ECLI:NL:RBOBR:2022:1057

RECHTBANK OOST-BRABANT Zittingsplaats 's-Hertogenbosch Bestuursrecht zaaknummers: SHE 21/308 en SHE 21/368 uitspraak van de meervoudige kamer van 23 maart 2022 in de zaak tussen [eiser 1] , te [woonplaats] , eiser 1, (gemachtigden: mr. A.A. Bouman en ir. A.K.M. van Hoof), [eiseres 2] , te [woonplaats] , eiseres 2 (gemachtigde mr. M.R.A. Arntz en ir. A.K.M. van Hoof), en het college van gedeputeerde staten van de provincie Noord-Brabant, verweerder (gemachtigde: mr. A. Speekenbrink). Aan het geding heeft als derde-partij deelgenomen: [naam bedrijf] , te Valkenswaard, (gemachtigde: mr. F.K. van den Akker).

Bij besluit van 29 december 2020 (bestreden besluit) heeft verweerder aan de derde-partij een vergunning verleend als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming (Wnb). Hiertegen hebben eisers afzonderlijk beroep ingesteld. Het beroep van eiser 1 is geregistreerd onder zaaknummer SHE 21/308, dat van eiseres 2 onder zaaknummer SHE 21/368. Bij besluit van 20 juli 2021 (herstelbesluit) heeft verweerder besloten de op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb aangevraagde vergunning te weigeren. Het bestreden besluit is daarbij ingetrokken. Verweerder heeft een verweerschrift ingediend. De rechtbank heeft de beroepen op 3 februari 2022 op zitting behandeld, gelijktijdig met de zaak SHE 20/2745. Eiser 1 is verschenen, bijgestaan door zijn gemachtigden. Namens eiseres 2 is de gemachtigde ir. A.K.M. van Hoof verschenen. Verweerder heeft zich laten vertegenwoordigen door zijn gemachtigde, vergezeld van [naam 1] . Voor de derde-partij is [naam 2] verschenen, bijgestaan door de gemachtigde.

Inleiding 1. De rechtbank zet eerst de feiten op een rij. Daarna behandelt de rechtbank enkele formele punten en geeft de rechtbank een oordeel over de beroepsgronden.

2. De rechtbank gaat uit van de volgende feiten: De derde-partij heeft een bedrijf waar varkens en melkrundvee worden gehouden aan de [adres] te Valkenswaard. Het bedrijf is in de loop der jaren meermalen gewijzigd. Eiser 1 woont tegenover het bedrijf. Eiser 1 heeft ook een agrarisch perceel op ongeveer 200 meter van de beek de Tongelreep. De woning op het perceel van eiseres 2 is op het perceel naast het bedrijf en ligt op ongeveer 320 meter van de Tongelreep. Haar perceel ligt op ongeveer 205 meter van de Tongelreep. Tussen de woning en de Tongelreep liggen geen objecten maar ligt alleen een weiland. In 2000 werd het Natura 2000-gebied Leenderbos, Groote Heide & De Plateaux (gedeeltelijk) als Vogelrichtlijngebied aangewezen. In 2004 werd het gebied als Habitatrichtlijngebied aangewezen. De Tongelreep maakt onderdeel uit van dit Natura 2000-gebied. Op 9 november 1993 heeft het college van burgemeester en wethouders van de gemeente Valkenswaard (B&W) aan derde-partij een vergunning verleend op basis van de (voormalige) Hinderwet. De destijds vergunde veestapel (waaronder 70 melkkoeien) was gehuisvest in traditionele stallen en veroorzaakte een emissie van 2.478,5 kg ammoniak per jaar. Op 21 augustus 2001 heeft B&W een revisievergunning verleend op basis van het (voormalige) artikel 8.4 van de Wet milieubeheer (Wm). Hierbij is onder meer een nieuwe stal voor vleesvarkens vergund. Er zijn geen bouwvergunningen aangevraagd of verleend in verband met deze vergunning. Op 13 september 2004 heeft B&W opnieuw een revisievergunning verleend. Vervolgens zijn enkele andere omgevingsvergunningen verleend waaronder de laatste omgevingsvergunning voor de huidige veebezetting, een omgevingsvergunning beperkte milieutoets (OBM) op 7 november 2016. De hierin vergunde veestapel veroorzaakt een emissie van 2.261,75 kg ammoniak per jaar. Op 2 februari 2016 heeft verweerder een vergunning op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 (Nbw 1998) verleend voor het bedrijf. In een uitspraak van 29 mei 2019 heeft de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (Afdeling), naar aanleiding van beroepen van een milieuvereniging en anderen, deze natuurvergunning vernietigd. - Op 27 januari 2020 (primair besluit) heeft verweerder het handhavingsverzoek van eiser 1 vanwege handelen in strijd met de Wnb afgewezen. Op 24 augustus 2020 heeft verweerder naar aanleiding van bezwaren van eiser 1 deze weigering gehandhaafd. Eiser 1 heeft tegen dit besluit beroep ingesteld. Dit beroep is geregistreerd onder zaaknummer SHE 20/2745. Formele punten 3.1 De rechtbank merkt het herstelbesluit aan als een besluit in de zin van artikel 6:19 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb). Het beroep van eisers richt zich van rechtswege ook tegen dit besluit. De derde-partij en verweerder vragen zich af of eisers wel een procesbelang hebben in het beroep tegen het herstelbesluit. Dit besluit strekt immers tot weigering van de gevraagde natuurvergunning. Eisers hebben ook gevraagd om handhavend op te treden op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb. 3.2 De rechtbank is van oordeel dat eisers een procesbelang hebben bij hun van rechtswege ontstane beroep tegen het herstelbesluit, omdat dat besluit (net als de rest van deze zaak) juist gaat over de vraag of die natuurvergunning nodig is of niet. In het herstelbesluit wordt een bestuurlijk rechtsoordeel gegeven dat inhoudt dat geen natuurvergunning nodig is. Eisers hebben bestreden dat er geen vergunning nodig is. Zij hebben dus ook belang bij een uitspraak die hierover duidelijkheid schept. Dit is een inhoudelijke discussie die niet kan worden gevoerd in het kader van de beoordeling van de ontvankelijkheid van een beroep. In deze en andere zaken kan van een agrariër niet worden verlangd dat hij een aanzienlijke investering pleegt zonder van tevoren te weten of hij hiervoor een natuurvergunning nodig heeft. In het algemeen kan niet van agrariërs, dus ook niet van eisers, worden verwacht dat zij maar het risico nemen dat het op een handhavingsprocedure uitdraait. Dan zou later kunnen blijken dat er mogelijk toch significante gevolgen zijn voor de betrokken Natura 2000-gebieden. In dat geval zou de agrariër voor niets hebben geïnvesteerd en zouden de eventuele schadelijke gevolgen voor de natuur al zijn ingetreden. De rechtbank kan zich niet voorstellen dat dit de bedoeling is geweest van de wetgever met de wetswijziging van 1 januari 2020. 4.1 Eiseres 2 stelt dat verweerder in het herstelbesluit de aanvraag van de derde-partij niet had moeten weigeren maar dat verweerder de aanvraag buiten behandeling had moeten laten. 4.2 Na de wijziging van de Wnb per 1 januari 2020 is een natuurvergunning niet nodig als is uitgesloten dat het project significante gevolgen heeft. Als geen natuurvergunning noodzakelijk is, dan moet verweerder de aanvraag afwijzen. In de Awb noch de Wnb is voorzien in het in dat geval niet-ontvankelijk verklaren van een aanvraag, alleen in het verlenen, het weigeren of het buiten behandeling laten vanwege onvolledige gegevens (artikel 4:5 van de Awb). De rechtbank verwijst in dit verband naar de uitspraak van de Afdeling van 19 november 2014. Niet is gebleken dat de aanvraag onvolledig was. Verweerder had dus geen aanleiding de aanvraag buiten behandeling te laten. 5.1 Verweerder en derde-partij vragen zich ook af of de Wnb wel strekt tot bescherming van de belangen van eisers als bedoeld in artikel 8:69a van de Awb. Eiser 1 zou geen rechtstreeks zicht hebben op de Tongelreep en eiseres 2 zou haar woning verhuren. 5.2 In de uitspraak van 24 juni 2020 heeft de Afdeling beoogd richtlijnen te geven voor een beantwoording van deze vraag. De Afdeling overweegt dat rekening moet worden gehouden met: de situering van de woning van de betrokkene, al dan niet tussen overige bebouwing; de afstand tussen de woning van betrokkene en het natuurgebied; hetgeen aanwezig is in het gebied tussen de woning en het Natura 2000-gebied en met het al dan niet bestaande, geheel of gedeeltelijke directe zicht vanuit de woning op het gebied. 5.3 Volgens de rechtbank ligt de Tongelreep in de directe leefomgeving van eiseres 2. Voor zover eiseres 2 de woning verhuurt, geldt dat ontwikkelingen in de directe leefomgeving gevolgen kunnen hebben voor de waarde van haar woning. De Wnb strekt mede tot bescherming van haar belangen. Bij eiser 1 is dit meer een twijfelgeval. Eiser 1 kijkt uit op de veehouderij van de derde-partij en heeft vanuit zijn woning slechts gedeeltelijk zicht op de Tongelreep. De rechtbank ziet echter geen aanleiding voor het oordeel dat de Wnb kennelijk niet strekt tot bescherming van de belangen van eiser 1. Het relativiteitsvereiste kan eisers dan ook niet worden tegengeworpen. Behandeling inhoudelijke beroepsgronden 6. De rechtbank behandelt hierna de inhoudelijke beroepsgronden. Hierbij moet de rechtbank eerst vaststellen met welke vergunde situatie de aanvraag van de derde-partij moet worden vergeleken, anders gezegd: wat is de referentiesituatie? Daarna worden de overige beroepsgronden behandeld. De referentiesituatie 7.1 Eisers stellen dat de referentiesituatie moet worden bepaald aan de hand van de revisievergunning van 2001. Deze revisievergunning is volgens eisers gedeeltelijk in werking getreden. De veestapel die op basis van deze revisievergunning in 2001 mocht worden gehouden, zou een ammoniakemissie hebben van 1.578,5 kg ammoniak per jaar. Dat is lager dan de ammoniakemissie van de veestapel die door de derde-partij is aangevraagd.

12.1 De beroepen van eisers tegen het bestreden besluit zijn gegrond en de rechtbank vernietigt dit besluit. De beroepen van eisers tegen het herstelbesluit zijn ook gegrond en de rechtbank vernietigt ook dat besluit. 12.2. De rechtbank draagt verweerder op een nieuw besluit te nemen op de aanvraag van de derde-partij. De rechtbank geeft verweerder hiervoor zes maanden de tijd. De rechtbank geeft verweerder de volgende aanwijzingen: Verweerder zal in het nieuwe besluit moeten duiden waar het nieuwe weideperceel ligt. Als het perceel vlakbij het Natura 2000-gebied ligt, zal verweerder moeten onderzoeken of het gebruik van dit perceel voor beweiden leidt tot een toename van stikstofdepositie op het nabijgelegen Natura 2000-gebied. 12.3 Omdat de rechtbank de beroepen gegrond verklaart, moet verweerder aan beide eisers het door hen betaalde griffierecht vergoeden. Eisers krijgen een vergoeding voor de proceskosten die zij hebben gemaakt. Verweerder moet die vergoeding betalen aan beide eisers. De vergoeding wordt met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht als volgt berekend. De bijstand door een gemachtigde levert 2 punten op (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen op de zitting met een waarde per punt van € 759,00), bij een wegingsfactor 1. Toegekend wordt € 1.518,00 (per eiser).

De rechtbank: - verklaart de beroepen tegen het bestreden besluit gegrond; - verklaart de beroepen tegen het herstelbesluit gegrond; - vernietigt het bestreden besluit; - vernietigt het herstelbesluit; - draagt verweerder op om binnen zes maanden na de bekendmaking van deze uitspraak een nieuw besluit te nemen met inachtneming van deze uitspraak; - draagt verweerder op de betaalde griffierechten van € 178,00 aan beide eisers te vergoeden; - veroordeelt verweerder in de proceskosten van beide eisers tot een bedrag van € 1.518,00 (per eiser). Deze uitspraak is gedaan door mr. M.J.H.M. Verhoeven, voorzitter, mr. D.J. Hutten en mr. J.H.G. van den Broek, leden, in aanwezigheid van A.J.H. van der Donk, griffier. De uitspraak is uitgesproken in het openbaar op 23 maart 2022. griffier voorzitter Een afschrift van deze uitspraak is verzonden aan partijen op: Bent u het niet eens met deze uitspraak? Als u het niet eens bent met deze uitspraak, kunt u een brief sturen naar de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waarin u uitlegt waarom u het er niet mee eens bent. Dit heet een beroepschrift. U moet dit beroepschrift indienen binnen 6 weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. U ziet deze datum hierboven. BIJLAGE Artikel 8:69a Awb De bestuursrechter vernietigt een besluit niet op de grond dat het in strijd is met een geschreven of ongeschreven rechtsregel of een algemeen rechtsbeginsel, indien deze regel of dit beginsel kennelijk niet strekt tot bescherming van de belangen van degene die zich daarop beroept. Artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb luidde tot 1 januari 2020: Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten projecten te realiseren of andere handelingen te verrichten die gelet op de instandhoudingsdoelstellingen voor een Natura 2000-gebied de kwaliteit van de natuurlijke habitats of de habitats van soorten in dat gebied kunnen verslechteren of een significant verstorend effect kunnen hebben op de soorten waarvoor dat gebied is aangewezen. Artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb luidt vanaf 1 januari 2020: Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. ECLI:NL:RVS:2019:1702. ECLI:NL:RVS:2014:4178. ECLI:NL:RVS:2020:1481. ECLI:NL:RVS:2013:1891. ECLI:NL:RVS:2004:AR5051. ECLI:NL:RVS:2004:AR5051. ECLI:NL:RVS:2013:2084. ECLI:NL:RVS:2013:CA0683. ECLI:NL:RVS:2020:2760. ECLI:NL:RVS:2019:1704. ECLI:NL:RVS:2019:1604.

7.2 Verweerder stelt dat de revisievergunning van 2001 in zijn geheel niet in werking is getreden. Voor het destijds vergunde bedrijf waren wijzigingen noodzakelijk. Voor die wijzigingen waren ook bouwvergunningen nodig. Die bouwvergunningen zijn niet binnen drie jaar na verlening van de revisievergunning van 2001 aangevraagd of verleend zodat de gehele revisievergunning niet in werking is getreden. Verweerder noemt hierbij de bouw van een hygiënesluis bij de bestaande varkensstal, de wijziging van het emissiearme huisvestingssysteem in de bestaande varkensstal, de wijziging van de indeling in de rundveestal en (ter zitting) een luchtventilatiekanaal bij de bestaande varkensstal. Omdat de revisievergunning van 2001 niet in werking is getreden, bleef de Hinderwetvergunning van 1993 de referentiesituatie. Dat duurde tot de verlening van de omgevingsvergunning in 2016 met een lagere ammoniakemissie. 7.3 In de uitspraak van 13 november 2013 geeft de Afdeling het beoordelingskader voor de bepaling van de referentiesituatie op de referentiedatum. Deze kan worden ontleend aan hetgeen is vergund krachtens de Wm of is vergund krachtens de daaraan voorafgaande Hinderwet. Indien na de referentiedatum een vergunning is verleend voor een activiteit die minder ammoniakemissie tot gevolg heeft dan de op de referentiedatum vergunde situatie en voor de exploitatie niet eerder een vergunning op grond van de Nbw 1998 of de Natuurbeschermingswet (oud) is verleend, maakt de op de referentiedatum vergunde situatie slechts voor een deel onderdeel uit van de aangevraagde situatie. Dit betekent dat bij de beoordeling van de vraag of de aangevraagde situatie leidt tot een toename van stikstofdepositie een vergelijking dient te worden gemaakt tussen de stikstofdepositie als gevolg van de voorgenomen activiteit en de stikstofdepositie in de vergunde situatie met de laagst toegestane ammoniakemissie in de periode vanaf de referentiedatum tot de datum van het nemen van het bestreden besluit. De vergunde situatie met de laagste ammoniakemissie heeft als uitgangspunt te gelden, nu slechts dat deel van de vergunning als voortzetting van het project kan worden aangemerkt. Een referentiesituatie kan niet worden ontleend aan een natuurvergunning of milieutoestemming die is vervallen. 7.4 Ook al gelden de Hinderwet en artikel 8.4 van de Wm al lang niet meer, de rechtbank zal op basis van de oude regelgeving en rechtspraak moeten onderzoeken of de revisievergunning uit 2001 in werking is getreden. Over deze regelgeving heeft de Afdeling een aantal uitspraken gedaan. Voor 1 oktober 2010 gold artikel 8.4 van de Wm. Op basis van het vierde lid van dit artikel vervangt een revisievergunning de daarvoor verleende milieuvergunningen met ingang van het tijdstip waarop de revisievergunning in werking treedt. In de uitspraak van 3 november 2004 heeft de Afdeling geoordeeld dat een eerder verleende vergunning als bedoeld in artikel 8.4, vierde lid, van de Wm pas vervalt, wanneer een vervangende revisievergunning zowel in werking is getreden als onherroepelijk is geworden. Op basis van artikel 8.18, eerste lid, onder a, van de Wm vervalt een milieuvergunning indien de inrichting niet binnen drie jaar nadat de vergunning onherroepelijk is geworden, is voltooid en in werking gebracht. De Afdeling heeft in een aantal uitspraken geoordeeld dat dit artikel geen grondslag biedt voor het van rechtswege vervallen van een vergunning, indien een aantal verlangde voorzieningen niet of niet tijdig is gerealiseerd of niet het volledige aantal dieren werd gehouden (zie de uitspraak van de Afdeling van 18 december 2013). Op basis van artikel 20.8 van de Wm treedt een milieuvergunning niet eerder in werking dan wanneer een voor het veranderen van de inrichting tevens vereiste bouwvergunning is verleend. In de uitspraak van 20 november 2013 oordeelde de Afdeling dat, als voor een deel van het veranderen van de inrichting een bouwvergunning was vereist maar niet was verleend, de milieuvergunning in het geheel niet in werking treedt. In de uitspraak van 22 mei 2013 oordeelde de Afdeling dat het ontbreken van een bouwvergunning en het daarmee op grond van artikel 20.8 van de Wm niet in werking zijn van een milieuvergunning er niet aan in de weg staan dat die milieuvergunning op grond van artikel 8.18, eerste lid, aanhef en onder a, kan komen te vervallen. Verder kennen beide bepalingen volgens de Afdeling hun eigen, van elkaar te onderscheiden, criteria. 7.5 De rechtbank is van oordeel dat de in 2001 vergunde nieuwbouwstal voor 900 varkens een apart zelfstandig onderdeel is van de revisievergunning uit 2001. Deze nieuwbouwstal is niet binnen drie jaar na het onherroepelijk worden van de revisievergunning uit 2001 opgericht en in werking gebracht (er is pas in 2004 een bouwvergunning aangevraagd). De revisievergunning uit 2001 is voor wat betreft dit onderdeel gedeeltelijk vervallen. Het resterende in 2001 vergunde deel van de inrichting stond er al. De bestaande varkensstal stond er en de rundveestal stond er ook. Hierin werden ook dieren gehouden. De revisievergunning uit 2001 is voor wat betreft dit gedeelte dus niet vervallen. Dat roept de vraag op of (het resterende deel van) de revisievergunning uit 2001 in werking is getreden. Dat hangt af van de vraag of voor de noodzakelijke bouwkundige aanpassingen van het bedrijf ook een bouwvergunning nodig was. Door een vergelijking te maken tussen de inrichtingstekening bij de Hinderwetvergunning uit 1993 en de tekening bij de revisievergunning uit 2001 kan worden beoordeeld of er bouwkundige aanpassingen nodig zijn. Die zijn in ieder geval nodig voor de hygiënesluis, het emissiearme stalsysteem en het ventilatiekanaal bij de oude bestaande varkensstal. De rechtbank is van oordeel dat ook voor het ventilatiekanaal in 2001 een bouwvergunning noodzakelijk was. Het is geen bouwwerk van beperkte betekenis als bedoeld in artikel 43 van de Woningwet (oud) en het Besluit bouwvergunningsvrije en licht bouwvergunningsplichtige bouwwerken, omdat het ventilatiekanaal hoger is dan 1 meter en een oppervlakte van meer dan 10 m2 heeft. Het ventilatiekanaal is ontegenzeggelijk een voorziening bij de bestaande varkensstal en niet aan te merken als een zelfstandig onderdeel. De rechtbank is van oordeel dat verweerder in dit verband niet hoeft te onderzoeken of de derde-partij deze bouwkundige aanpassingen in 2001 al had gerealiseerd zonder bouwvergunning, omdat verweerder ervan uit mag gaan dat ook de derde-partij de wet (in dit geval de Woningwet) naleeft. Omdat de bouwvergunning voor het ventilatiekanaal niet is aangevraagd in 2001 en ook niet is verleend, treedt de revisievergunning uit 2001 in het geheel niet in werking. In het midden kan blijven of een bouwvergunning nodig was voor de hygiënesluis of het emissiearme stalsysteem van roostervloeren en mestputten. Verweerder heeft terecht opgemerkt dat in de Hinderwetvergunning de veestapel met de hoogste ammoniakemissie is vergund totdat in 2016 een veestapel met een lagere ammoniakemissie werd vergund. De omgevingsvergunning beperkte milieutoets uit 2016 is daarom de referentiesituatie en de aanvraag van de derde-partij moet met deze omgevingsvergunning worden vergeleken. Deze beroepsgrond slaagt niet. Overige inhoudelijke beroepsgronden 8.1 Eisers zijn van mening dat onvoldoende zeker is dat de stikstofdepositie afneemt ten opzichte van de referentiesituatie. Verweerder kon niet volstaan met een berekening op basis van een verwijzing naar de emissiefactoren in de Regeling ammoniak en veehouderij (Rav). Eisers stellen onder verwijzing naar verschillende onderzoeken dat het niet zeker is dat de beloofde emissiereductie door het huisvestingssysteem in stal 6 (type BWL 2010.34.V8; een ligboxenstal met roostervloer, voorzien van cassettes in de roosterspleten en mestschuif) daadwerkelijk wordt gehaald.

Er mag geen twijfel bestaan dat het in geding zijnde project de natuurlijke kenmerken van dat gebied niet zal aantasten. Eisers merken op dat dezelfde twijfel ook kan bestaan bij de bepaling van de ammoniakemissie in de referentiesituatie, als daarvoor de omgevingsvergunning van 2016 wordt gebruikt. Gelet op deze twijfel moet worden uitgegaan van de milieutoestemming in de Hinderwetvergunning uit 1993. 8.2 Verweerder stelt dat deze beroepsgrond geen doel treft. Het project zoals opgenomen in de omgevingsvergunning van 2016 is in zijn geheel gerealiseerd. Er wordt geen wijziging gevraagd in de aanvraag van het project ten opzichte van de omgevingsvergunning van 2016, zodat er ook geen sprake kan zijn van een toename van stikstofdepositie. 8.3 De rechtbank heeft hiervoor vastgesteld dat de omgevingsvergunning van 2016 de omgevingsvergunning is waarin (na de Hinderwetvergunning uit 1993) activiteiten en onderdelen zijn vergund met de laagste stikstofdepositie op de nabijgelegen Natura 2000-gebieden. De omgevingsvergunning van 2016 heeft als referentiesituatie te gelden. In de omgevingsvergunning van 2016 zijn identieke stalsystemen vergund als in het bestreden besluit. Deze vergunning is onherroepelijk. 8.4 De mogelijke twijfel over de prestaties van emissiearme huisvestingsystemen betekent niet dat de omgevingsvergunning van 2016 niet als referentiesituatie heeft te gelden. Aan de vaststelling van de referentiesituatie worden niet dezelfde eisen gesteld als aan de verlening van een natuurvergunning. Integendeel, de hierboven genoemde rechtspraak is nu juist van toepassing op activiteiten en onderdelen die zijn aangevangen of gerealiseerd vóór de referentiedatum met een ammoniakemissie tot gevolg waarvoor nooit een toets als bedoeld in artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn heeft plaatsgevonden. Uit de rechtspraak van de Afdeling volgt niet dat de latere milieutoestemming (na de referentiedatum) waarmee een inrichting met een lagere ammoniakemissie is vergund dan de ammoniakemissie in de milieutoestemming vóór de referentiedatum, is onderworpen aan de toets als bedoeld in artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. Deze toets vindt in ieder geval niet meer plaats na de wijziging van de Wnb per 1 januari 2020 en het vervallen van de verslechteringsvergunning. De door eisers genoemde onzekerheid heeft niet tot gevolg dat niet van de vergunde situatie met de laagste ammoniakemissie kan worden uitgegaan. De door eisers bepleite benadering heeft bovendien een ongewenst effect. Toepassing van emissiearme stalsystemen heeft in de regel een ammoniakemissie beperkend effect. Indien de omgevingsvergunningen waarin deze systemen zijn vergund niet kunnen worden beschouwd als referentiesituatie binnen het kader van de hierboven genoemde rechtspraak, dan zullen de voorliggende (veel oudere) vergunningen als referentiesituatie worden beschouwd. Dit zijn, zoals in dit geval, vaak vergunningen voor traditionele stallen met een hogere ammoniakemissie. Als deze veel oudere vergunningen als referentiesituatie gelden, hebben de betrokken bedrijven meteen veel meer ruimte voor intern salderen. Verweerder heeft de omgevingsvergunning van 2016 (de vergunning met de laagste ammoniakemissie) terecht als referentiesituatie beschouwd. 8.5 Het door eisers genoemde gebrek (de onzekerheid) kleeft zowel aan de berekening van de gevolgen van de ammoniakemissies van het bedrijf in de referentiesituatie, als aan de berekening van de gevolgen in de aangevraagde situatie. Het gestelde gebrek leidt daarmee niet tot een toename van de stikstofdepositie. Als gevolg van dit gebrek kan dus geen vergunningplicht ontstaan op basis van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb zoals dat luidt na 1 januari 2020. 9.1 Eisers voeren aan dat in de nieuwe situatie de gevolgen vanwege het vrachtverkeer van en naar de inrichting op een verkeerde manier in beeld zijn gebracht, namelijk op veel te korte afstand van de inrichting. Dat geldt ook voor het overige verkeer. Ook is er geen rekening mee gehouden dat het verkeer dwars door Natura 2000-gebied gaat. 9.2 Verweerder stelt dat deze beroepsgrond geen doel treft. Het project zoals opgenomen in de omgevingsvergunning van 2016 is in zijn geheel gerealiseerd. Er wordt geen wijziging gevraagd in de aanvraag van het project ten opzichte van de omgevingsvergunning van 2016, zodat er ook geen sprake kan zijn van een toename van stikstofdepositie. 9.3 De Afdeling heeft in een uitspraak van 18 november 2020 overwogen dat in een natuurvergunning voor een project alle gevolgen moeten worden beoordeeld, ook de transportbewegingen die inherent zijn aan de exploitatie van dat project (een veehouderij). Daarbij moet bijvoorbeeld worden gedacht aan verkeersbewegingen van tractoren en het aan- en afvoerverkeer van vee. Het uitvoeren van die verkeersbewegingen is noodzakelijk voor een veehouderij en is een gevolg van dat project. In het verlengde hiervan moet een eerder verleende Wnb- of Nbw-vergunning geacht worden te zijn verleend voor alle gevolgen (waaronder verkeersbewegingen) die verband houden met het project. De rechtbank is van oordeel dat deze rechtspraak ook van toepassing is op de bepaling van de referentiesituatie op basis van een milieutoestemming. Dit geldt echter alleen voor de omvang van het verkeer van en naar de inrichting, niet voor de route van het verkeer van en naar de inrichting. 9.4 De rechtbank stelt vast dat het wegverkeer van en naar de inrichting in de omgevingsvergunning van 2016 niet expliciet is vergund. Dat kan ook niet want dat verkeer bevindt zich niet binnen de inrichting. Niet gesteld of gebleken is dat de omvang van het verkeer van en naar de inrichting toeneemt. Evenmin is gesteld of gebleken dat de routes van het verkeer sinds 2016 zijn gewijzigd waardoor er meer vrachtverkeer door het Natura 2000-gebied zou moeten gaan rijden. De beroepsgrond slaagt dan ook niet. 10.1 Eisers voeren aan dat verzuimd is de gebouworiëntatie van de stallen in te voeren in AERIUS Calculator. Dit had wel moeten gebeuren gelet op de korte afstand van het bedrijf tot het Natura 2000-gebied Leenderbos, Groote Heide & De Plateaux. 10.2 Verweerder stelt dat ook deze beroepsgrond geen doel treft. Het project zoals opgenomen in de omgevingsvergunning van 2016 is in zijn geheel gerealiseerd. Er wordt geen wijziging gevraagd in de aanvraag van het project ten opzichte van de omgevingsvergunning van 2016, zodat er ook geen sprake kan zijn van een toename van stikstofdepositie. 10.3 Eisers stellen volgens de rechtbank terecht dat de gebouwmodule in AERIUS Calculator had moeten worden toegepast bij de stikstofdepositieberekening. Deze omissie heeft echter zowel betrekking op de berekening van de stikstofdepositie in de aangevraagde situatie als in de referentiesituatie en er zijn geen wijzigingen in gebouwen of ammoniakemissies. Het gestelde gebrek leidt daarmee niet tot een toename van de stikstofdepositie. 11.1 Eisers voeren aan dat beweiden een onlosmakelijk onderdeel is van het onderhavige project. De beweidingsemissies komen bovenop de stalemissies. Deze emissies zijn niet in kaart gebracht. Verweerder had niet kunnen volstaan met een verwijzing naar het tussenadvies van de commissie Remkes. Het gaat hier niet om een voordeel van beweiden ten opzichte van bemesten, omdat bemesten hier niet is aangevraagd of vergund. Verweerder heeft niet onderzocht of alle percelen van de derde-partij worden beweid. Verweerder heeft ook niet bezien waar al die percelen liggen. Gelet op de nabije ligging van het Natura 2000-gebied had dat volgens eisers wel gemoeten. Verweerder heeft in het bestreden besluit de vergunning voor het beweiden geweigerd, terwijl het beweiden onlosmakelijk is verbonden met het houden van melkrundvee.

11.2 In het bestreden besluit heeft verweerder de natuurvergunning expliciet geweigerd voor het beweiden, omdat de depositie van de stal en het bemesten afneemt wanneer het melkrundvee ook in de wei wordt gezet. In het herstelbesluit heeft verweerder de gehele aanvraag afgewezen. 11.3 In de uitspraak van 29 mei 2019 (over de door verweerder in 2016 verleende natuurvergunning voor het bedrijf van de derde-partij) overwoog de Afdeling dat een aanvraag voor een Wnb-vergunning betrekking heeft op alle activiteiten die tezamen één project vormen. Op die wijze is gewaarborgd dat de gevolgen van het gehele project voor het Natura 2000-gebied bij de beoordeling van een vergunningaanvraag worden betrokken. Voor een geval als hier aan de orde betekent dit dat de gevolgen van het beweiden van het vee bij de melkveehouderij moeten worden beoordeeld in samenhang met de gevolgen van het houden van vee in de stallen. Volgens de Afdeling heeft verweerder zich ten onrechte op het standpunt gesteld dat het houden van vee in de stallen en het beweiden van vee niet onlosmakelijk met elkaar samenhangen. Verweerder had de vergunning voor de exploitatie van de melkveehouderij met de stalsystemen die beweiden impliceren niet kunnen verlenen, zonder daarbij de gevolgen van het beweiden van het vee te betrekken. 11.4 In de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019 over het beweiden van vee staat dat moet worden beoordeeld of de depositie die veroorzaakt kan worden door het houden van vee in de stallen én in de wei tezamen wel of niet leidt tot een toename van depositie ten opzichte van de referentiesituatie die van toepassing was voor de Nbw-vergunning. In de gevallen waarin de vergunde situatie inclusief het beweiden van vee, leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie moeten de gevolgen van de activiteit beweiden in een passende beoordeling worden betrokken. Het beweiden van vee valt in deze gevallen onder artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. De Afdeling oordeelt verder dat de stikstofdepositie die door beweiden van bepaalde agrarische gronden wordt veroorzaakt, qua omvang waarschijnlijk zeer beperkt is. Het lijkt de Afdeling evenwel niet uitgesloten dat in bepaalde gevallen significante gevolgen voor Natura 2000-gebieden kunnen optreden. In dat verband moet met name worden gedacht aan een zeer intensief gebruik van gronden in de onmiddellijke nabijheid van beschermde habitats die al onder een aanzienlijke belasting te lijden hebben. In andere gevallen is het wellicht niet al te moeilijk significante gevolgen uit te sluiten. 11.5 De rechtbank is in dit geval van oordeel dat het beweiden van vee altijd een onlosmakelijk onderdeel heeft uitgemaakt van de veehouderij. De derde-partij heeft aangegeven dat hij sinds 2009 meedoet aan het Weidemelk keurmerk en hiertoe 80% van het rundvee wordt beweid. Bij de verlening van de omgevingsvergunning van 2016 en de daarvoor verleende omgevingsvergunningen is omgevingsvergunning verleend voor het houden van melkvee rekening houdend met beweiden (dat blijkt uit de toegepaste factor uit de Regeling ammoniak en veehouderij). Het beweiden van vee was een onlosmakelijk onderdeel van de veehouderij in de referentiesituatie in de omgevingsvergunning van 2016. Dit is met zoveel woorden ook al geoordeeld door de Afdeling in de eerdere natuurvergunningprocedure. In het bestreden besluit is ten onrechte een knip gemaakt in het project door de aanvraag, voor zover deze ziet op beweiden, af te wijzen. 11.6 De rechtbank stelt voorop dat verweerder niet bij iedere melkrundveehouderij een onderzoek naar de omvang en situering van het beschikbare areaal weidepercelen en de daarop gehouden koeien hoeft te verrichten. Significante gevolgen van wijzigingen in de percelen kunnen veelal op voorhand worden uitgesloten als de weidepercelen van de veehouderij op enige afstand van Natura 2000-gebieden af liggen. In dit geval is echter wel aanleiding voor een onderzoek naar substantiële wijzigingen in het areaal weidepercelen ten opzichte van de referentiesituatie in de omgevingsvergunning van 2016. De reden hiervoor is dat de huiskavel van de veehouderij van de derde-partij (en daarmee ook de kavel die het meest zal worden gebruikt voor het beweiden van vee) direct naast het betrokken Natura 2000-gebied ligt (de wei grenst aan de Tongelreep). De Afdeling heeft voor dit soort situaties gewaarschuwd in haar uitspraak van 29 mei 2019. Daarom kon verweerder niet volstaan met de enkele verwijzing naar het tussenadvies van de commissie Remkes. Immers, als de veehouderij na de referentiesituatie meer koeien is gaan beweiden op korte afstand van het Natura 2000-gebied, zijn significante gevolgen niet op voorhand uitgesloten. Een dergelijke beoordeling heeft in het bestreden besluit noch in het herstelbesluit plaatsgevonden. Daarom komt ook het herstelbesluit voor vernietiging in aanmerking. 11.7 Ter zitting heeft de derde-partij aangegeven dat de huiskavel sinds 2016 niet is gewijzigd. Verweerder heeft aangegeven dat in 2017 een perceel van twee hectare is aangekocht van een andere rundveehouder (een perceel waar ook rundvee werd gehouden). De rechtbank stelt vast dat wel sprake is geweest van een wijziging in het beschikbare areaal van weidepercelen na de referentiesituatie. Verweerder heeft verzuimd om te onderzoeken of deze wijziging leidt tot een toename van de stikstofdepositie doordat er mogelijk meer koeien worden gehouden vlakbij het Natura 2000-gebied. Dat het betreffende perceel voor aankoop in gebruik was bij een andere rundveehouderij, leidt niet tot een ander oordeel, omdat die andere rundveehouderij geen onderdeel uitmaakt van het bedrijf van de derde-partij en van het aangevraagde project. De rechtbank kan niet vaststellen waar het nieuwe perceel ligt (of het op enige afstand ligt van het Natura 2000-gebied of vlak daarbij) en of (ondanks de geringe omvang van het perceel) het gebruik van dit perceel voor beweiden leidt tot een toename van stikstofdepositie op het nabijgelegen Natura 2000-gebied. Daarom ziet de rechtbank geen aanleiding om de rechtsgevolgen van het vernietigde herstelbesluit in stand te laten.