaande - vergunde - activiteit, bijvoorbeeld de sloop van een stal of het aanbrengen van emissiearme voorzieningen, de positieve gevolgen daarvan afgezet mogen worden tegen de negatieve gevolgen van andere onderdelen van het project. De Afdeling ziet gezien het voorgaande in hetgeen BMF en Natuurmonumenten naar voren hebben gebracht geen aanleiding om de rechtspraak over intern salderen zoals weergegeven in 17.2 bij te stellen. Dat betekent dat de wijziging of uitbreiding van een bestaande activiteit die ten opzichte van de referentiesituatie niet leidt tot een toename van stikstofdepositie vanaf 1 januari 2020 niet vergunningplichtig is. 17.10. Het voorgaande betekent voor deze zaak het volgende. De natuurvergunning van De Logt van 19 december 2013 is een verslechteringsvergunning die - zoals uit 9.11 volgt - destijds terecht op basis van intern salderen is verleend. Voor de destijds vergunde activiteit is na 1 januari 2020 geen vergunning meer vereist. Het vervallen van de vergunningplicht betekent weliswaar niet dat daardoor de natuurvergunning van De Logt is vervallen, maar betekent wel dat de intrekking van die vergunning niet meer als passende maatregel kan worden geduid. Met de intrekking van de vergunning kan immers niet worden bewerkstelligd dat de activiteit wordt beëindigd of, zoals in het geval van De Logt, wordt voorkomen dat het project alsnog wordt gerealiseerd. Nu uit 9.11 volgt dat de natuurvergunning van De Logt destijds terecht als verslechteringsvergunning is verleend, en de intrekking van die vergunning niet als passende maatregel kan worden geduid, zal het college bij het alsnog te nemen besluit niet tot een andere beslissing komen dan waartoe het vernietigde besluit strekt, namelijk de afwijzing van het verzoek. De Afdeling ziet gelet daarop aanleiding om de rechtsgevolgen van het vernietigde besluit in stand te laten. Het college hoeft dus geen nieuw besluit meer te nemen. De procedure over het verzoek om intrekking of wijziging van de natuurvergunning van De Logt is hiermee tot een einde gekomen. Slotoverweging 17.11. Het voorgaande betekent dat het betoog van De Logt dat de rechtbank ten onrechte het primaire besluit heeft geschorst en de voorlopige voorziening heeft getroffen dat het gebruik van de natuurvergunning wordt verboden totdat het college opnieuw op het bezwaar heeft beslist geen bespreking meer behoeft omdat De Logt daarbij geen belang heeft. Aan deze onderdelen van de beslissing van de rechtbank komt na deze uitspraak immers geen betekenis meer toe. 17.12. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.